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Chercheur Postdoctoral (H/F): Conception et implémentation d'algorithmes d'analyse d'images de cryo-microscopie électronique

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Informations générales

Référence : UMR7590-SLAJON-003
Lieu de travail : PARIS 05
Date de publication : vendredi 7 février 2020
Type de contrat : CDD Scientifique
Durée du contrat : 18 mois
Date d'embauche prévue : 1 avril 2020
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : Entre 2695 et 3841€ bruts mensuels selon expérience
Niveau d'études souhaité : Doctorat
Expérience souhaitée : Indifférent

Missions

Le chercheur postdoctoral travaillera sur la conception et l'implémentation d'algorithmes d'analyse d'images de cryo-microscopie électronique dans le contexte d'études de changements conformationnels continus des complexes biomoléculaires [1-3]. Le candidat doit avoir une expérience en programmation C++ et Python. L'expérience en programmation Fortran n'est obligatoire mais sera vivement appréciée. Aussi, le candidat doit avoir des bases théoriques solides en traitement d'images et une expérience pratique dans ce domaine. De plus, le candidat doit avoir un intérêt particulier pour le travail interdisciplinaire.

[1] Harastani M, Sorzano COS, Jonic S (2020) Hybrid Electron Microscopy Normal Mode Analysis with Scipion. Protein Science 29:223-236. https://doi.org/10.1002/pro.3772

[2] Jonic S (2017) Computational methods for analyzing conformational variability of macromolecular complexes from cryo-electron microscopy images. Current Opinion in Structural Biology 43: 114-121. https://doi.org/10.1016/j.sbi.2016.12.011

[3] Jin Q, Sorzano COS, de la Rosa-Trevin JM, Bilbao-Castro JR, Nunez-Ramirez R, Llorca O, Tama F, Jonic S (2014) Iterative Elastic 3D-to-2D Alignment Method Using Normal Modes for Studying Structural Dynamics of Large Macromolecular Complexes. Structure 22:496-506. https://doi.org/10.1016/j.str.2014.01.004

Activités

- Concevoir des algorithmes et les implémenter (programmation en C++, Python, et Fortran)
- Concevoir des expériences avec des données synthétiques pour tester des nouvelles méthodes
- Utiliser des nouvelles méthodes pour analyser des données expérimentales fournies par des collaborateurs
- Rédiger des articles scientifiques
- Participer à des conférences scientifiques et réunions avec des collaborateurs internes et externes (réunions physiques et à distance)

Compétences

- Doctorat en Informatique, Mathématiques Appliqués, Physique, etc.
- Bases théoriques solides en traitement d'images et une expérience pratique dans ce domaine
- Expérience en programmation C++ et Python
- Expérience en programmation Fortran n'est obligatoire mais sera vivement appréciée
- Bonnes aptitudes interpersonnelles
- Bonnes compétences en communication orale et écrite
- Créativité
- Intérêt pour le travail interdisciplinaire
- Intérêt pour le développement des méthodes d'analyse d'images pour la biologie structurale

Contexte de travail

Ce travail sera réalisé à l'Institut de minéralogie, de physique des matériaux et de cosmochimie (IMPMC-UMR 7590, Sorbonne Université, 75005 Paris). L'IMPMC est une unité mixte de recherche CNRS - Sorbonne Université - Muséum National d'Histoire Naturelle qui compte environ 200 membres. Le laboratoire est fortement pluridisciplinaire, composé de chercheurs, enseignants-chercheurs, et ingénieurs issus des disciplines différentes (physique, science de la Terre, biologie, chimie, informatique, etc.). Des thèmes divers de recherche expérimentale et théorique y sont traités tel que l'élucidation de la structure des matériaux et des assemblages macromoléculaires, investigation de leurs propriétés dynamiques, étude des interactions entre le vivant et le minéral, etc.

Contraintes et risques

Durée de contrat: 18 mois, avec possibilité d'extension.

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