Ingénieur d'étude H/F en biologie moléculaire (épitranscriptomique virale)

Job Description

Missions

Ce poste s'inscrit dans un projet pluridisciplinaire financé par un PEPR regroupant sept équipes dans les domaines de la virologie, la chimie, la statistique physique et la biochimie dans le but de définir le rôle des modifications épitranscriptomiques sur le cycle des paramyxovirus (dont les virus de la rougeole, et nipah), et leur reconnaissance par le système immunitaire inné. Les missions attribuées à notre équipe consisterons à
1) Sonder et modéliser la structure des ARN de paramyxoviridae (Rougeole, nipah virus)
2) Déterminer la carte des modifications épitranscriptomiques sur les ARN de ces virus
3) Définir l'impact des modifications épitranscriptomiques sur la dynamique structurale des ARN viraux

Activity

- Sondage chimique SHAPE des ARN viraux transcrits in vitro ou isolés de virus (En collaboration avec l'équipe de virologie)
- Modélisation de la structure des ARN
- Méthylation des ARN in vitro
- Cartographie des sites de méthylation sur les ARN viraux issus de particules virales ou de cellules infectées (En collaboration avec l'équipe de virologie) par une technique de marquage métabolique, ou de séquençage direct des ARN (technologie nanopore).
- Identifier les changements structuraux apportés par les modifications épitranscriptomiques

Your Profil

Skills

- manipulation d'acides nucléiques et notamment d'ARN - bonnes pratiques de manipulation
- Purification des fractions d'ARN (polyadenylées, ribosomales, petits ARN)
- Ultracentrifugation, manipulation de gradient de densité
- PCR, transcription in vitro, réalisation de banque pour le séquençage NGS, réalisation de banque pour le séquençage Nanopore
- Techniques basiques de microbiologie, transformation et extraction de plasmide,
- Les technologies spécifiques seront acquises au laboratoire.

Your Work Environment

Le laboratoire CITCOM est hébergé par la faculté de pharmacie de l'université Paris Cité. Il est situé en plein centre de paris à proximité des jardins du luxembourg. Il se trouve donc également à proximité de nombreux centre de recherches parisiens, dont l'école Normale supérieure, l'Institut de bio-physico-chimie, l'hopital Cochin etc ... Le CITCOM est une unité constituée de chimiste, de biologistes structuraux et de biochimistes qui regroupe des scientifiques de compétences variées avec une forte composante sur la biochimie des protéines, des ARN, leur enzymologie et leurs structures. Nous disposons d'un équipement de biologie moléculaire et biochimie sophistiqué, l'unité vient notamment d'acquérir un microscope Cryo-EM à haute résolution. Nous avons accès privilégié à des plateformes de services pour le séquençage NGS et la spectroscopie de masse. L'équipe dirigée par B. Sargueil comprend une dizaine de membres, biologistes et biochimistes, auquel s'ajoute un sous-groupe de physiciens dont l'activité est consacrée à la modélisation et simulation in silico de la dynamique structurale des ARN. Le candidat trouvera dans l'équipe toutes les compétences nécessaires pour le conseiller et l'aider sur le projet. Par ailleurs il bénéficiera d'un réseau de collaborateurs pluridisciplinaire ou puiser de l'aide mais aussi une ouverture unique sur l'ensemble du projet.

Compensation and benefits

Compensation

2571 à 3500 € bruts mensuels selon experience

Annual leave and RTT

44 jours

Remote Working practice and compensation

Pratique et indemnisation du TT

Transport

Prise en charge à 75% du coût et forfait mobilité durable jusqu’à 300€

About the offer

About the CNRS

The CNRS is a major player in fundamental research on a global scale. The CNRS is the only French organization active in all scientific fields. Its unique position as a multi-specialist allows it to bring together different disciplines to address the most important challenges of the contemporary world, in connection with the actors of change.

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