Missions

Les bactéries hétérotrophes marines jouent un rôle crucial dans l'environnement, en permettant le recyclage de la biomasse des macroalgues. L'équipe Glycobiologie Marine étudie tous les aspects liés aux polysaccharides de macroalgues marines et à leur dégradation par les bactéries environnementales. En particulier, nous cherchons à élucider les voies métaboliques et les régulations impliquées dans l'utilisation des polysaccharides par les bactéries marines. La flavobactérie marine Zobellia galactanivorans est étudiée en tant qu'organisme modèle, chez qui nous avons notamment caractérisé des Polysaccharide Utilization Loci (PUL) codant des voies de dégradation complètes ciblant spécifiquement l'alginate (issu d'algues brunes) et les carraghénanes (issus d'algues rouges). Chacun de ces PUL code un facteur de transcription qui contrôle leur expression (respectivement AusR et CgrA). L'objectif du projet postdoctoral sera d'explorer les mécanismes moléculaires encore majoritairement inconnus de la régulation de ces voies, permettant aux bactéries d'optimiser leur croissance en milieu naturel en présence des multiples substrats contenus dans la biomasse algale. Deux hypothèses seront testées : 1) Un régulateur codé dans un PUL peut contrôler l'expression de gènes distants impliqués dans des voies métaboliques complémentaires potentiellement liées à la dégradation d'autres substrats et/ou à l'interaction avec les algues 2) La présence de substrats non-cibles peut influencer l'expression d'un PUL. La tâche 1 cherchera à établir le réseau de gènes contrôlés par les régulateurs AusR et CgrA en présence respectivement d'alginate et de carraghénane par une approche ChIP-seq. La tâche 2 permettra de valider expérimentalement le contrôle transcriptionnel exercé par AusR et CgrA sur les gènes distants identifiés dans la tâche 1. Enfin la tâche 3 évaluera l'impact de la présence d'autres substrats algaux sur l'utilisation d'alginate et de carraghénane par régulation croisée. Ce contrat postdoctoral est financé par le projet X-Reg du dispositif Stratégie d'Attractivité Durable de la Région Bretagne.

Activités

La personne recrutée assurera la croissance de souches de Zobellia sauvages et mutantes déjà disponibles, et la création de nouvelles souches mutantes par génie génétique. Il/elle étudiera ces souches par des approches de ChIP-seq et RT-qPCR, et par suivi cinétique des profils de croissance dans différentes conditions de culture. Il/elle validera les interactions moléculaires prédites pour les régulateurs par biochimie (retard sur gel). Il/elle sera en charge de l'analyse, de l'interprétation et de la communication des résultats obtenus.

Compétences

Le/la candidat.e doit maitriser les techniques standard de microbiologie et biologie moléculaire. De bonnes compétences en communication écrite et orale en anglais sont nécessaires. Une expérience préalable en analyses transcriptomiques et/ou ChIP-seq serait utile. Les candidats doivent avoir moins de deux ans d'expérience professionnelle après la thèse, et avoir passé au moins 18 mois à l'étranger entre le 1er mai 2018 et le 1er avril 2023. Le contrat initial sera de 15 mois à partir du 1er février 2023. Une demande de financement en cours d'évaluation pourrait permettre une prolongation d'un an.

Contexte de travail

Le contrat sera effectué sous la direction du Dr. François Thomas dans l'équipe Glycobiologie marine (Unité "Laboratoire de Biologie Intégrative des Modèles Marins", UMR8227) à la Station Biologique de Roscoff. L'institut d'accueil, la Station Biologique de Roscoff, est un centre de recherche en biologie marine et océanologie situé dans la ville de Roscoff sur la magnifique côte nord de la Bretagne. Le projet inclut une collaboration avec l'INRAE de Jouy-en-Josas en région parisienne, où des déplacements pourront être nécessaires.

Contraintes et risques

Contraintes liées à la manipulation en laboratoire de microbiologie, biologie moléculaire et biochimie.