Missions

Les algues brunes restent encore mal caractérisées à l'échelle génomique par rapport à d'autres groupes eucaryotes majeurs tels que les plantes terrestres et les animaux. Pour en savoir plus sur la biologie de ce groupe d'organismes, la Station Biologique de Roscoff, en collaboration avec Genoscope et un consortium international, a réalisé un projet visant à générer des séquences génomiques complètes pour 40 espèces d'algues brunes et quatre groupes frères (https://phaeoexplorer.sb-roscoff.fr/home/). Les génomes sont désormais assemblés et annotés et les premiers réseaux métaboliques à l'échelle des génomes sont en cours d'élaboration.

Le-la candidat(e) sera impliqué(e) dans l'analyse des séquences génomiques, en utilisant des approches de génomique comparative pour caractériser les familles de gènes (notamment associées aux caractéristiques biologiques clés des algues brunes), reconstruire des arbres des espèces à l'échelles des génomes et caractériser les mécanismes d'évolution à l'échelle des réseau métaboliques. Dans le cadre du projet, il sera possible d'adapter les objectifs pour tirer parti de l'expérience passée du/de la candidat(e) sélectionné(e).

Activités

- Analyses phylogénétiques et évolutives de familles de gènes
- Réconciliation d'arbres phylogénétiques
- Génomique comparative
- Analyse de réseaux métaboliques
- Interprétation et mise en forme (publication) des résultats obtenus

Compétences

- Le candidat(e) devrait avoir une thèse (PhD)
- Le candidat(e) devrait avoir passé au minimum 18 mois à l'étranger entre le 1er mai 2019 et le démarrage du projet postdoctoral
- Connaissances pratique de l'annotation de génome eucaryotes et phylogénie moléculaire
- Connaissances théorique en génétique et biologie moléculaire

Aptitudes techniques spécifiques aux fonctions
- Bonnes compétences en analyse statistique, programmation
- Sens relationnel, rigueur, créativité
- qualité rédactionnelles
- enthousiasme
- autonomie

Contexte de travail

Post doctorat de deux ans.

L'institut d'accueil : La Station Biologique de Roscoff (SBR) est un centre de recherche en biologie marine et océanologie (http://www.sb-roscoff.fr/about-roscoff-marine-station/missions.html). Il est situé dans la ville de Roscoff sur la côte nord de la Bretagne, à environ 60 km à l'est de Brest. Le personnel du SBR comprend environ 200 employés permanents. ABiMS (http://abims.sb-roscoff.fr/) est une plate-forme de bioinformatique travaillant en étroite collaboration avec plusieurs groupes de recherche au sein de l'institut. Elle fournit à la fois son expertise en analyse de données et développements, des outils et une infrastructure informatique performante permettant d'assurer contexte efficace pour une recherche intégrée.

Le poste est cofinancé par la région Bretagne et par le projet Seabioz de l'Agence nationale de la recherche. Il inclura des interactions fortes avec l'équipe Dynamique et Organisation des Génomes de l'ENS Paris (pour la partie génomique comparative) et l'équipe Dyliss de IRISA à Rennes (pour la partie réseaux métaboliques).

Contraintes et risques

Pas de contrainte ni de risque spécifique