Missions

1. Créer un jeu de données de haute qualité sur le VIH à partir des séquences génomiques disponibles dans les bases de données publiques et des métadonnées associées
2. Reconstruire des arbres ou réseaux phylogénétiques correspondants à ces données (adaptant les méthodes existantes ou développant des méthodes ad-hoc)
3. Développer des approches phylogéographiques/phylodynamiques ciblant ces données

Activités

• Développement de nouveaux modèles mathématiques
• Développement de méthodes computationnelles et leur implémentation sous forme de logiciels libres
• Rédaction scientifique
• Communication scientifique

Compétences

• Solides compétences en programmation (Python, Java ou R)
• Maîtrise de l’anglais à l’oral et à l’écrit (niveau B2)
• Expérience en développement de logiciels
• Expérience dans la mise en place de pipelines d’analyse de données à l’aide d’outils de gestion de workflow (p. ex. Snakemake, Nextflow)
• Engagement pour la recherche reproductible (git, conda, etc.)
• Connaissances des méthodes et modèles phylodynamiques et/ou phylogéographiques
• Connaissance de méthodes d’apprentissage profond

Contexte de travail

Le(a) ingénieur(e) rejoindra l’équipe Modelling of Pathogens de l’Institut de Biologie de l’ENS (IBENS), un institut européen de premier plan en sciences de la vie, dédié à la compréhension des mécanismes et des principes fondamentaux qui régissent les systèmes vivants, tant en santé qu’en maladie. L’IBENS est implanté au cœur de Paris. Il regroupe 30 équipes de recherche et plus de 300 personnels spécialisés en génétique et génomique, biologie du développement, neurosciences et écologie & biologie évolutive. Le(a) ingénieur(e) travaillera dans un bureau partagé avec les autres membres de l’équipe et bénéficiera d’un accès complet aux plateformes centrales de l’IBENS, y compris le cluster de calcul. Puisque l’équipe Modelling of Pathogens est une équipe jointe entre l’IBENS et l’Institut Pasteur, le(a) ingénieur(e) sera également co affilié(e) à l’Institut Pasteur et pourra profiter de son environnement scientifique stimulant (par exemple, la possibilité d’assister aux séminaires).

Contraintes et risques

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