Missions

Comprendre les mécanismes de processing, de modifications et de contrôle-qualité des ARN ribosomiques de Bacillus subtilis.
Un contrat post-doctoral de 18 mois est disponible dans le groupe "Biogenèse, architecture et interactions des ARN" dirigé par Carine Tisné à l'Institut de Biologie Physico-chimique (IBPC) au coeur de Paris. Le chercheur ou la chercheuse participera au projet ANR ARNr-PMQC. Il/elle étudiera les mécanismes moléculaires de modifications post-transcriptionnelles des ARN ribosomiques de B. subtilis, en collaboration avec l’équipe de Ciaran Condon.
Les ribosomes sont des complexes ribonucléoprotéiques essentiels à la vie qui assurent la synthèse des protéines. Le projet ARNr-PMQC aborde de nouvelles questions liées au processing, aux modifications post-transcriptionnelles (PTMs) et au contrôle qualité (QC) de l'ARN ribosomique (ARNr) dans le modèle des Firmicutes B. subtilis. La maturation des ARNr implique le processing des extensions 5' et 3' par des ribonucléases (RNases) et l'incorporation de PTMs par des enzymes de modification. Chez Bacillus, beaucoup de ces étapes utilisent les protéines ribosomiques comme cofacteurs, reliant ainsi la maturation de l'ARNr au QC d'un assemblage correct des ribosomes. Dans ce projet, nous voulons résoudre les structures des complexes de maturation des ARNr impliquant à la fois des RNases et des enzymes de modification, et explorer un nouveau lien de QC entre modification des ARNr et stabilité des ARNm via le ribosome en pause.

Publications liées au sujet :
Oerum S, Dendooven T, Catala M, Gilet L, Dégut C, Trinquier A, Bourguet M, Barraud P, Cianferani S, Luisi BF, Condon C, Tisné C. (2020), Structures of B. subtilis Maturation RNases Captured on 50S Ribosome with Pre-rRNAs. Mol Cell. 80(2):227-236. doi: 10.1016/j.molcel.2020.09.008.

Activités

- CryoEM : réaliser les grilles, le screening des grilles, la collecte des données sur les microscopes et le traitement des données
-Construction des modèles structuraux et affinement
- Encadrement des personnels de l’équipe (1 IE, 1 post-doc) pour cette technique, leur apprendre à faire des grilles, à traiter les données et à construire et affiner les modèles
- Biochimie (purification de protéines et d'ARN, Transcription in vitro, préparation de complexes ARN-protéine), Dosages enzymatiques

Compétences

Savoirs / connaissances
- Expert en CryoEM des complexes ARN/protéine
- Connaissance générale en biochimie (enzymologie, purification de protéine et d’ARN, etc)
- Supervision de personnes
- Anglais scientifique courant

Savoir-faire
- Planifier et mettre en place l’analyse structurale
- Organiser son travail au quotidien avec les personnes encadrées
- Savoir présenter ses résultats et transmettre ses compétences

Savoirs-être
- Avoir envie d’encadrer et de transmettre son savoir
- Travailler en équipe et encadrer les autres avec bienveillance
- Ouvert, curieux, bon esprit de synthèse
- Organisé, aimer le travail bien fait et terminé
- critique sur les résultats, intègre

Contexte de travail

Toutes les expériences seront réalisées au CNRS, à l'Institut de Biologie Physico-Chimique (IBPC) sur le campus Curie, dans le 5e arrondissement de Paris ou sur des microscopes électroniques pour l’enregistrements de données (Institut Curie, Pasteur, IGBMC, Soleil, ESRF…). Tout le matériel nécessaire se trouve déjà dans le laboratoire ou dans un rayon très proche. L'IBPC est composé de 5 unités de recherche et d'une fédération de recherche. L'équipe dirigée par C. Tisné est dans l'unité d'Expression génétique microbienne. Elle est actuellement composée de 7 personnes (2 chercheurs, 2 ITA, 2 thésards et 1 post-doctorant).