Missions

L’épidémiologie liée aux eaux usées (WBE) a connu un développement important pour les virus lors de l’émergence du SARS-CoV-2. Le réseau OBEPINE (Observatoire épidémiologique dans les eaux usées) a été à l’origine de la validation de cette approche en France. Le suivi dans les eaux est aujourd’hui appliqué à de nombreux virus respiratoires ou entériques pour obtenir des informations sur l’émergence virale, la dynamique spatio-temporelle de variants viraux ou plus simplement sur la circulation des virus dans les populations. Le programme OBEPINE + (2024-2029) vise à mettre en place une plateforme nationale opérationnelle pour les éventuelles futures pandémies. Une vingtaine de participants industriels et académiques collaborera pour développer des outils et des méthodes pour intégrer la WBE aux indicateurs épidémiologiques classiques. Le projet de recherche vise à établir des stratégies permettant de suivre la diversité virale dans les eaux usées en utilisant des approches ciblée (RT-PCR ou séquençage ciblé) ou des approches plus ouvertes (virome humain) en y associant des critères sur l’intégrité ou le caractère infectieux des particules virales. Ces stratégies seront développées sur des sites ateliers avec des pollutions fécales à dominante soit animale, soit humaine. L’ingénieur(e) recruté(e) aura en charge plus spécifiquement l’estimation du caractère infectieux des virus dans les eaux usées ainsi que le développement d’outils moléculaires permettant d’estimer l’intégrité de la particule virale.

Activités

- Gestion des prélèvements d'eaux usées d'origine diverse
- Implication dans le fonctionnement d'une aquathèque
- Concentration/extraction de virus de matrices solides (boues résiduaires) et liquides (eaux usées).
- Analyse moléculaire des virus et bactériophages fécaux (RT-PCR, séquençage)
- Isolement de virus infectieux par culture cellulaire et de bactériophages par culture bactérienne.
- Diffusion des résultats au sein du consortium OBEPINE.
- Communication en congrès et rédaction de publication.

Compétences

- connaissance du terrain (contexte environnemental).
- connaissances et expériences en virologie clinique ou environnementale
- maitrise des techniques de culture cellulaire et de biologie moléculaire (séquençage haut débit et RT-PCR).
- expérience dans la concentration/extraction des virus de matrices complexes.
- intégration dans un projet collaboratif.
- motivation et ouverture d'esprit.
- mener un projet de recherche à son terme de manière autonome (doctorat).

Contexte de travail

La personne recrutée travaillera au Laboratoire de Chimie Physique et Microbiologie pour les Matériaux et l’Environnement (LCPME – UMR 7564 Université de Lorraine /CNRS) au sein de l’équipe de Microbiologie environnementale localisée sur le Campus Brabois Santé de Vandoeuvre lès Nancy (https://www.lcpme.ul.cnrs.fr/). Elle interagira avec les chercheurs du LCPME qui ont une large compétence en virologie environnementale mais aussi pour certains en virologie clinique en lien avec le centre hospitalier régional et universitaire de Nancy. Le LCPME étant l’un des membres fondateurs du réseau français OBEPINE, ce projet est construit en cohérence avec les actions du réseau. De nombreuses interactions sont à prévoir avec les partenaires du projet OBEPINE +.

Contraintes et risques

- travail en laboratoire de niveau de sécurité biologique de niveau 2 voire 3