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Production de graphes médians pour la phylogénie (H/F)

Cette offre est disponible dans les langues suivantes :
Français - Anglais

Date Limite Candidature : lundi 6 février 2023

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Informations générales

Référence : UMR7503-MIGCOU-001
Nombre de Postes : 1
Lieu de travail : VANDOEUVRE LES NANCY
Date de publication : lundi 16 janvier 2023
Type de contrat : CDD Scientifique
Durée du contrat : 6 mois
Date d'embauche prévue : 1 mars 2023
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : 2800 euros brut (environ, ajustable selon expérience)
Niveau d'études souhaité : Doctorat
Expérience souhaitée : Indifférent

Missions

Une phylogénie se doit de vérifier des propriétés de minimalité et de parcimonie (selon le principe qui veut que l'explication la plus simple est souvent la meilleure). Il arrive cependant que plusieurs arbres soient solutions. Le problème du choix arbitraire de l'un de ces arbres a orienté les recherches vers d'autres structures généralisant les arbres. On citera par exemple les systèmes de classes parcimonieux, les réseaux médians et les treillis de concepts. Ces dernières structures revêtent un intérêt pour nous car il existe une machinerie algorithmique efficace pour construire des treillis, le problème étant ensuite de transformer les treillis sous une forme appropriée et d'extraire les arbres associés. D'autre part, une famille particulière de graphes, les graphes médians, ont à la fois des liens avec les arbres phylogénétiques (ils permettent d'encoder la famille d'arbre solutions) et avec une classe particulière de treillis : les treillis distributifs. La compréhension de la production de ces graphes nous intéresse tout particulièrement.

Activités

Nos résultats précédents ont permis d'obtenir un algorithme construisant un treillis distributif à partir d'un treillis quelconque. Il ne s'agit toutefois que d'une étape vers la production d'un graphe médian. L'objectif de ce stage est double :
1. D'abord pratique, en proposant une implémentation des algorithmes présents nous travaux récents
+Alain Gély, Miguel Couceiro, Laurent Miclet, Amedeo Napoli. A study of algorithms relating distributive lattices, median graphs, and Formal Concept Analysis,International Journal of Approximate Reasoning, 2022, 142, pp.370-382.
+Alain Gély, Miguel Couceiro, Amedeo Napoli. Steps Towards Achieving Distributivity in Formal Concept Analysis, CLA 2018, 105-116
et une évaluation de ceux-ci sur des données réelles et synthétiques.
2. Ensuite théorique, en cherchant à étendre les algorithmes mis en place. En effet, il existe au moins un exemple pour lequel l'approche actuelle n'aboutit pas à une solution optimale. Il s'agira alors d'une part de rechercher des méthodes pour retrouver l'optimalité dans ce cas, et d'autre part
d'évaluer si la situation problématique est susceptible de se produire sur données réelles (cette situation a actuellement été produite de façon ad-hoc pour montrer les limites de l'algorithme).
Nous voudrons aussi d'établir des liens avec des familles de géométries convexes et des bases d'implications.

Compétences

Doctorat en informatique et expertise en structures d'ordre. Familiarité avec l'analyse formelle de concepts est appréciée.

Contexte de travail

Le post-doc se déroulera au sein de l'équipe Orpailleur, LORIA, supervisé par Miguel Couceiro (miguel.couceiro@loria.fr), Alain Gély (alain.gely@univ-lorraine.fr) et Amedeo Napoli, DR CNRS émérite (amedeo.napoli@loria.fr). L'équipe Orpailleur dispose de compétences avancées en matières de découverte et d'ingénierie des connaissances, en particulier en classification et FCA, ainsi qu'en calcul de médianes.

Contraintes et risques

Aucune

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