Missions

Nous proposons un contrat de postdoctorat de 18 mois en bioinformatique/génomique évolutive pour étudier les bases génétiques du déterminisme du sexe et de la résistance à la transmission verticale de l’endosymbionte Wolbachia portées par les chromosomes sexuels chez l’isopode Armadillidium nasatum.
Pour cela, la mission consistera à analyser des jeux de données de séquences génomiques disponibles au laboratoire (nanopore, HiC, poolseq…), incluant assemblage de novo, annotation de gènes, mapping, analyses de SNPs et de variants structuraux, etc.

Activités

Analyses bioinformatiques de données de séquençage à haut débit
Compte-rendus de résultats
Rédaction d’articles scientifiques
Communications orales en congrès nationaux et internationaux

Compétences

Doctorat en bioinformatique, génomique évolutive ou autre domaine apparenté ; connaissances en programmation (Python, R…) ; maîtrise de l'environnement UNIX/LINUX ; et une expérience solide en manipulation et analyse de données de séquences issues des nouvelles technologies de séquençage. Des connaissances en évolution moléculaire seront un plus. La personne recrutée devra faire preuve de rigueur et d’autonomie dans l’organisation de sa mission et être capable de travailler en équipe.

Contexte de travail

Ce poste s'inscrit dans le cadre du projet ANR Resist dirigé par Richard Cordaux, dont l'un des objectifs est d'élucider les bases génétiques et les conséquences évolutives du déterminisme du sexe induit par des micro-organismes symbiotiques du genre Wolbachia chez les crustacés isopodes. Transmise verticalement par la voie maternelle, Wolbachia augmente sa transmission en convertissant les hôtes mâles génétiques en femelles phénotypiques (féminisation) chez de nombreux isopodes (Cordaux et al. 2011; Cordaux & Gilbert 2017). Cela conduit à des biais de sexe ratio en faveur des femelles, qui sous-tendent des conflits génétiques favorisant l’évolution de gènes de résistance permettant le rétablissement de sexe ratios équilibrés. Nous avons mis en évidence un tel système de résistance chez l’isopode Armadillidium nasatum, qui conduit au blocage de la transmission verticale de Wolbachia (rétablissant ainsi des mâles dans la descendance) et dont la base génétique est associée aux chromosomes sexuels (de type XY/XX dans cette espèce) (Becking et al. 2019).
La personne recrutée travaillera en collaboration avec deux chercheurs (Richard Cordaux et Clément Gilbert) et bénéficiera d’un environnement scientifique comprenant de nombreux bioinformaticiens. Plus généralement, la personne recrutée aura de nombreuses opportunités d’interagir avec d’autres chercheurs du laboratoire EGCE et de l’institut IDEEV. Enfin, l'équipe d'accueil est dotée de moyens de calcul dédiés.
Date de début souhaitée : mars 2025 (négociable)
References
Becking T et al. 2019. Sex chromosomes control vertical transmission of feminizing Wolbachia symbionts in an isopod. PLOS Biology. 17:e3000438. doi: 10.1371/journal.pbio.3000438.
Cordaux R, Bouchon D, Greve P. 2011. The impact of endosymbionts on the evolution of host sex-determination mechanisms. Trends Genet. 27:332–41.
Cordaux R, Gilbert C. 2017. Evolutionary Significance of Wolbachia-to-Animal Horizontal Gene Transfer: Female Sex Determination and the f Element in the Isopod Armadillidium vulgare. Genes. 8:186. doi: 10.3390/genes8070186.

Contraintes et risques

Pas de contrainte ou risque particulier