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Régions riches en proline des protéines désordonnées dans les maladies neurodégénératives (H/F)

Cette offre est disponible dans les langues suivantes :
Français - Anglais

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Informations générales

Référence : UMR8576-ISALAN-001
Lieu de travail : VILLENEUVE D ASCQ
Date de publication : mercredi 29 août 2018
Type de contrat : CDD Scientifique
Durée du contrat : 18 mois
Date d'embauche prévue : 7 janvier 2019
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : 3500 euros/month gross salary
Niveau d'études souhaité : Doctorat
Expérience souhaitée : 1 à 4 années

Missions

Le projet concerne la caractérisation détaillée des structures, fonctions et interactions de régions riches en proline de protéines désordonnées dont l'agrégation est impliquée dans des maladies neurodégénératives. Pour y parvenir, des approches de résonance magnétique nucléaire haute résolution seront développées, afin d'extraire un maximum de données spectrales.
Les missions consistent

- au dévelopement de techniques de spectroscopie RMN pour améliorer la résolution des mesures.
- à la caractérisation des spectres de peptides et protéines désordonnées par RMN
- à la mise en oeuvre de techniques de biophysique pour caractériser agrégation et/ou interactions

Activités

tâches principales

techniques de RMN:

- attribution des spectres,
- mesures RDCs, PRE, CEST, etc.
- Mise en place de séquences d'impulsion

Méthodes computationelles:

- simulations et modélisation moléculaire

Biochimie:

- Expression et purification de protéines recombinantes avec marquages isotopiques

Tâches secondaires

Méthodes de biophysique:

- Agrégation de protéines
- Intéractions de proteins par calorimétrie, fluorescence, SPR,…

Compétences

La/le candidat-e doit détenir un doctorat en chimie, biochimie ou biophysique à la date du 1er janvier 2019. La/le candidate doit avoir de solides connaissances en spectroscopie RMN. De l'expérience dans l'une des qualifications suivantes sera considéré comme pertinente: RMN biomoléculaire (attribution, RDCs, PRE, CEST, etc.), conception de séquences d'impulsions RMN (telle que le « Pure Shift »), simulations et modélisation moléculaire, expression et purification de protéines recombinante, maîtrise d'autres méthodes de biophysique pour étudier l'agrégation des protéines et les interactions protéiques (calorimétrie, fluorescence, SPR, ...). Le candidat doit maîtriser l'anglais (parlé et écrit).

Contexte de travail

Le projet est accueilli dans l'équipe RMN et interactions moléculaires de l'UMR8576, dirigée par Dr. Isabelle Landrieu (CNRS,) à Lille, France, (http://groupe-rmn-modelisation.univ-lille1.fr/). Le projet est financé par la Métropole Européenne de Lille (MEL) et le CNRS, et sera directement supervisé par le Dr. Davy Sinnaeve (CNRS).
Le groupe a accès à une infrastructure de pointe de spectromètres RMN, incluant 3 instruments à Hauts Champs
(900 MHz Avance NEO, 800 MHz Avance NEO and 600 MHz Avance III HD), deux d'entre eux étant équipés de cryo-sondes. De plus, nous sommes intégrés à l'infrastructure nationale "très grands équipements RMN, un réseau national de laboratoires de RMN. Le réseau connecte tous les spécialistes français de la RMN haute resolution et permet l'accès à des spectromètres additionnels à hauts champs. Le laboratoire possède des infrastructures performantes pour la biologie moléculaire, biochimie et biologie cellulaire. Nous avons un accès direct à un micro-calorimètre, biacore T200 SPR et un fluorimètre (lecture en plaques) pour caractériser les interactions protéine-protéine. Le groupe NMR and Molecular Interactions a un intérêt de longue date dans l'étude des protéines intrinsèquement désordonnées, en particulier la protéine neuronale Tau, et de leurs modifications post-traductionnelles, en utilisant des techniques de RMN liquide de pointe. Le laboratoire est intégré au Laboratoire d'Excellence (LabEx) «Distalz» (Development of innovative strategies and transdisciplinary approaches in Alzheimer, distalz.univ-lille2.fr/), créant un environnement multidisciplinaire de spécialistes dans le domaine de la maladie d'Alzheimer et autres maladies neurodégénératives.

Contraintes et risques

Risques liés à la manipulation de cryo-fluides(spectromètres)

Informations complémentaires

Le projet concerne l'étude de séquences riches en résidus proline présentes dans des protéines intrinsèquement désordonnées qui sont impliquées dans des maladies neurodégénératives majeures, telles que la maladie de Huntington et la maladie d'Alzheimer. Ces régions riches en proline sont fréquentes dans les protéines intrinsèquement désordonnées, néanmoins il y a un manque de connaissance sur la physico-chimie de ces séquences. Leur étude par spectroscopie de résonance magnétique nucléaire (RMN) est un défi particulier en raison de l'important recouvrement des signaux propre aux séquences répétées, et l'absence de méthodes RMN adaptées. Des méthodes seront développées dans ce projet de « déplacement pur (pure shift) » qui ont un potentiel important pour améliorer la résolution spectrale pour les protéines désordonnées en général, et les séquences riches en proline en particulier. Cette méthode émergente pour des applications biomoléculaires sera directement appliquée dans un contexte biomédical. Cette méthodologie « Pure Shift », en conjonction avec les ressources de spectromètres à haut champs présentes sur le campus Lillois devraient permettre d'attendre le plus haut potentiel de résolution possible. Ces nouveaux outils devraient nous permettre de comprendre le lien structure/fonction entre ces séquences répétées et la susceptibilité à l'agrégation de protéines désordonnées retrouvées dans des maladies neurodégénératives

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