Missions

(i) d'assurer le fonctionnement et développement d’outils d’imagerie 3-D des tissus biologiques
au sein de l'axe thématique transversale "multi-scale tissue imaging" du SPPIN. Cet axe transversale regroupe les activités des microscopies 3-D rapides (2-photon à balayage, 2-photon spinning disk, microscope à feuillet de lumière, macroscope), et potentiellement autres types d’imagerie biologique. Les projets font appel à des approches de transparisation des tissus et de marquage fluorescente ainsi qu’une partie importante de métrologie, de quantification, d’analyse d’image;
(ii) d'assurer le transfert des technologies développés dans les équipes à forte composante R&D en optique au sein du SPPIN (Oheim, Guillon) ou - par ailleurs - développés ailleurs, au bénéfice des utilisateurs biologistes. Ainsi, bénéficiant de la forte culture multi- et interdisciplinaire du SPPIN, l’ingénieur.e aura pour mission de rationaliser, accélérer et faciliter le
transfert d'innovations optiques et, plus large, en instrumentation, au bénéfice des
neurosciences. Ancré dans une équipe de recherche transversale, la core-unit, c'est un travail de recherche dans un contexte de mutualisation d’instruments et de service.
(iii) d’accompagner, de développer et d’améliorer les expériences en optique non-linéaire pour l’imagerie bi-photonique in vivo, sur petit rongeur.

Activités

- Conception, modélisation, prototypage et réalisation de montages optiques
- Conception, réalisation des impressions 3-D, des pièces mécaniques à façon (SolidWorks)
- Transfert de technologies des équipes "R&D optique" pour rendre ces développements accessibles pour l'ensemble des biologistes du SPPIN
- interfaçage, adaptation et programmation des outils de contrôle d’instruments scientifiques (LabView,etc.)
- Réalisation de mesures de calibration, de standardisation et de maintien d'instruments optiques / microscopes
- Réalisation d'expériences d'imagerie biologique sur tissus épais en collaboration avec les biologistes
- Participation à l’acquisition des images sur microscope confocal, lightsheet, biphotonique avec assistance biologique
- Participation au traitement des images , projection z, reconstitution 3D, animation (image J, Imaris (Bitplane), arivis (ZEISS), mais aussi programmation (LabView, Python, …)
- Gestion courante d'un laboratoire d’optique, optomécanique et des consommables de l’équipe "core-unit".
- Bon contact relationnel avec les différents interlocuteurs (labo, plateformes, réseaux professionnels)

Compétences

Connaissances:
- Connaissances approfondies en optique, photonique et imagerie des tissus, et en optique
non-linéaire
- Connaissance des logiciels d’acquisition et de pilotage (Python, Labview)
- Connaissance des logiciels d’acquisition et de traitement d’images (Fiji, Metamorph, Imaris,…)
- Idéalement, notions en (neuro-) biologie
- Bon niveau d'expression et de compréhension écrites et orales en anglais : Niveau B2 (cadre européen de référence pour les langues)
Savoir-faire :
- Conception, réalisation de pièces façonnées sur mesure sur une imprimante 3-D
- Conception des pièces façonnées sur mesure pour sous-traitance dans un atelier de mécanique fine sur place ou chez un prestataire externe
- Sens de l’organisation, précision et minutie dans la réalisation des projets. Travail en équipe
- Comptes rendus d’expériences systématiques, tenu d’un cahier de laboratoire.
- Respect des règles de sécurité générales d’un laboratoire d'optique, et des règles spécifiques liées à l'utilisation des lasers à impulsions fs, formation référent laser
- Capacité à la lecture scientifique, à acquérir de nouvelles compétences, à rechercher des informations techniques sur internet, les synthétiser et divulguer auprès d’un public multidisciplinaire
- Maintien d'un site web projet
Savoir-être:
- Créativité
- Autonomie
- Capacité de communication
- Volonté de travailler dans un environnement international pluridisciplinaire
- Être didactique envers des non-experts

Contexte de travail

L’activité de l’agent se déroulera sur le Campus Saint Germain de l’Université de Paris au
centre de Paris (site des Saints Pères) au sein du Saints Pères Paris Institute for the
Neurosciences (SPPIN, https://sppin.fr), CNRS UMR8003.
Le SPPIN est un encore nouveau (2019) institut CNRS regroupant 8 équipes de biophotonique, de biophysique, des neurosciences moléculaires et cellulaires, et de la neurobiologie. L’échelle de l’investigation va de la molécule unique jusqu’au rongeur (souris, rat), in vivo. Le SPPIN est
constitué de 8 équipes et d’une équipe transversale, la core unit, avec 70 collaborateurs avec une forte représentativité internationale. Depuis sa création, les activités de recherche s'appuient fortement sur l'imagerie optique avec un parc de 6 microscopes biophotoniques et depuis peu un microscope mésoscopique à feuillet de lumière.
La core unit est plus qu’une équipe d’appui à la recherche. Composée de deux entités, biologie et optique (développement de microscopes et de techniques de (bio-) photonique), les membres de cette équipe interagissent avec les chercheur.e.s, ingénieur.e.s, enseignant.e.s,
thésard.e.s, stagiaires des autres équipes SPPIN à dominante (neuro-) biologique. L’agent recruté.e travaillera au sein du pôle optique, en binôme avec un.e ingénieur.e d’études
spécialiste en biologie, et en collaboration avec d’autres membres du SPPIN, à la fois sur le développement proprement dit des techniques d'imagerie de grands volumes de tissus, et sur des applications de recherches proposées par les chercheurs ou thésards de l’unité.
L’acquisition des images sera réalisée avec assistance biologique soit au sein de l ‘unité, soit avec des collaborateurs extérieurs. L’ingénieur.e conduira son propre projet de recherche sur lequel elle/il est sensé.e d’avancer de façon autonome et ambitieuse.
Le poste est un CDD de 12 mois avec la possibilité d’une pérennisation à l’issue de l’année.
Ce recrutement s’inscrit dans une stratégie pluriannuelle mené par le SPPIN et dans la volonté de mieux bénéficier des approches et technologies optiques de pointe développées au sein du laboratoire (6 brevets depuis la création du SPPIN le 1/1/2019, 2 créations de start-ups) au bénéfice des utilisateurs biologistes. La raison d’être du SPPIN est la recherche fondamentale
et appliquée en neurosciences, mais sa particularité est de bénéficier, sur un même site et parfois au sein même d’une équipe des compétences d’optique de pointe et de neurobiologie.
Avec le double recrutement en optique et biologie (IR BAP C et IE BAP A) demandé (nous visons à accélérer le transfert, et à pleinement profiter des compétences multi- disciplinaires
présentes dans notre unité (“Driven by curiosity, enabled by technology”). C’est ainsi que dans le même contexte, nous sommes en train de recruter sur CDD un poste IE en techniques biologiques qui travaillera en binôme avec cet IR. Nous sommes en train de monter en force également pour le stockage, le transfert rapide et la gestion de grandes quantités de données
issues de l’imagerie 3-D (ordinateurs puissants, logiciels dédiés, serveurs de stockage et de sauvegarde, connexions fibre).
Le SPPIN cherche activement à augmenter la proportion de femmes.