Missions

Des études d’association pangénomique (GWAS) sur plusieurs caractères d’intérêt liés au développement du haricot dans différents environnements ont été réalisées ainsi qu’une méta-analyse GWA qui a permis d’identifier les locus impliqués dans les interactions GxE.
Le post-doctorant recruté aura pour mission de :
• Réfléchir sur la prise en compte de l’admixture entre les pools génétique andins et mésoaméricains dans la GWA
• Explorer le chevauchement potentiel entre les locus d’interactions GxE et les locus d’association environnementale, afin d’identifier les polymorphismes génétiques impliqués dans la réponse à des signaux environnementaux spécifiques.
• Développer des modèles de prédiction génomique pour plusieurs caractères d’intérêt liés au développement et à la croissance du haricot, et analyser le gain potentiel d’inclure les locus identifiés par GWA dans ces modèles.
• Utiliser la sélection génomique (GS) pour prédire les performances dans un panel plus large et identifier parmi ce panel des sources originales de diversité.

Activités

Analyse des mécanismes génétiques de l'adaptation environnementale chez le haricot commun

Compétences

Le candidat devra posséder un doctorat en génétique quantitative (incluant une expérience en GWA), statistiques/biostatistiques ou biologie computationnelle appliquée à la génétique quantitative. Une solide expérience en programmation sous R, en gestion de grands jeux de données, en visualisation des données, ainsi qu’une bonne maîtrise des outils de versioning sont requises. Une connaissance préalable du haricot commun et/ou des variables climatiques serait un atout.

Contexte de travail

Dans le contexte des changements climatiques, un enjeu majeur en amélioration des cultures est de développer des variétés adaptées aux contraintes environnementales pour garantir la sécurité alimentaire humaine. Les informations moléculaires désormais disponibles pour de nombreuses espèces permettent d’identifier les loci impliqués dans la variation de caractères complexes grâce aux études d’association pangénomique (GWAS) et d’améliorer l’efficacité des schémas de sélection via des modèles de prédiction en sélection génomique (GS). Une fois calibrés sur des individus à la fois phénotypés et génotypés, les modèles GS permettent de prédire les performances des plantes dans des environnements où elles n’ont pas encore été observées, et d’identifier des sources originales de diversité. L’application des GWAS et de la GS aux cultures comme le haricot commun (Phaseolus vulgaris) devrait permettre d’améliorer les stratégies de sélection et d’augmenter la productivité des cultures.
Le projet INCREASE [1] combine des approches de pointe en génétique et génomique des plantes, un phénotypage à haut débit, y compris le phénotypage moléculaire (transcriptomique et métabolomique, par exemple), afin de renforcer la conservation des ressources génétiques des légumineuses alimentaires européennes, notamment le haricot commun, et d’en promouvoir l’utilisation et la valorisation.
Dans ce projet, des données phénotypiques sur plus de 450 lignées séquencées de haricot commun ont été collectées dans six environnements bien caractérisés (T-core). Ces données offrent l’opportunité de mieux comprendre les réponses de ces lignées à divers environnements, d’étudier le déterminisme génétique de ces réponses et de développer des modèles de prédiction GS. Le climat de l’origine géographique des lignées sera également pris en compte pour identifier comment la sélection liée aux pressions climatiques a façonné la diversité génétique actuelle du haricot commun. En complément du T-core, une collection plus large de lignées (R-core) a été génotypée mais non phénotypée. Un des défis sera de prédire les performances de ces lignées et d’identifier parmi elles des sources originales de diversité.
Ce poste post-doctoral est financé par le projet européen INCREASE. Le candidat sera accueilli au laboratoire GQE Le Moulon et encadré par Tristan Mary-Huard (Directrice de recherche en statistiques) et Élodie Marchadier (Maîtresse de conférences en biologie), en collaboration étroite avec Laurence Moreau (Directrice de recherche en génétique quantitative), Christine Dillmann (Professeure en biologie évolutive) et Maud Tenaillon (Directrice de recherche en génomique des populations).

Contraintes et risques

NC