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Chercheur contractuel: microbiome des poissons marins (H/F)

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Informations générales

Référence : UMR9190-SEBVIL-001
Lieu de travail : MONTPELLIER
Date de publication : mercredi 11 avril 2018
Type de contrat : CDD Scientifique
Durée du contrat : 24 mois
Date d'embauche prévue : 1 septembre 2018
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : 2300-2600
Niveau d'études souhaité : Doctorat
Expérience souhaitée : 1 à 4 années

Missions

Le projet EXOFISHMED (ANR Jeunes Chercheurs ; 2018-2020) vise à mieux comprendre les causes et les conséquences de l'invasion par les poissons herbivores exotiques du genre Siganus qui tendent à exclure le seul poisson herbivore indigène (Sarpa salpa) et à exterminer les macrophytes en Méditerranée.
Ce projet pluridisciplinaire inclut notamment un axe de recherche sur le microbiome intestinal des poissons, en particulier pour (i)mesurer les variabilités intra- et interspécifique de la diversité de ces microbes et (ii) évaluer les rôles du microbiome pour l'assimilation des nutriments par le poisson.
Le/la chercheur(se) mènera des recherches pour répondre à ces 2 problématiques.

Activités

- participation aux campagnes d'échantillonnage en mer à l'automne 2018 et en 2019.
- prélèvement des microbiomes intestinaux des poissons
- préparation des échantillons avant l'envoi au séquençage
- traitement bioinformatique et analyses biostatistique des données obtenues
- diriger l'écriture d'au moins 3 articles issues de ces analyses

Compétences

- bonnes connaissances en écologie des communautés microbiennes, en particulier sur les microbiomes des animaux
- maitrise des protocoles en biologie moléculaire (notamment PCR)
- maitrise des outils de bioinformatique (traitement de données issues de NGS) et de biostatistiques
- bonne maitrise de l'anglais scientifique et de la rédaction d'articles
- si possible connaissances en biologie des poissons et expérience de prélèvements de microbiome (dissection)

Contexte de travail

Le/la chercheur(se) travaillera dans les locaux de l'UMR MARBEC sur le campus de l'université de Montpellier. Il/elle bénéficiera des discussions scientifiques au sein des thèmes "Dynamique et fonctionnement des communautés" et "Micro-organismes et interactions avec les macro-organismes".

Contraintes et risques

Campagnes d'échantillonnage à l'étranger

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