Missions

Notre objectif principal est d'améliorer les résolutions latérale et longitudinale de la microscopie pour les neurosciences en utilisant des techniques optoélectroniques développées en astronomie comme l'optique adaptative (OA) qui compensent les aberrations optiques en temps réel.

Les missions du CDD seront :
- Assurer la conception, mise en exploitation et évolution de dispositifs expérimentaux de microscopie à haute résolution angulaire pour l'imagerie biologique, utilisant l'OA.
- Collaborer avec les différents partenaires (chercheurs biologistes et astronomes, ingénieurs et techniciens) sur les techniques d'imagerie de tissus biologiques ex vivo.

Activités

Début 2025, l'équipe construira un microscrope confocal de fluorescence avec OA. Nous ajouterons ensuite un éclairement par feuille de lumière (lighsheet). Pendant la première année, le CDD :
- Thème 1 : microscrope confocal avec OA
◦ participera à l'alignement du montage
◦ participera aux campagnes de mesures pour :
▪ caractériser et optimiser le système d'OA ;
▪ caractériser les aberrations optiques introduites par l'échantillon biologique, à savoir un cerveau de rat clarifié par différentes méthodes (Cubic+ ou Disco) ;
- Thème 2 : éclairement par lighsheet
◦ optimisera le design optique pour ajouter une voie d'éclairement par lighsheet ;
◦ préparera les commandes du matériel nécessaire à cette voie ;
◦ alignera les composants optiques pour ajouter cette voie d'éclairement au microscope ;
◦ vérifiera les caractéristiques de la lighsheet (épaisseur, champ d'observation, etc).

Les années suivantes, en fonction des priorités discutées collégialement, le CDD participera aux campagnes de mesures pour montrer l'intérêt de l'OA avec un microscrope confocal et il aidera au transfert de technologie vers l'équipe de l'Institut de biologie de l'ENS. Il étudiera le couplage de l'OA avec un lighsheet et il réalisera des démonstratrions en laboratoire.

Ces activités se feront au sein de l'équipe "Applications biomédicales" constituée d'un thésitif (fin de thèse en janvier 2027), d'une ingénieure et de deux chercheurs. L'ensemble des décisions sont prises collégialement afin que le thésitif puisse atteindre les objectifs de sa thèse.

Le cas échéant autres activités du poste :
- structurer une veille technologique
- présenter, diffuser et valoriser les réalisations

Compétences

Connaissances transversales requises :
- Connaissances en microscropie de fluorescence à feuille de lumière
- Connaissances approfondies en optique géométrique et optique physique
- Connaissances générales en sciences physiques
- Compétences en anglais scientifique et technique
-
Connaissances transversales utiles :
- Connaissances sur les différentes techniques de microscopie par fluorescence
- Connaissances en synchronisation (détection-émission par exemple)
- Connaissance de l'environnement de développement Python
- Connaissances en optique adaptative
- Notions de traitement d'images
- Notions d'imagerie en milieu diffusant
-
Savoir-faire requis :
- Montage, alignement des bancs et réglages optiques
- Notions de conception optique assistée par logiciel (Zemax, Code V..)
- Programmer à partir d'un logiciel de traitement de données (IDL, Matlab, etc.) ou en Python, C, C++, rust
- Savoir intégrer un dispositif constitué de composants optiques, optomécaniques, photoniques et informatiques
- Maîtriser les techniques de présentation écrites et orales, de communication et d'animation de reunion

Savoir-faire transversaux
- Proposer de nouveaux concepts et analyser leur faisabilité
- Capacité à proposer des tests inédits, interpréter des résultats expérimentaux et en tirer les conséquences sur le développement des instruments

Savoir être :
- Capacité à travailler en équipe. Actuellement, l'équipe est constituée d'une ingénieur (100%), d'un thésitif (100%), de deux chercheurs (20% et 5%).
- Capacité à transmettre les connaissances acquises et à former les partenaires à la mise en œuvre des dispositifs expérimentaux

Contexte de travail

Le LIRA est un des plus gros laboratoire français de recherche en astrophysique (~275 personnes, dont 86 chercheurs et 76 BIATSS/ITA, 17 émérites, ~20 post-doctorants, ~50 doctorants, ~25 CDD). Il est organisé en plusieurs pôles dont le pôle haute résolution angulaire en astrophysique (~45 personnes) dans lequel s’insère l’équipe Applications biomédicales (4 personnes). Cette équipe dispose d'un laboratoire entièrement dédié à ses activités et d'un banc modulaire permettant de combiner diverses techniques de pointe d'imagerie haute résolution. Ces activités ont pour cadre, depuis 2014, une collaboration entre le LESIA et l'Institut de Biologie de l'ENS (équipes de L. Bourdieu et de J. Bradley).