Ingénieure de recherche (H/F)

Job Description

Missions

-------- MERCI DE TRADUIRE CE TEXTE --------
Mission principale La personne recrutée conduira des recherches en biologie computationnelle et bioinformatique, en étroite interaction avec des biologistes expérimentaux, afin d'analyser et d'intégrer des données single cell, multi omics et spatiales, et de développer des modèles permettant de décrypter la régulation génique médiée par les éléments rétrotransposables.

Activity

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• Analyse de données single cell multi omics (scRNA seq, scATAC seq, multiome) issues de cellules immunitaires et cérébrales.
• Intégration de données de transcriptomique spatiale et d'imagerie avec des atlas single cell.
• Analyses à l'échelle d'atlas et intégration de cohortes publiques et internes.
• Développement de modèles statistiques et d'apprentissage profond pour l'étude de la régulation génomique et des éléments transposables.
• Développement, optimisation et maintenance de pipelines reproductibles (R, Python, Nextflow/Snakemake).
• Contribution à la rédaction d'articles scientifiques et à la valorisation des résultats.

Your Profil

Skills

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Connaissances • Bioinformatique et biologie computationnelle.
• Analyse de données single cell et multi omics.
• Statistiques, apprentissage automatique et/ou deep learning.
Savoir-faire • Excellente maîtrise de R et Python.
• Développement de code propre, reproductible et documenté.
• Utilisation d'outils de gestion de versions (git).
• Expérience avec des pipelines de calcul (Nextflow, Snakemake ou équivalent)
Aptitudes • Forte curiosité scientifique et autonomie.
• Capacité à travailler en équipe interdisciplinaire.
• Rigueur scientifique, sens de l'organisation et esprit collaboratif.•

Your Work Environment

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Le laboratoire développe un programme de recherche interdisciplinaire à l'interface entre biologie computationnelle, génomique fonctionnelle et immunologie. Les travaux portent sur le rôle des rétrovirus endogènes humains (HERVs) et autres éléments mobiles du génome dans la régulation de l'immunité humaine et des fonctions génomiques, en conditions physiologiques et pathologiques.
Les projets s'appuient sur des approches de pointe incluant le single cell et le spatial multi omics, l'intégration de cohortes à grande échelle, ainsi que le développement de modèles statistiques et d'apprentissage profond.

Constraints and risks

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Fort environnement interdisciplinaire et collaboratif.
• Accès à des jeux de données à grande échelle (single cell, multi omics, spatial).
• Accès à des infrastructures de calcul intensif (HPC).
• Laboratoire situé au centre de Paris, avec un environnement de travail attractif.

Compensation and benefits

Compensation

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3237

Annual leave and RTT

44 jours

Remote Working practice and compensation

Pratique et indemnisation du TT

Transport

Prise en charge à 75% du coût et forfait mobilité durable jusqu’à 300€

About the offer

About the CNRS

The CNRS is a major player in fundamental research on a global scale. The CNRS is the only French organization active in all scientific fields. Its unique position as a multi-specialist allows it to bring together different disciplines to address the most important challenges of the contemporary world, in connection with the actors of change.

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