H/F Ingénieur en analyse de données transcriptomiques

Job Description

Missions

La personne recrutée rejoindra une équipe de recherches en Neurosciences travaillant sur les circuits nerveux des mouvements chez la souris. Il.elle devra réaliser des analyses transcriptomiques sur noyaux isolés (snRNA-seq)

Activity

La personne recrutée pourra participer, si il.elle le souhaite, aux étapes expérimentales (tri, isoation et séquençage des noyaux). Néanmoins, le poste est ciblé sur l'analyse des données, en aval des expérimentations.

ACTIVITES A MENER EN AUTONOMIE:
- Préparation des librairies
- Contrôle qualité (doublets, contamination, intégrité des ARNs,...).
- Analyse et statistiques avec Seurat: normalisation et réduction de dimension, clustering et annotation, détection des gènes différentiellement exprimés entre conditions, intégration de jeux de données multiples.
- illustration des résulats: graphiques, barplots, dotplots, heatmaps, UMAPs...

ACTIVITES EN COLLABORATION AVEC L'EQUIPE:
- Interprétations biologiques: Comparaison de compositions cellulaires entre échantillons, hétérogénéité transcriptionnelle au sein d'une population neuronale
- Validation des résultats : croisement des marqueurs identifiés avec des bases de données anatomiques, ou des expériences d'immunomarquages ou in situ.
- Documentation et reproductibilité : rédaction de protocoles standardisés, archivage des scripts/données brutes/résultats (ex: GitHub).
- Présentation des résultats aux réunions d’équipe
- Participation à la rédaction d’articles scientifiques (ex: figures, tableaux, méthodes).

Your Profil

Skills

Générales :
- Formation initiale en Master 2 Bio-informatique, Biologie des Systèmes, Génomique, ou Neurosciences avec une forte composante en analyse de données.

Spécifiques :
- Connaître le principe du séquençage d'ANRm en noyaux ou cellules isolé.es.
- Bioinformatique et biostatistiques: analyse de données single-cell/single-nucleus RNA-seq, tests statistiques, visualisation des données.
- Programmation : Maîtrise de R et idéalement Seurat et Python.
- Plateformes de disséminiation des codes informatiques (ex Github).

Transversales :
- Excellente autonomie en analyse et programmation : évolution dans une équipe de neurobiologiques sans forte expertise en programmation.
- Excellente communication, capacités didactiques et de synthèse, esprit d'équipe
- Anglais professionnel (présentations d'équipes et écriture en anglais impérativement).

Your Work Environment

Le.la candidat.e rejoindra l'équipe dirigée par Julien Bouvier, circuits neuronaux et contrôle moteur, (https://neuropsi.cnrs.fr/departements/icn/equipe-julien-bouvier/), composée d’un directeur de recherche, d'un maître de conférences, d’une ingénieure d’études, d’une assistante ingénieure, de 2 postdoctorants, de deux étudiants en thèse et de plusieurs étudiants en licence et master.

Constraints and risks

Travail à l'ordinateur.

Compensation and benefits

Compensation

Entre 2 466,98 € et 3 786,43 € bruts mensuels, selon expérience professionnelle et grille des salaires du CNRS.

Annual leave and RTT

44 jours

Remote Working practice and compensation

Pratique et indemnisation du TT

Transport

Prise en charge à 75% du coût et forfait mobilité durable jusqu’à 300€

About the offer

About the CNRS

The CNRS is a major player in fundamental research on a global scale. The CNRS is the only French organization active in all scientific fields. Its unique position as a multi-specialist allows it to bring together different disciplines to address the most important challenges of the contemporary world, in connection with the actors of change.

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