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Ingénieur-e H/F biologiste en analyse de données génomiques à l'IBENS, Paris


Date Limite Candidature : jeudi 14 juillet 2022

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Informations générales

Référence : UMR8197-NATBOI-119
Lieu de travail : PARIS 05
Date de publication : jeudi 2 juin 2022
Type de contrat : CDD Technique/Administratif
Durée du contrat : 12 mois
Date d'embauche prévue : 1 octobre 2022
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : Salaire brut mensuel compris entre 2530 et 2900 euros selon expérience
Niveau d'études souhaité : Doctorat
Expérience souhaitée : 1 à 4 années

Missions

L'Ingénieur-e travaillera au sein de l'équipe "Réplication des chromosomes eucaryotes" dirigée par Olivier Hyrien . Le laboratoire a mis au point une technique de cartographie de réplication de l'ADN par séquençage nanopore d'intermédiaires de réplication marqués par un analogue de la thymidine, la bromodésoxyuridine (BrdU)*. L'ingénieur-e devra collecter, organiser et analyser les données de séquençage nanopore. Le signal électrique brut est traité par un identificateur de bases capable de distinguer la BrdU de la thymidine. Chaque lecture est cartographiée sur le génome de référence (levure ou homme) et le profil du contenu en BrdU est analysé pour déterminer le mouvement des fourches de réplication pendant le marquage au BrdU. L'ingénieur devra se familiariser avec les outils de détection et de traitement du signal déjà disponibles, les utiliser, participer à leur amélioration et leur mise à jour et à la création d'un outil d'analyse intégré mettant en œuvre les principes FAIR pour diffusion et publication.
*Références : Hennion et al genome 2020. Theulot et al Nature Comm 2022.

Activités

- Concevoir et élaborer la structure de bases de données et de systèmes d'information permettant de collecter, structurer, stocker et mettre en relation les données
- Gérer le stockage (base de données) et les systèmes d'information permettant de les traiter.
- Participer à la mise à jour du plan de gestion de données.
- Developper les workflow d'analyses.
- Interagir avec les expérimentateurs et bioinformaticiens de l'équipe et des équipes collaboratrices
- Comprendre la problématique biologique et les questions posées
- Aider les expérimentateurs dans la prise en main des outils de collecte et d'analyse des données
- Orienter et conseiller et former les utilisateurs et notamment les nouveaux étudiants
- Assurer la veille scientifique et technologique du domaine
- Participer aux réunions de laboratoire, diffuser et valoriser les résultats et réalisations technologiques sous forme de rapports, publications, présentations orales

Compétences

- Collecte, traitement et analyse de données génomiques.
- Programmation (Shell, Python et R).
- Connaissance d'outils de développement de workflow (ex : Conda, NextFlow)
- Formation aux bonnes pratiques de bioinformatique (principe FAIR, système de gestion de versions, packaging et diffusion des outils développés)
- Intelligence Artificielle et apprentissage machine.
- Anglais écrit et parlé

Contexte de travail

L'équipe Réplication des chromosomes eucaryotes de l'IBENS comporte 8 membres, la plupart de formation génétique ou biochimique expérimentale, aux compétences bioinformatiques variables. Elle collabore étroitement avec des chercheurs en physique ou en biologie computationelle de l'ENS de Lyon pour les analyses bioinformatiques avancées et les techniques d'apprentissage machine.
L'Institut de biologie de l'ENS (IBENS) est un centre de recherche fondamentale qui mène des recherches originales visant à décrypter les mécanismes fondamentaux au cœur des processus biologiques.
Unité mixte ENS-CNRS-INSERM, l'IBENS accueille plus de 300 personnes regroupées en 30 équipes autonomes conduisant une recherche hautement collaborative et multidisciplinaire qui allie approches expérimentales et théoriques.
L'activité de recherche couvre des champs thématiques variés : Neurosciences, Biologie du développement, Génomique fonctionnelle, Écologie et biologie de l'évolution.
Plusieurs plateformes technologiques, notamment en imagerie, génomique, protéomique et bio-informatique sont à la disposition des chercheurs. Les recherches menées à l'IBENS bénéficient des interactions avec d'autres disciplines présentes à l'ENS (physique, chimie, sciences cognitives, mathématiques). L'IBENS est activement impliqué dans la formation des étudiants et jeunes chercheurs à tous les niveaux.
L'équipe d'accueil Réplication des chromosomes eucaryotes, dirigée par Olivier Hyrien, comprend 3 chercheurs, 1 ingénieur d'étude expérimentaliste, 1 postdoctorant et 3 doctorants.
L'objectif de l'équipe est de comprendre les mécanismes de régulation de l'activation des origines de réplication et de la progression des fourches de réplication chez les eucaryotes
Le/la candidat.e travaillera en étroite collaboration avec Laurent Lacroix, CRCN Inserm

Informations complémentaires

Contrat d'un an renouvelable deux fois

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