Ingénieur d’études en analyse de données de génomique évolutive (H/F)

Job Description

Missions

Nous proposons un contrat d’ingénieur d’études de 6 mois en bioinformatique/génomique évolutive pour étudier la distribution et l’évolution des facteurs du déterminisme du sexe (chromosomes sexuels et endosymbionte féminisant Wolbachia) dans des populations naturelles de l’isopode Armadillidium nasatum, par une approche de génomique des populations.
Pour cela, la mission consistera à analyser des jeux de données de séquences génomiques Illumina issues de 200 individus, disponibles au laboratoire, incluant assemblage de novo, annotation de gènes, mapping, analyses de SNPs et de variants structuraux, etc.

Activity

Analyses bioinformatiques de données de séquençage à haut débit
Compte-rendus de résultats

Your Profil

Skills

Master en bioinformatique, génomique évolutive ou autre domaine apparenté ; connaissances en programmation (Python, R…) ; maîtrise de l'environnement UNIX/LINUX. Une expérience solide en manipulation et analyse de données de séquences issues des nouvelles technologies de séquençage et/ou des connaissances en évolution moléculaire seront un plus. La personne recrutée devra faire preuve de rigueur et d’autonomie dans l’organisation de sa mission et être capable de travailler en équipe.

Your Work Environment

Ce poste s'inscrit dans le cadre du projet ANR Resist dirigé par Richard Cordaux, dont l'un des objectifs est d'élucider les bases génétiques et les conséquences évolutives du déterminisme du sexe induit par des micro-organismes symbiotiques du genre Wolbachia chez les crustacés isopodes. Transmise verticalement par la voie maternelle, Wolbachia augmente sa transmission en convertissant les hôtes mâles génétiques en femelles phénotypiques (féminisation) chez de nombreux isopodes (Cordaux et al. 2011; Cordaux & Gilbert 2017). Cela conduit à des biais de sexe ratio en faveur des femelles, qui sous-tendent des conflits génétiques favorisant l’évolution de gènes de résistance permettant le rétablissement de sexe ratios équilibrés. L’espèce sur laquelle porte le projet est Armadillidium nasatum, chez qui les chromosomes sexuels sont de type XY/XX, et dont certains individus sont naturellement porteurs de l’endosymbionte féminisant Wolbachia (Becking et al. 2019).
La personne recrutée travaillera en collaboration avec trois chercheurs (Richard Cordaux, Olivier Coen et Clément Gilbert) et bénéficiera d’un environnement scientifique comprenant de nombreux bioinformaticiens. Plus généralement, la personne recrutée aura de nombreuses opportunités d’interagir avec d’autres chercheurs du laboratoire EGCE et de l’institut IDEEV. Enfin, l'équipe d'accueil est dotée de moyens de calcul dédiés.
Date de début souhaitée : décembre 2026
Références
Becking T et al. 2019. Sex chromosomes control vertical transmission of feminizing Wolbachia symbionts in an isopod. PLOS Biology. 17:e3000438. doi: 10.1371/journal.pbio.3000438.
Cordaux R, Bouchon D, Greve P. 2011. The impact of endosymbionts on the evolution of host sex-determination mechanisms. Trends Genet. 27:332–41.
Cordaux R, Gilbert C. 2017. Evolutionary Significance of Wolbachia-to-Animal Horizontal Gene Transfer: Female Sex Determination and the f Element in the Isopod Armadillidium vulgare. Genes. 8:186. doi: 10.3390/genes8070186.

Constraints and risks

Aucun

Compensation and benefits

Compensation

Entre 2571,89 et 3312,44 euros bruts mensuels, selon expérience

Annual leave and RTT

44 jours

Remote Working practice and compensation

Pratique et indemnisation du TT

Transport

Prise en charge à 75% du coût et forfait mobilité durable jusqu’à 300€

About the offer

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