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Ingénieur-e en bio-informatique (H/F)

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Français - Anglais

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Informations générales

Référence : UMR7590-ELODUP-002
Lieu de travail : PARIS 05
Date de publication : vendredi 4 septembre 2020
Type de contrat : CDD Technique/Administratif
Durée du contrat : 26 mois
Date d'embauche prévue : 1 octobre 2020
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : Entre 2100 et 2400 euros bruts mensuels selon expérience
Niveau d'études souhaité : Bac+5
Expérience souhaitée : Indifférent

Missions

De par leurs activités de séquestration intracellulaire d'éléments ou de biominéralisation (c'est-à-dire de formation de phases minérales), les micro-organismes contribuent aux grands cycles géochimiques dans l'environnement. Leur rôle dans le cycle du phosphore (P) a suscité un grand intérêt pour le développement de stratégies de dépollution. Quelques modèles microbiens impliqués dans la séquestration du P ont été décrits, principalement isolés dans des zones de transition oxique-anoxique à l'interface eau-sédiment. Nous avons récemment mis en évidence que des bactéries magnétotactiques (MTB) de la famille des Magnetococcaceae accumulaient abondamment du P dans leur cytoplasme, à l'interface oxique-anoxique dans la colonne d'eau du lac Pavin (Massif Central; voir https://doi.org/10.7185/geochemlet.1743). Ces bactéries constituent un modèle nouveau et pertinent pour étudier le recyclage du P par les microorganismes en eau douce, les mécanismes moléculaires de la séquestration de P et leur influence par les paramètres environnementaux.
Dans ce contexte, la personne recrutée aura en charge l'analyse du potentiel fonctionnel de plusieurs (meta)génomes de MTB enrichies de la colonne d'eau et des sédiments du lac Pavin, et accumulant fortement des PolyP intracellulaires. Il/elle s'intéressera en particulier à l'occurrence et l'abondance des familles de gènes impliquées dans le métabolisme bactérien du P. Ces répertoires génomiques seront comparés à ceux de souches MTB modèles et d'autres hyperaccumulateurs bactériens connus.
Il/elle s'intégrera dans le projet PHOSTORE, financé par l'ANR et mené par un consortium combinant des expertises reconnues en microbiologie et écologie des MTB, (bio)minéralogie et géochimie des phases solides et aqueuses, génomique environnementale, travail de terrain et de laboratoire.

Activités

- Exploitation de données (meta)génomiques publiques et/ou acquises dans le cadre du projet ANR (Lac Pavin, Massif Central). Annotation fonctionnelle et taxonomique de génomes, génomique comparative, recherche d'homologues lointains et réseaux de similarité de familles de gènes, recherche de synténie par analyse du voisinage génomique.
- Utilisation et développement d'outils et pipelines bioinformatiques
- Pérennisation, maintien et diffusion des méthodes et des outils développés. Stocker les données, résultats finaux et intermédiaires dans un entrepôt de données. Assurer la traçabilité des données traitées et la reproductibilité des analyses réalisées.
- Veille technologique
- Rédaction de documents techniques

Compétences

- Expérience en génomique souhaitée (méthodologies et outils d'annotation de génomes bactériens, de génomique comparative). Des connaissances de base en bioinformatique structurale seraient appréciées
- Connaissance approfondie des concepts et méthodes en statistiques (descriptive et inférentielle), analyse de données multivariées (exploration, classification supervisée/non-supervisée). Pratique experte d'au moins un langage de programmation statistique (R, SAS, MATLAB)
- Connaissance opérationnelle d'environnements UNIX (shell), et de langages de script (Python, C)
- Capacité à travailler sur des infrastructures de calcul distantes
- Capacité d'intégration à une équipe multi-disciplinaire, d'écoute et d'interaction avec des utilisateurs biologistes
- Rigueur méthodologique (développement, documentation), capacités rédactionnelles et de synthèse, autonomie
- Maîtrise de l'anglais technique

Contexte de travail

Ce travail sera réalisé dans le contexte d'un projet financé par l'ANR, à l'Institut de minéralogie, de physique des matériaux et de cosmochimie (IMPMC, Paris). L'IMPMC est une unité mixte de recherche CNRS - Sorbonne Université - Muséum National d'Histoire Naturelle qui compte environ 200 membres. Sa stratégie de recherche est articulée sur des projets ambitieux en physique de la matière condensée, en sciences de la Terre au sens large et en biologie, les trois composantes fondamentales de l'unité. L'interdisciplinarité de l'IMPMC en fait un lieu idéal pour développer des projets multi-échelles à l'interface Minéral / Vivant.
La personne recrutée travaillera à l'IMPMC, en collaboration étroite avec les partenaires du projet ANR PHOSTORE.

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