Ingénieur en bioinformatique pour l'étude des microbes du sol H/F

Job Description

Missions

L'ingénieur·e recruté·e aura pour mission de caractériser l'évolution des micro-organismes du sol en réponse au changement climatique à partir de données métagénomiques. Il ou elle constituera un jeu de génomes assemblés à partir de métagénomes (MAGs) issus d'expérimentations de changement global, en extraira les traits fonctionnels par des approches computationnelles, puis analysera ces traits afin d'estimer des caractéristiques évolutives telles que la vitesse et l'amplitude de l'évolution. Ce travail s'inscrit dans le projet ERC GAMEchange, dont l'objectif global est d'intégrer l'évolution microbienne dans les modèles de surface continentale.

Activity

Activités principales

- Rassembler et sélectionner, en autonomie, des génomes assemblés à partir de métagénomes (MAGs) issus d'expérimentations de changement global déjà identifiées ; évaluer leur qualité et documenter les critères de sélection
- Mettre en place et exécuter les chaînes de traitement bio-informatiques permettant l'extraction des traits fonctionnels (annotation fonctionnelle, prédiction de traits liés au cycle du carbone)
- Analyser ces traits pour estimer des caractéristiques évolutives — vitesse et amplitude de l'évolution — en proposant et en discutant les approches statistiques les plus adaptées
- Constituer et structurer la base de données de traits et de taux éco-évolutifs issue de ces analyses, en veillant à sa réutilisabilité (documentation, versionnage, standards FAIR)
Rédiger les résultats sous forme de rapports scientifiques et contribuer, en tant que co-auteur·e, aux publications issues du projet

Activités secondaires

- Participer aux réunions du projet ERC GAMEchange et interagir avec le comité d'experts international associé
- Contribuer aux discussions conceptuelles du projet au-delà du seul volet bio-informatique (interprétation écologique, articulation avec la modélisation)
- Assurer une veille méthodologique sur les approches d'analyse de données méta-omiques
- Présenter les travaux lors de séminaires internes et, le cas échéant, de conférences

Your Profil

Skills

Connaissances

- Écologie microbienne des sols et cycle du carbone terrestre (connaissance approfondie)
- Bio-informatique appliquée aux données méta-omiques : assemblage, binning, contrôle qualité des MAGs, annotation fonctionnelle (connaissance approfondie)
- Méthodes statistiques appliquées à l'analyse de données biologiques à grande dimension (connaissance approfondie)
- Concepts d'écologie évolutive : sélection, adaptation, estimation de taux évolutifs (connaissance générale à approfondie)
- Modélisation des écosystèmes et des surfaces continentales (connaissance générale)
- Anglais scientifique écrit et oral : niveau B2 à C1 du cadre européen

Savoir-faire

- Programmer en R et/ou Python dans un contexte d'analyse de données (maîtrise)
Concevoir, exécuter et documenter des chaînes de traitement bio-informatiques (maîtrise)
- Travailler en environnement Linux et sur cluster de calcul (maîtrise)
- Utiliser des outils de gestion de version et de reproductibilité — Git, environnements conteneurisés (application à maîtrise)
- Structurer et documenter des bases de données scientifiques selon les principes FAIR (application)
- Rédiger des documents scientifiques en anglais et présenter des résultats devant un public international (maîtrise)

Savoir-être

- Autonomie et capacité d'initiative dans la conduite des analyses
- Rigueur et sens de la traçabilité méthodologique
- Aptitude au travail collaboratif au sein d'une équipe pluridisciplinaire et internationale
- Capacité à dialoguer avec des interlocuteurs de champs disciplinaires différents — microbiologie, modélisation, bio-informatique
- Curiosité scientifique et goût pour les approches interdisciplinaires

Formation interne possible

- Formations du CNRS et de l'IDRIS/TGCC au calcul haute performance et à l'utilisation des moyens de calcul nationaux
- Formations aux bonnes pratiques de développement logiciel et à la science ouverte proposées par le réseau des ingénieurs du CNRS
- Accompagnement méthodologique par le comité d'experts du projet (microTrait, données SOLCA, détection de signaux évolutifs)

Your Work Environment

Le poste est basé au Laboratoire des Sciences du Climat et de l'Environnement (LSCE), unité mixte de recherche (UMR 8212) du CEA, du CNRS et de l'Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines, située sur le site CEA de l'Orme des Merisiers au cœur du campus de l'université Paris-Saclay et membre de l'Institut Pierre-Simon Laplace (IPSL). Le laboratoire réunit plus de 350 chercheurs, ingénieurs, techniciens et personnels administratifs, dont plus de 150 permanents, et s'organise en trois thèmes scientifiques regroupant seize équipes de recherche. Ses travaux couvrent la dynamique du climat, les cycles biogéochimiques et la reconstitution des climats passés, dans un environnement fortement international et interdisciplinaire. L'ingénieur·e recruté·e intégrera l'équipe GAMEchange et sera placé·e sous la responsabilité hiérarchique du ou de la responsable d'équipe, sous l'encadrement scientifique direct d'Elsa Abs. Le poste s'inscrit dans le projet ERC Starting Grant GAMEchange et bénéficiera des interactions avec le comité d'experts international du projet (ENS Ulm, INRAE, Berkeley, Southern Methodist University) ainsi qu'avec le consortium international CALIPSO. Le laboratoire donne accès à des moyens de calcul intensif adaptés au traitement de données méta-omiques à grande échelle. Des navettes CEA gratuites desservent quotidiennement le site depuis Paris et les communes environnantes. Le poste ouvre droit à deux jours de télétravail par semaine, avec possibilité d'ajustement après discussion.

Constraints and risks

Poste soumis à une autorisation d'accès au site CEA de Saclay, zone à régime restrictif. L'entrée en fonction est conditionnée à l'obtention de cette autorisation, dont l'instruction peut prendre plusieurs semaines.

Déplacements ponctuels en France et à l'étranger pour les réunions de projet et les conférences.

Compensation and benefits

Compensation

rémunération selon expérience, à partir de 3 237,95 € bruts mensuels

Annual leave and RTT

44 jours

Remote Working practice and compensation

Pratique et indemnisation du TT

Transport

Prise en charge à 75% du coût et forfait mobilité durable jusqu’à 300€

About the offer

About the CNRS

The CNRS is a major player in fundamental research on a global scale. The CNRS is the only French organization active in all scientific fields. Its unique position as a multi-specialist allows it to bring together different disciplines to address the most important challenges of the contemporary world, in connection with the actors of change.

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