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Portail > Offres > Offre UMR8199-HELDEG0-016 - Post-doctorat en bioinformatique et métagénomique du cardiométabolisme humain (H/F)

Post-doctorat en bioinformatique et métagénomique du cardiométabolisme humain (H/F)

Cette offre est disponible dans les langues suivantes :
Français - Anglais

Date Limite Candidature : jeudi 29 octobre 2020

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Informations générales

Référence : UMR8199-HELDEG0-016
Lieu de travail : LILLE,LILLE
Date de publication : jeudi 8 octobre 2020
Type de contrat : CDD Scientifique
Durée du contrat : 36 mois
Date d'embauche prévue : 1 janvier 2021
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : entre 2675 et 3805 euros brut mensuel
Niveau d'études souhaité : Doctorat
Expérience souhaitée : 1 à 4 années

Missions

Un contrat de chercheur post-doctoral est ouvert à l'Institut Européen de Génomique du Diabète (UMR 8199 CNRS / INSERM/ Institut Pasteur de Lille, CHU Lille, Université de Lille, France) dans le groupe “Métabolome et Microbiome en Cardiométabolisme” supervisé par le Pr. Marc-Emmanuel Dumas, à Lille.
Le/la candidat(e) sélectionné(e) développera un environnement dédié à l'analyse de séquences à hauts débits pour l'étude du microbiome humain.
Il/Elle contribuera à l'identification de taxa, d'espèces, de gènes et voies métaboliques microbiens impliqués dans le cardiométabolisme, comprenant la caractérisation de leur production métabolique et la délinéation de leurs déterminants génomiques et environnementaux.

Activités

L'objectif est de développer une méthodologie d'analyse de séquences métagénomiques pour le microbiome humain et caractériser son rôle dans le cardiométabolisme humain et les disciplines associées
Le/La candidat/e sera responsable de l'analyse des séquences métagénomiques générées par la plateforme LIGAN-PM (labélisée “équipement d'excellence”) au sein de l'institut et du développement de solutions bioinformatiques pour ce type de séquences:
• Administration des données du projet
• Développement d'une suite bioinformatique pour l'assemblage de novo, l'analyse taxonomique, génération de clusters de gènes, annotation sur les catalogues intégrés de gènes et analyse fonctionelle
• Identification d'espèces métagénomiques (MGS) or génomes métagénomiquement assemblés (MAGs)
• Annotation fonctionnelle utilisant IGC, KEGG, etc…
Il/Elle sera responsible pour l'analyse des sequences ainsi que la dissémination scientifique des résultats (rédaction d'articles scientifiques en Anglais, participations à des réunions et conférences internationales). Le/la candidat(e) jouera influencera le projet : design de la suite logicielle, optimisation et comparaison, définition des priorités, interprétation des résultats.

Compétences

Le/la candidat(e) devra:
• être titulaire d'un Doctorat en (bio)informatique, génomique computationnelle, humaine ou microbienne
• avoir une expérience de développement dans des environnements Unix
• être expert dans l'analyse de séquences métagénomiques et des réseaux métaboliques
• avoir connaissance des logiciels d'analyse de sequences métagénomiques tels que MOCAT ou HUMAnN 2.0
• avoir connaissance de l'exploitation des métagénomes, du métabolome et l'identification de clusters de gènes biosynthétiques
• avoir connaissance de la taxonomie et du métabolisme microbien
• maitriser l'Anglais (écrit et parlé)
• être motivé par un projet d'équipe multidisciplinaire
• démontrer autonomie, rigueur, pensée critique, et capacité à s'intégrer au sein d'une équipe internationale

Contexte de travail

Le candidat sélectionné rejoindra le groupe “Microbiome, Métabolome et Cardiométabolisme” à EGID (reconnu par un label de 'Laboratoire d'Excellence', Labex), dont les objectifs de recherche sont d'étudier le microbiome pour identifier des métabolites microbiens impliqués dans le cardiométabolisme et étudier leurs bioactivités dans les processus biologiques. L'institut fournit un excellent environnement intellectuel et l'infrastructure requise pour le projet de recherche, avec un accès direct à des plateformes telles que le séquençage a hauts-débits (LIGAN-PM, plateforme d'Equipement d'Excellence, Equipex), animalerie avec plateforme d'imagerie et d'études métaboliques (cages métaboliques, tapis de course, CTscan, PET scan, MRI), imagerie cellulaire (microscopie confocale, électronique), cytométrie de flux (INFLUX BD) et de masse (CyTOF). En particulier, le/la candidat/e fera partie de l'équipe du projet 'Accueil Talent International' attribuée au Pr. Dumas et financé par la fondation ISite, Région Hauts-de-France et la Métropole Lilloise. Le projet intègre une expertise en chimie analytique, chimiométrie, métagénomique et validations in dans des modèles cellulaires et animaux afin d'identifier les voies métaboliques impliquées dans le cardiométabolisme. Le/la candidat/e travaillera en interaction avec des collègues au sein du groupe, de l'Institut ainsi que des collaborateurs internationaux.

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