Missions

La personne est responsable en particulier du traitement de données immunogénétiques (immunoglobulines ou anticorps, récepteur T et protéines de la superfamille des immunoglobulines (IgSF).

Activités

- Définir le plan d'études et mettre en place les procédures de recueil et de contrôle des données issues des travaux de recherche en immunogénétique.
· Contribuer à l'analyse de nouveaux projets d'annotation et de biocuration et de bioinformatique au sein de l'équipe IMGT®.
· Réaliser l'analyse, l'expertise et le traitement des données de locus d'immunoglobulines et de récepteurs T (nouvelles espèces), et des protéines de la superfamille IgSF au sein de l'équipe IMGT®.
· Adapter si nécessaire les outils bioinformatiques aux besoins du projet d'annotation et de biocuration, de la mise en forme et du stockage des données.
· Alimenter les bases de données et contrôler leurs cohérences.
· Créer, modifier les pages Web dans le domaine
· Assurer la veille technique et scientifique
· Diffuser et valoriser des résultats sous formes de rapports ou d'études à usage des communautés professionnelles et scientifiques.

Compétences

- Connaissance dans le domaine de l’immogénétique, de la biologie moléculaire et de l'immunoinformatique
- Comprendre et interpréter une problématique dans le domaine
- Utilisation des sites biologiques et bioinformatiques (NCBI, ENSEMBL …) et d’outils d’analyse et de recherche de données (BLAST, FASTA, ALIGN …)
- Connaître un langage de programmation orienté web (HTML, CSS …)
- Maîtriser les techniques de présentation (écrites et orales)
Connaissance des environnements Unix et Windows
- Anglais courant (lu, écrit, parlé)
- Savoirs-être: Membre d’equipe

Contexte de travail

https://www.imgt.org/

Bibliographie pertinente
-Debbagh C., Folch G., Jabado-Michaloud J., Giudicelli V., Kossida S.
Deciphering Gorilla gorilla gorilla immunoglobulin loci in multiple genome assemblies and enrichment of IMGT resources.
Frontiers in Immunology, 2024, 15:1475003. doi: 10.3389/fimmu.2024.1475003.
- Sanchez Sanchez G., Emmrich S., Georga M., Papadaki A., Kossida S., Seluanov A., Gorbunova V., Vermijlen, D.
Invariant γδTCR natural killer-like effector T cells in the naked mole-rat.
Nature communications, 2024 15(1), 4248. doi: 10.1038/s41467-024-48652-z.
- Nguefack Ngoune V., Bertignac M., Georga M., Papadaki A., Albani A., Folch G., Jabado-Michaloud J., Giudicelli V., Duroux P., Lefranc MP., Kossida S.
IMGT® Biocuration and Analysis of the Rhesus Monkey IG Loci.
Vaccines (Basel). 2022 Mar 3;10(3):394. doi: 10.3390/vaccines10030394 PMID: 35335026 Free PMC article.
- Linguiti G., Kossida S., Pierri CL., Jabado-Michaloud J., Folch G., Massari S., Lefranc M-P., Ciccarese S., Antonacci R.
The T cell receptor (TRB) locus in Tursiops truncatus: From sequence to structure of the alpha/beta heterodimer in the human/dolphin comparison.
Genes (Basel). 2021 Apr 14;12(4):571. doi: 10.3390/genes12040571.PMID: 33919966 Free PMC Article.
- Pégorier P., Bertignac M., Nguefack Ngoune V., Folch G., Jabado-Michaloud J.,Giudicelli V., Duroux P., Lefranc M.-P. and Kossida S.
IMGT® Biocuration and Comparative Analysis of Bos taurus and Ovis aries TRA/TRD Loci.
Genes (Basel), 2020 Dec 28;12(1):30. doi: 10.3390/genes12010030.
- Pégorier P., Bertignac M., Chentli I., Nguefack Ngoune V., Folch G., Jabado-Michaloud J., Hadi-Saljoqi S., Giudicelli V., Duroux P., Lefranc M.-P. and Kossida S.
IMGT® biocuration and comparative study of the T cell Receptor beta locus of veterinary species based on Homo sapiens TRB.
Front. Immunol., 2020 May 5;11:821doi: 10.3389/fimmu.2020.00821.

Contraintes et risques

Travail sur ordinateur