Missions

Concevoir et réaliser des project d'instrumentats, notamment outils matériels, informatiques et analytiques pour l'acquisition et l'exploitation de données dans le cadre d'un projet de recherches en Neurosciences sur le contrôle nerveux des mouvements, chez la souris.

Activités

- Concevoir des outils d’exploitation, en aval du travail expérimental, des données cinématiques des mouvements de l'animal par suivi vidéo par Deep Learning, ou par Motion Capture, pour en extraire des métriques pertinentes et procéder à des classifications supervisées et non-supervisées des différents types de comportements exprimés par l'animal.

- Implémenter des outils d'acquisition de signaux, et de commande en boucle fermée pour le pilotage de certains instruments de mesure, à l’aide d’un logiciel de programmation réactive visuelle (Bonsai).

- Continuer le développement déjà initié dans le laboratoire, en concertation avec les expérimentateurs, d'un pipeline d’analyse d’images histologiques, permettant d'identifier les objets d'intérêt (cellules ou process neuronaux) et de les cartographier dans un cerveau de référence, basé sur des logiciels libres et des scripts développés au laboratoire.

- Piloter un groupe de travail et de formation des utilisateurs à ces méthodes.

- valorisation et présentation des résultats: animation de réunions d'équipe, présentation devant l'institut, écriture d'articles scientifiques ou de tutoriels destinés à des plateformes open-source.

- Assurer un support à l’équipe en bio-ingénierie et informatique scientifique.

Compétences

Nous recherchons une personne avec un intérêt pour le développement et l’optimisation d'outils expérimentaux et analytiques en neuroscience et possédant les compétences suivantes:

- Connaître les techniques de traitement d’image, traitement du signal, de mathématiques et informatique appliquées, de bioingénierie, d’optique, de microscopie, machine vision
- maîtrise des languages de programmation (par ex Python, R, Matlab, C#).
- Connaître les plateformes de dissémination des codes informatiques (par ex Github)
- Avoir une aisance avec les outils informatiques en général (Windows ou Linux,…)
- Avoir des connaissances en électronique, mécanique, impression 3D seront un atout.
- Langue anglaise niveau B2 à B1 (cadre européen commun de référence pour les langues)
- Anticiper les évolutions fonctionnelles et techniques
- Piloter un projet
- Animer une réunion, maitriser les techniques de présentations orales et écrites
- Avoir le sens de la pédagogie
- Appliquer les règles d’hygiène et de sécurité

Une formation d’école d’ingénieur ou de doctorat est attendue, incluant notamment une ou plusieurs des spécialités suivantes : traitement d’image, traitement du signal, mathématiques et informatique appliquées, bioingénierie, optique, microscopie, machine vision, ou une expérience avérée dans ces domaines.

Contexte de travail

Le.la candidat.e rejoindra l'équipe dirigée par Julien Bouvier, circuits neuronaux et contrôle moteur, (https://neuropsi.cnrs.fr/departements/icn/equipe-julien-bouvier/), composée d’un directeur de recherche, d’une ingénieure d’études, d’un assistant ingénieur, de 2 ingénieurs de recherches, de deux étudiants en thèse et de plusieurs étudiants en licence et master. Au sein de l’institut, il.elle pourra interagir avec une équipe spécialisée dans l’analyse de données.
L'Institut des Neurosciences Paris-saclay (Neuro-PSI) est implanté sur le site du CEA à Saclay et regroupe 21 équipes de recherche, des plateformes et services techniques permettant l'étude du fonctionnement cérébral chez plusieurs modèles animaux à tous les niveaux.

L'accès au site CEA est desservi par un service de bus à partir du RER le guichet et Massy.

Contraintes et risques

Beaucoup de travail à l’ordinateur.
Certaines tâches se feront dans une zone hébergeant des souris (allergènes).