Postdoctoral contract in metabolomics of metabolic diseases by UHPLC-HRMS (H/F)

Description du Poste

Les Missions

Un poste de postdoctorant est ouvert au sein de l’unité METAB-OMICS (UMR 8199 / U1283 CNRS, INSERM, Institut Pasteur de Lille, CHU Lille, Université de Lille), dans l’équipe « Métabolome, Microbiome et Maladies Métaboliques » ainsi que sur la plateforme de métabolomique IMPACT-PM, dirigées par le Professeur Marc-Emmanuel Dumas à Lille, France.
Le/la candidat(e) retenu(e) développera des flux de travail en métabolomique basés sur la spectrométrie de masse haute résolution à haut débit (automatisation de la préparation des échantillons, optimisation des conditions chromatographiques, développement d’une base de données complète de standards) et réalisera des études métabolomiques sur des échantillons humains, cellulaires et animaux.
Il/elle contribuera à l’identification des métabolites d’origine hôte et microbienne ainsi que de leurs voies métaboliques impliquées dans les maladies métaboliques, y compris la caractérisation de leurs déterminants génomiques, métagénomiques et environnementaux.

L'Activité

L’objectif est de développer des flux de travail complets en métabolomique UHPLC-HRMS à haut débit afin de profiler des biofluides et des échantillons tissulaires humains et mammifères, et de caractériser de nouvelles voies métaboliques impliquées dans les maladies métaboliques et des domaines associés.
Le/la candidat(e) retenu(e) sera chargé(e) de mettre en œuvre et d’appliquer des méthodologies pertinentes et innovantes :
• Développement de méthodes d’extraction et de séparation chromatographique pour un profilage global dans les biofluides, tissus et fèces, incluant les chromatographies en interaction hydrophile (HILIC) et en phase inverse (C18), ainsi que la spectrométrie de masse haute résolution
• Développement de méthodes de quantification isotopique ciblée
• Développement d’une base de données complète de standards chimiques
• Identification des métabolites par bioinformatique/chimiométrie à l’aide de ressources en ligne
• Identification de novo et assignation structurale de métabolites et de produits naturels
Il/elle sera responsable du traitement des données et de la diffusion scientifique des résultats (rédaction d’articles scientifiques en anglais et participation à des conférences). Le/la candidat(e) jouera également un rôle dans l’orientation du projet : développement des méthodes et de la base de données de standards, priorisation des composés pour l’identification structurale, et interprétation des résultats.

Votre Profil

Compétences

Le/la candidat(e) devra:
• Être titulaire d’un Doctorat en Chimie Analytique ou Biochimie avec une spécialisation en spectrométrie de masse
• Avoir une expertise en métabolomique et/ou en identification de substances naturelles par spectrométrie de masse UHPLC-MS dans des matrices telles l’urine, le plasma sanguin, fèces ou tissus
• Avoir une expertise dans le développent de méthodes chromatographiques telles que hydrophilic interaction (HILIC) and reverse phase (C18).
• Avoir une expérience avec des systèmes de spectrométrie de masse haute-résolution telle que la technologie Orbitrap (maintenance, services...).
• Avoir une expérience du prétraitement de données UHPLC-MS brutes (peak picking, alignement, conversion) et une expérience des plateformes de prétraitement telles que MS-Dial, mzMine, XC-MS...
• Avoir une expérience en identification de métabolites: i) interprétation de masses exactes (MS1) et patterns isotopiques pour l’attribution de formules moléculaires, ii) identification et/ou interprétation de spectres de fragmentation MS/MS,), iii) interprétation des réseaux moléculaires
• Avoir une connaissance des approaches de réseaux moléculaires (Molecular Networks, Feature Based Molecular Networking)et les algorithmes de similarité: ie Cosine score.
• Maitriser l'Anglais (écrit et parlé)
• Être motivé par un projet d'équipe multidisciplinaire
• Démontrer autonomie, rigueur, pensée critique, et capacité à s'intégrer au sein d'une équipe internationale

Votre Environnement de Travail

Le/la candidat-e sélectionné-e rejoindra l’équipe “Microbiome, Métabolome et Maladies Métaboliques” à l’UMR8199/1283 METAB-OMICS (directeur: Amélie Bonnefond) dont les objectifs de recherche sont d’étudier le microbiome pour identifier des métabolites microbiens impliqués dans le cardiométabolisme et étudier leurs bioactivités dans les processus biologiques. L’unité fournit un excellent environnement intellectuel et l’infrastructure requise pour le projet de recherche, avec un accès direct à des plateformes telles que la métabolomique par spectrométrie de masse haute résolution (IMPACT-PM), le séquençage à hauts-débits (LIGAN-PM, Équipement d’Excellence). En particulier, le/la candidat/e fera partie de l’équipe de Marc-Emmanuel Dumas. Le/la candidat/e travaillera en interaction avec des collègues au sein du groupe, de l’équipe, de l’unité et de collaborateurs internationaux, notamment avec Imperial College de Londres dans le cadre de l’Imperial–CNRS International Research Lab on Multiscale Metabolism.

Rémunération et avantages

Rémunération

entre 3072 euros et 4439 euros Brut mensuel

Congés et RTT annuels

44 jours

Pratique et Indemnisation du TT

Pratique et indemnisation du TT

Transport

Prise en charge à 75% du coût et forfait mobilité durable jusqu’à 300€

À propos de l’offre

À propos du CNRS

Le CNRS est un acteur majeur de la recherche fondamentale à une échelle mondiale. Le CNRS est le seul organisme français actif dans tous les domaines scientifiques. Sa position unique de multi-spécialiste lui permet d’associer les différentes disciplines pour affronter les défis les plus importants du monde contemporain, en lien avec les acteurs du changement.

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