H/F- Ingénieur de recherche en Ingéniérie logicielle au sein d'IMGT

Job Description

Missions

Responsable de gestion du flux d'information, de la biocuration en immunogénétique ainsi que de la qualité. Maintenance d’outils et transfert de technologie du laboratoire en startup/deeptech

Activity

Activité 1 :
o Gestion du flux d'information des données, traitement informatique et expertise biologique des séquences nucléotidiques en immunogénétique pour le système d'information IMGT.
o Réceptionner les données des séquences nucléotidiques des immunoglobulines et des récepteurs des cellules T
o Utiliser des scripts et des procédures stockées en Java, Python, Rust et en PHP
Activité 2 :
o Interroger les bases de données avec des requêtes SQL.
o Intégrer les données dans la base de données LIGM-DB
o Distribuer les données à analyser aux collègues en biocuration
o Contrôler la qualité des données avant intégration dans les bases de données.
o Adaptation aux nouvelles architectures et technologies mis en place par le service informatique de l’équipe.
o Collaborer avec le service bioinformatique dans les études de conception et d'évolution des outils et bases de données du système de la modélisation jusqu'à validation finale.
o Rédiger la documentation du pipeline et workflow des différentes procédures appliquées.
Activité 3 :
o Concevoir, analyse, maintien, évolution et test des outils de la biocuration.
o Rediger et mettre à niveau les documentations techniques et fonctionnelles.
o Modeliser, concevoir et/ou paramétrer tout ou partie de la solution logicielle
o Developper et tester les objets et composants, les logiciels.
o Assurer la maintenance évolutive et curative des développements réalisés
o Elaborer la stratégie de test, concevoir, spécifier et exécuter des tests fonctionnels et/ou techniques
o Creer et tester les packages applicatifs et les scripts de déploiement en production
o Réceptionner, installer, documenter, mettre à disposition les packages en assurant le suivi des versions
Activité 4 :
o Contribuer à la mise en place du système de management qualité selon les normes ISO 9001 et NFX-50-00
o Piloter le processus Infrastructure qualité du laboratoire.
o Participer à la gestion du parc informatique et à la résolution des incidents.
o Organiser les réunions des différents processus mis en place dans le cadre de la démarche qualité.
o Mettre en place des indicateurs en relation avec la stratégie scientifique et politique du laboratoire et les suivre.
Activité 5 :
o Maintenir, gérer et améliorer les bases de données de l’IMGT.
o Participer à la gestion des infrastructures et au déploiement des logiciels.
o Participation à l’administration des serveurs, à la gestion des données et des permissions.
Activité 6 :
o Accroître la visibilité des projets de la biocuration.
o Présenter les travaux de biocuration en interne et en externe en réalisant des posters, rédigeant des résumés pour les congrès nationaux et internationaux de biocuration.
o Présenter et valoriser l’image, l’expertise, les logiciels et les bases de données IMGT.
Activité 7 :
o Encadrer les nouveaux arrivants : les former à la méthodologie de la biocuration, les accompagner tout au long de la réalisation de leurs projets au sein du laboratoire.
o Contrôler tous les projets Recherche et Développement du laboratoire avant la publication des résultats sur le site d’IMGT.
o Prendre en charge des projets d’annotations, gestion de projet, estimer les échéances, planifier et suivre les avancements des projets.
o Rechercher et intégrer les séquences d’intérêts des nouveaux génomes dans les bases de données et outils d’IMGT.
o Expertise biologique et bioinformatique de ces séquences : Rechercher, Comparer, Identifier et Décrire les gènes dans ces séquences
o Etablir la nomenclature des gènes selon les concepts d’IMGT-ONTOLOGY : Elaborer des règles et standards pour enrichir les concepts de standardisation d’IMGT-ONTOLOGY
o Rédiger et mettre à niveau les procédures et documentations technique et fonctionnelle pour les biocurateurs.
o Synthétiser les résultats, les publier sous forme de pages web en HTML dans IMGT répertoire, utiliser des scripts en PHP.
o Gérer les incidents et apporter des corrections aux logiciels utilisés en biocuration.
o Inventorier les séquences exprimées d'ADNc.
o Utiliser l’outil IMGT/Automat pour l’annotation des cDNA
o Enrichir les bases de données et outils en conséquence.

Your Profil

Skills

- Savoirs / connaissances
o Bioinformatique , Java, PHP, JavaScript, Rust, MySql, Python, HTML, Linux, Windows
o Méthodologie de conduite de projet.
o Méthode d'analyse et de conception
o Immunoinformatique.
o Immunogénétique.
o Management système de management Qualité
o Anglais technique

- Savoir-faire
o Piloter un projet.
o Effectuer une analyse de besoins.
o Appliquer les techniques du domaine.
o Appliquer les procédures d'assurance qualité
o Appliquer les normes, procédures et règles.
o Piloter un processus dans le cadre de la démarche qualité.
o Organiser et animer des réunions qualité et de travail.
o Rédiger et mettre à jour la documentation fonctionnelle et technique
o Développer des logiciels de biocuration et des logiciels de valorisation.
o Maintien des logiciels existants.
o Optimiser la qualité des données.
o Maintenir les bases de données.
o Gestion d'incidents informatiques
o Gestion des données
o Gestion des versions des logiciels.
o Test et versioning des logiciels.
o Encadrer et coordonner l'équipe de Biocuration.
o Faire la veille scientifique, technologique et Benchmarking.
o Communiquer, rédiger et valoriser le travail
o Savoir être à l'interface entre biologistes et informaticiens

Your Work Environment

Le travail sera réalisé dans l'équipe IMGT à l'Institut de Génétique Humaine (IGH).
L'IGH est un institut phare pour la recherche en sciences de la vie et est situé dans la ville de Montpellier, dans le sud de la France. Il offre des équipements et des installations de pointe dans un environnement international de premier ordre.
L' IGH est situé sur le campus Arnaud de Villeneuve, partie prenante du programme Objectif Employeur Pro-Vélo.
L'équipe IMGT est délocalisée sur le campus de la fac de pharmacie.

Conditions de travail: télétravail possible 2 jours/semaine
Moyens: Ordinateur fixe et portable, imprimante dédiée, serveurs en commun pour l'analyse

Equipe: www.imgt.org
Publications: www.imgt.org/IMGTinformation/IMGTreferences.php?data=publications

Constraints and risks

Travail sur ordinateur

Compensation and benefits

Compensation

à partir de 3175€ brut mensuel, ajustable en fonction de l'expérience professionnelle sur des postes de niveau équivalent

Annual leave and RTT

44 jours

Remote Working practice and compensation

Pratique et indemnisation du TT

Transport

Prise en charge à 75% du coût et forfait mobilité durable jusqu’à 300€

About the offer

About the CNRS

The CNRS is a major player in fundamental research on a global scale. The CNRS is the only French organization active in all scientific fields. Its unique position as a multi-specialist allows it to bring together different disciplines to address the most important challenges of the contemporary world, in connection with the actors of change.

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