En poursuivant votre navigation sur ce site, vous acceptez le dépôt de cookies dans votre navigateur. (En savoir plus)
Portail > Offres > Offre UMR7564-CHRMER-003 - Recherche Post-doc H/F en microbiologie environnementale pour étudier l'impact de la biodiversité et de son état sur l'invasion de communautés microbiennes naturelles par des déterminants de l'antibiorésistance

Recherche Post-doc H/F en microbiologie environnementale pour étudier l'impact de la biodiversité et de son état sur l'invasion de communautés microbiennes naturelles par des déterminants de l'antibiorésistance

Cette offre est disponible dans les langues suivantes :
Français - Anglais

Assurez-vous que votre profil candidat soit correctement renseigné avant de postuler. Les informations de votre profil complètent celles associées à chaque candidature. Afin d’augmenter votre visibilité sur notre Portail Emploi et ainsi permettre aux recruteurs de consulter votre profil candidat, vous avez la possibilité de déposer votre CV dans notre CVThèque en un clic !

Faites connaître cette offre !

Informations générales

Référence : UMR7564-CHRMER-003
Lieu de travail : VANDOEUVRE LES NANCY
Date de publication : mercredi 24 juin 2020
Type de contrat : CDD Scientifique
Durée du contrat : 24 mois
Date d'embauche prévue : 14 septembre 2020
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : salaire brut mensuel compris entre 2 675,28€ et 3 084,60€ selon expérience
Niveau d'études souhaité : Doctorat
Expérience souhaitée : Indifférent

Missions

Le travail proposé s'inscrit dans le projet européen ANTIVERSA dont le but est de comprendre l'invasion de communautés microbiennes naturelles (aquatiques ou de sol) par des déterminants génétiques de l'antibiorésistance (gènes de résistance / éléments génétique mobiles) apportés par une source anthropique sous forme d'ADN extracellulaire, ou via des phages/vésicules transductrices et des bactéries résistantes. Le travail attendu couvrira (1) des études de diversité sur des communautés microbiennes naturelles, auxquelles s'ajouteront (2) des études en microcosmes pour suivre la dissémination de gènes de résistance aux antibiotiques dans des communautés microbiennes collectées dans l'environnement. Ces études d'invasion de communautés s'appuieront sur un panel d'approches moléculaires adaptées au traçage des transferts de gènes horizontaux par différentes voies (transformation, transduction, conjugaison). Ce travail sera effectué en collaboration avec les microbiologistes d'un consortium européen, tous impliqués dans l'étude de la dissémination de l'antibiorésistance dans l'environnement mais avec des spécialités allant de l'écologie moléculaire à la génétique microbienne en passant par la microbiologie environnementale. Le but du consortium est d'identifier des paramètres environnementaux clés régissant la propagation de l'antibiorésistance vers des communautés naturelles, en particulier lorsqu'elles sont altérées et exposées à des pressions anthropiques.

Activités

- Collecte et traitement d'échantillons environnementaux (sols, biofilms aquatiques)
- Extraction d'ADN de communautés microbiennes
- Analyse de la biodiversité de communautés (métagénomique)
- Maintien de communautés collectées en microcosmes contrôlés (bioréacteurs)
- Expérience d'invasion en microcosme par apport exogène de gènes de résistance aux antibiotiques (ADN libre, phages environnementaux, panel de bactéries résistantes)
- Analyse quantitative de la dissémination par biologie moléculaire (ex. qPCR)

Compétences

Microbiologiste de formation, le (la) candidat(e) devra présenter de solides compétences techniques et théoriques en microbiologie environnementale et en biologie moléculaire. Une bonne maitrise de la PCR quantitative est indispensable. S'agissant de transfert de gènes horizontaux, il est entendu que la personne recrutée ait de solide connaissance en génétique bactérienne pour comprendre et maîtriser les mécanismes impliqués (conjugaison, transduction, transformation) dans la complexité de systèmes naturels. Un certain savoir-faire dans les techniques de clonage est également attendu dans la mesure ou des modifications génétiques de souches bactériennes (inoculum) seront nécessaires pour assurer les suivis des invasions de gènes d'antibiorésistance dans les communautés naturelles. Le (la) candidat(e) retenu(e) devra présenter une expérience (au moins doctorale) en microbiologie environnementale ou en écologie, et devra pouvoir s'exprimer en français ou en anglais.

Contexte de travail

Le (la) lauréat(e) sera affecté(e) au LCPME (UMR 7564 UL-CNRS) qui regroupe 78 personnes distribuées dans trois équipes. Le (la) recruté(e) intègrera l'équipe de Microbiologie Environnementale sur sa thématique "dissémination de l'antibiorésistance dans l'environnement" sous la direction de Christophe Merlin et Xavier Bellanger. Le projet auquel le (la) recruté(e) sera affecté(e) se déroulera dans le contexte très particulier d'une collaboration internationale regroupant 6 partenaires dont le but est d'apporter collectivement un éclairage sur l'importance de la biodiversité microbienne dans la dissémination de l'antibiorésistance dans l'environnement. De fortes interactions au sein du LCPME, mais aussi entre les partenaires européens, seront attendues pour une progression harmonieuse du projet entre les membres du consortium.

Contraintes et risques

Pas de risque particulier pour la personne

On en parle sur Twitter !