Missions

Les algues brunes restent encore mal caractérisées à l’échelle génomique par rapport à d'autres groupes eucaryotes majeurs tels que les plantes terrestres et les animaux. Pour en savoir plus sur la biologie de ce groupe d’organismes, la Station Biologique de Roscoff, en collaboration avec Genoscope et un consortium international, a réalisé un projet visant à générer des séquences génomiques complètes pour 40 espèces d’algues brunes et quatre groupes frères (https://phaeoexplorer.sb-roscoff.fr/home/). Les génomes sont désormais assemblés et annotés et les premiers réseaux métaboliques à l’échelle des génomes sont en cours d’élaboration.

La-le candidat(e) sera impliqué(e) dans l'analyse des séquences génomiques, en utilisant des approches de génomique comparative pour caractériser les familles de gènes (notamment associées aux caractéristiques biologiques clés des algues brunes), reconstruire des arbres des espèces à l’échelles des génomes et caractériser les mécanismes d’évolution à l’échelle des réseau métaboliques.

Activités

- Traiter les analyses phylogénétiques et évolutives de familles de gènes
- Reconstruire des arbres phylogénétiques.
- Utiliser des approches de génomique comparative.
- Analyser des réseaux métaboliques
- Interpréter et mettre en forme (publication) des résultats obtenus

Compétences

Savoir faire:
- Traiter des données
- Interagir avec des biologistes et des informaticiens
- Garantir la qualité et la pertinence des outils d'analyse et des résultats
- Avoir des qualités rédactionnelles
- Transmettre des connaissances
- Utiliser les techniques de présentation
- Avoir des connaissances générales de l'annotation du génome eucaryotes et phylogénie moléculaire, en génétique et biologie moléculaire, en analyse statistique et de programmation

Savoir être:
- Sens relationnel
- Sens de l'organisation
- Etre rigoureux,créatif et autonome

Contexte de travail

La Station Biologique de Roscoff (SBR), dont l'UMR8227 fait partie, est un centre de recherche en biologie marine et océanologie (http://www.sb-roscoff.fr/about-roscoff-marine-station/missions.html). Elle est située dans la ville de Roscoff sur la côte nord de la Bretagne, à environ 60 km à l'est de Brest. La SBR comprend environ 200 personnels permanents.
ABiMS (http://abims.sb-roscoff.fr/) est une plateforme de bioinformatique travaillant en étroite collaboration avec plusieurs groupes de recherche au sein de la SBR. Elle fournit à la fois son expertise en analyse de données et développements, des outils et une infrastructure informatique performante permettant d'assurer contexte efficace pour une recherche intégrée. La personne recrutée travaillera au sein de la plateforme ABiMS .

Le poste inclura des interactions fortes avec l'équipe Dynamique et Organisation des Génomes de l'ENS Paris (pour la partie génomique comparative) et l'équipe Dyliss de IRISA à Rennes (pour la partie réseaux métaboliques) qui pourraient impliquer des déplacements.

Contraintes et risques

Pas de contrainte ni de risque spécifique