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Portail > Offres > Offre UMR9002-BERROB-006 - Ingénieur en bio-informatique H/F

Ingénieur en bio-informatique H/F

Cette offre est disponible dans les langues suivantes :
Français - Anglais

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Informations générales

Référence : UMR9002-BERROB-006
Lieu de travail : MONTPELLIER
Date de publication : dimanche 1 décembre 2019
Type de contrat : CDD Technique/Administratif
Durée du contrat : 12 mois
Date d'embauche prévue : 4 février 2020
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : environ 25000€ brut par an sur la base grille IE CNRS
Niveau d'études souhaité : Bac+5
Expérience souhaitée : 1 à 4 années

Missions

L'ingénieur(e) sera en charge de l'analyse de données de NGS, du développement de pipelines et de scripts et de la bonne gestion des données. Il sera intégré dans une équipe dont l'activité de recherche porte sur l'analyse de différentes propriétés des chromosomes en méiose.

Activités

- Contribuer au développement et à la maintenance des pipelines d'analyse
- Participer à des projets d'analyse de données NGS (utilisation de pipeline développés dans l'équipe, optimisation des paramètres, choix des outils, comparaison avec des données de la littérature, …)
- Mettre en place les bonnes pratiques de développement
- Support pour la gestion des données
- Veiller au respect des principes d'accessibilité, d'interopérabilité et de portabilité des données et outils.
- Interagir et apporter un soutien technique à l'ensemble de l'équipe.
- Assurer une veille technologique
Ce travail sera supervisé par un chercheur en bio-informatique et devra être effectué en interaction étroite avec les biologistes moléculaires.

Compétences

Connaissances et expertises en bioinformatique, niveau Master.
- Expertise dans l'analyse de données NGS (ex. : ChiP-seq ou RNA-seq)
- Maîtrise de plusieurs langages de script et de programmation parmi bash, C/C++, Perl, Python, R.
- Maîtrise des outils de versioning et développement collaboratif (Git, GitHub)
- Connaissance des gestionnaires de workflow
- Pratique du calcul distribué sur cluster
- Maîtrise de l'anglais pour l'interaction avec les collègues non francophones et la rédaction de documentations
- Pratique d'outils statistiques sous R

Contexte de travail

L'équipe de B. de Massy développe des projets de recherche sur la recombinaison en méiose chez la souris par des approches génétiques, moléculaires et génomiques. De nombreuses données de génomique sont actuellement générées et doivent être analysées, et également comparées avec les données publiées par d'autres équipes. Un chercheur en bio-informatique dans l'équipe supervise ces analyses.

Contraintes et risques

Travail bioinformatique sur ordinateur

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