Missions

L’ingénieure ou Ingénieur de Recherche (IR) recruté apportera un soutien technique et conceptuel pour les projets bioinformatiques de l’équipe d’accueil. Il/elle mettra en application des pipelines d'analyses de données génomiques générées au laboratoire en utilisant les méthodes les plus récentes (www.pnds-lab.eu). Il/elle proposera et développera également des stratégies originales permettant des analyses bio-informatiques ciblées et adaptées aux questions biologiques du projet ChromatinPhotoDynamics (Plant nuclear dynamics in response to light signaling) ainsi qu’à différents projets collaboratifs.

Activités

Ses analyses porteront sur la caractérisation de profils génomiques (séquençage d'ADN génomique), épigénomiques (ChIP-seq, WGBS) et transcriptomique (RNA-seq) obtenus par des approches NGS sur la plante modèle Arabidopsis thaliana. L'intégration fonctionnelle de ces jeux de données visera à appréhender l'évolution des génomes et épigénomes d'organismes photosynthétiques, ainsi que les mécanismes permettant leur adaptation aux changements environnementaux. L'ingénieur pratiquera également une veille de la littérature scientifique sur ses sujets d'étude et participera de façon active et en anglais aux réunions d'équipe.

Compétences

Le/la candidat.e doit avoir :
- une compétence en bio-informatique, biologie computationnelle
- un socle de connaissances en biologie/génomique moléculaire
- une maîtrise de langages de programmation (UNIX requis, python optionnel) et d'analyse statistique (R)
- un savoir-faire démontré en analyse bio-informatique de données génomiques, épigénomiques et/ou transcriptomiques
- une bonne compréhension des méthodes et des contraintes de la biologie expérimentale
- être rigoureux.se et organisé.e afin de mener plusieurs activités en parallèle
- une capacité de souplesse face aux difficultés et de l'esprit d'initiative pour identifier des solutions techniques
- démontrer une aptitude au travail collégial et d'esprit d'équipe pour partager ses connaissances et, réciproquement, intégrer les conseils des autres membres de l'équipe
- tenir un suivi en ligne de l'ensemble de ses analyses et des codes utilisés pour le laboratoire d'accueil (github, etc)
- être disposé.e à des discussions, des présentations scientifiques, et à la rédaction d'articles en anglais
Niveau de recrutement : Doctorat, Master 2 avec expérience professionnelle, ou ingénieur.

Contexte de travail

L'Institut Biologie Paris Seine (IBPS) est un centre de recherche pluridisciplinaire à vocation internationale localisé sur le campus Pierre et Marie Curie de Sorbonne Université, à proximité de nombreux moyens de transports (RER, métro, bus). Au sein de cet institut, l’équipe d’accueil comprend 11 membres, au sein du du laboratoire Dev2A (Development Adaptation Aging), une unité mixte de recherche CNRS/Inserm/Sorbonne de 230 agents.
L’IBPS est doté d’une plateforme de service en bioinformatique (Inforbio) et le campus de Sorbonne Université est doté de la plateforme technologique MeSU mettant à disposition un supercalculateur et des espaces de stockage.
Les travaux de l'équipe d'accueil portent sur les mécanismes par lesquels l'environnement peut influencer la dynamique chromatiniennes et transriptionnelles en tant que mécanisme adaptatif des espèces photosynthétiques. Le/la candidat.e travaillera sous la direction de Fredy Barneche (Directeur de Recherche CNRS) pour le design et l’interprétation des analyses du projet ANR ChromatinPhotoDynamics. Il/elle sera également encadré par Clara Bourbousse (Chargé de Recherche CNRS) sur les projets complémentaires du laboratoire, et interagira avec les doctorant.e.s et membres de l'équipe PNDS, en particulier les ingénieurs bio-informaticiens déjà présents.
Le projet ChromatinPhotoDynamics est financé pour quatre ans par l'Agence Nationale de la Recherche (ANR). Le CDD initial de 12 mois est reconductible deux fois après commun accord.

Contraintes et risques

Maximum un jour de télétravail par semaine, à concorder en avance avec le N+1.