Missions

Dans le cadre d'un projet ANR impliquant l'équipe de microscopies avancées des tissus du Laboratoire Optique et Biosciences (LOB) à l’École polytechnique et le groupe de neurogenèse et développement de circuits de l'Institut de la Vision (IDV), nous sommes a la recherche d'un ou une chercheur post-doctorant pour travailler sur la simulation informatique du développement des connexions du noyau médian du corps trapézoïde (Medial Nucleus of the Trapeziod Body, MNTB), un relais auditif de la souris. Il/elle aura pour mission de regrouper ce qui est connu des différents mécanismes impliqués dans ce processus dans une plateforme de simulation informatique, et l'utiliser pour explorer les hypothèses faites et comprendre des données complexes acquises dans le projet par ailleurs.

Activités

- Comprendre finement l'état des connaissances sur le développement du MNTB et de ses connexions au Noyaux Cochléaire (Cochlear Nucleus, CN) et faire l'état de l'art des nombreux efforts en simulation du développement du cerveau
- Développer une plateforme de simulation sur la base de ces efforts existants qui récapitule le développement de la connexion entre le CN et le MNTB
- Explorer ces simulations et les différents mécanismes et hypothèses proposés, pour comprendre comment deux types de contraintes, topologique et topographique, sont satisfaites. On pourra en particulier utiliser les méthodes récentes d'apprentissage statistique pour la simulation.
- Faire les liens avec la partie expérimental du projet qui fournira des données uniques de micro-connectomique

Compétences

Le/la candidat idéal aurait de l'expérience dans la modélisation de systèmes biologiques complexes, idéalement en neurosciences, de très bonnes compétences de programmation en python et un esprit ouvert prêt à être intégré dans une collaboration très interdisciplinaire. Des connaissances et/ou un intérêt pour l'apprentissage automatique et l'analyse d'images/données seraient un plus.

Contexte de travail

Le poste est localisé au LOB à Palaiseau mais avec de forts liens avec l'équipe de Jean Livet à l'IDV. Il sera partie intégrante d'un effort interdisciplinaire impliquant biologistes expérimentaux et computationnels, physiciens et spécialistes de l'analyse de donnée. Il prend appuis sur le développement de technologies d'imagerie permettant d'étudier le développement des tissus cérébraux via la cartographie avec une résolution subcellulaire 3D de volume allant jusqu’à un cerveau de souris entier marqué par une approche Brainbow multicolore.

Le poste se situe dans un secteur relevant de la protection du potentiel scientifique et technique (PPST), et nécessite donc, conformément à la réglementation, que votre arrivée soit autorisée par l'autorité compétente du MESR.