Missions

La personne recrutée apportera un soutien technique et conceptuel pour les projets bioinformatiques de l’équipe d’accueil. Il/elle mettra en application des pipelines d'analyses de données génomiques générées au laboratoire en utilisant les méthodes les plus récentes (www.pnds-lab.eu). Il/elle proposera et développera également des stratégies originales permettant des analyses bio-informatiques ciblées et adaptées aux questions biologiques du projet GODESS (Orchestration des génomes par le ppGpp lors de l'émergence des plantules du sol).

Activités

Ses analyses porteront sur la caractérisation de profils épigénomiques (ChIP-seq, WGBS) et transcriptomique (RNA-seq) obtenus par des approches NGS sur la plante modèle Arabidopsis thaliana. L'intégration fonctionnelle de ces jeux de données visera à mieux appréhender d’une part les mécanismes chromatiniens de régulation de l’expression du génome nucléaire et d’autre part les mécanismes de régulation transcriptionnelle du génome chloroplastique, tous les deux dans le contexte de l’adaptation des plantes aux changements environnementaux. L'ingénieur.e pratiquera également une veille de la littérature scientifique sur les méthodes computationnelles nécessaire au développement du projet. Il/elle participera de façon active aux réunions d'équipe.

Compétences

Le/la candidat.e doit avoir :
- une compétence en bio-informatique, biologie computationnelle
- un socle de connaissances en biologie/génomique moléculaire
- une maîtrise de langages de programmation (UNIX requis, python optionnel) et d'analyse statistique (R)
- un savoir-faire démontré en analyse bio-informatique de données génomiques, épigénomiques et/ou transcriptomiques
- une bonne compréhension des méthodes et des contraintes de la biologie expérimentale
- être rigoureux.se et organisé.e afin de mener plusieurs activités en parallèle
- une capacité de souplesse face aux difficultés et de l'esprit d'initiative pour identifier des solutions techniques
- démontrer une aptitude au travail collégial et d'esprit d'équipe pour partager ses connaissances et, réciproquement, intégrer les conseils des autres membres de l'équipe
- tenir un suivi en ligne de l'ensemble de ses analyses et des codes utilisés pour le laboratoire d'accueil
- être disposé.e à des discussions, des présentations scientifiques, et à la rédaction d'articles en anglais
Niveau de recrutement : Master, ingénieur.e, de préférence

Contexte de travail

L'Institut Biologie Paris Seine (IBPS) est un centre de recherche pluridisciplinaire à vocation internationale localisé sur le campus de Jussieu de Sorbonne Université, à proximité de nombreux moyens de transports (RER, métro, bus). Au sein de cet institut, l’équipe d’accueil comprend 11 membres, au sein du laboratoire Dev2A (Development Adaptation Aging), une unité mixte de recherche CNRS/Inserm/Sorbonne de 230 agents.
L’IBPS est doté d’une plateforme de service en bioinformatique (Inforbio) et le campus de Sorbonne Université est doté de la plateforme technologique MeSU mettant à disposition un supercalculateur et des espaces de stockage.
Les travaux de l'équipe d'accueil portent sur les mécanismes par lesquels l'environnement peut influencer la dynamique chromatiniennes et transriptionnelles en tant que mécanisme adaptatif des espèces photosynthétiques. Le/la candidat.e travaillera sous la supervision de Clara Bourbousse (Chargé de Recherche CNRS) pour le design et l’interprétation des analyses. Il/elle sera également suivie par Fredy Barneche (Directeur de Recherche CNRS) sur ces aspects, et interagira avec les doctorant.e.s et membres d'équipe pour les aspects expérimentaux, en particulier un ingénieur bio-informaticien déjà présent qui participera à sa formation. Il/elle participera et présentera ses résultats en anglais aux réunions de laboratoire.
Le projet GODESS est financé par l'Agence Nationale de la Recherche (ANR) dans le cadre d'un projet collaboratif avec deux équipes CNRS de Marseille et Saclay, offrant ainsi un cadre de travail ambitieux et collectif.
Le CDD initial de 12 mois, reconductible.