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Portail > Offres > Offre UMR7294-SYLJOV-008 - Ingénieur informaticien en océanographie H/F

Ingénieur informaticien en océanographie H/F


Date Limite Candidature : mercredi 6 octobre 2021

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Informations générales

Référence : UMR7294-SYLJOV-008
Lieu de travail : MARSEILLE 09
Date de publication : mercredi 15 septembre 2021
Type de contrat : CDD Technique/Administratif
Durée du contrat : 10 mois
Date d'embauche prévue : 1 novembre 2021
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : Entre 2 720 et 2 917 € bruts mensuels selon expérience
Niveau d'études souhaité : Bac+5
Expérience souhaitée : 5 à 10 années

Missions

- mettre en place les outils finaux pour valoriser les résultats obtenus au cours du projet TOSCA CYTOSAT
- réalisation d'outils de visualisation et de cartographie adaptées aux spécificités du couplage de données.

Activités

- prise en main de la chaîne de traitement satellite PHYSAT en lien avec le LOG et ACRI
- application aux capteurs récents, test sur la base glocolour
- installation et mise en place d'un outil d'analyse et de traitement des fichiers issus de la cytométrie en flux automatisée sur l'archive du MIO
- mise à jour de la base de données commune pour la labellisation de PHYSAT (satellites et matchup in situ)
- mise en forme des sorties pour permettre les analyses.

Compétences

- codage en C et Python indispensable
- maitrise d'outils de cartographie
- bonne notion de statistique
- appétence pour des projets innovants d'analyse de données environnementales indispensable
- maitrise de l'anglais
- aisance pour le travail en équipe
- capacité de rédaction de documents de synthèse (résultats d'analyses graphiques et cartographiques)
- un intérêt pour le milieu marin et d'éventuelles futures campagnes en mer serait un plus.

Contexte de travail

Le/La candidat/e retenu/e travaillera à l'Institut Méditerranéen d'Océanologie (MIO), à Marseille Luminy. Le MIO est un laboratoire de recherche en Océanologie des Universités d'Aix-Marseille, de Toulon, du CNRS et de l'IRD. Il est intégré dans l'OSU Pytheas. Ses objectifs sont de mieux comprendre le système océanique et son évolution en réponse au changement global. Il constitue un pôle de compétences en biologie, écologie, biodiversité, microbiologie, halieutique, physique, chimie, biogéochimie et en sédimentologie marines. Ses cadres d'exercice sont l'océan mondial, ses interfaces avec le continent, l'atmosphère et le sédiment.
Le MIO compte plus de 250 personnes dont une centaine de chercheurs (CNRS, IRD) et d'enseignants-chercheurs des Universités, une soixantaine d'ingénieurs et techniciens, plus de 50 doctorants et une équipe d'administrative au service de la recherche.
Le/La candidat/e intégrera l'équipe CYBELE dirigée par France Van Wambeke et Gérald Grégori. Son temps sera partagé avec 50% eq CYBELE (MIO), 30% eq OPLC (MIO) et 20 % LOG (Wimereux).
Il/Elle sera placé/e sous la responsabilité hiérarchique de Melilotus Thyssen.
Poste à pouvoir sur Marseille avec des missions ponctuelles au LOG (Lille) et à ACRI (Nice).
Contexte du projet :
Le phytoplancton joue un rôle important dans les cycles biogéochimiques, et de nombreuses espèces sont regroupées sous forme de groupes fonctionnels en fonction de leurs capacités à participer à des cycles particuliers ayant des enjeux climatiques et/ou environnementaux (cycle du carbone, de l'azote, de la silice, émission d'aérosols…). Cependant, les jeux de données permettant d'identifier la distribution de ces groupes fonctionnels à des échelles du km au bassin sur le globe restent limités. Ces données sont cependant attendues par de nombreux projets de recherche (modélisations, chimie marine, études des ressources des océans…).
En réponse à cette attente, la méthode PHYSAT a montré en 2008 qu'il était possible d'identifier, depuis l'espace, les groupes fonctionnels dominants grâce à la caractérisation d'anomalies au sein des luminances issues des images de « couleur de l'eau ». Les cartes satellites d'anomalies montrent depuis une grande diversité de signaux dont la majorité n'a pas encore pu être associée à des « vérités terrains » au-delà de quelque cas de dominance. Or nous savons, d'après des études récentes, qu'il est possible de caractériser d'avantage que la dominance dès lors que les observations sont croisées avec des mesures en mer détaillées. Cela passe par une étape d'analyse des anomalies par classification des signatures (réseaux de neurones) associée à des outils de phénologie. Ces étapes sont désormais intégrées à la chaîne de traitement PHYSAT. Notre objectif désormais est d'être en capacité de labelliser davantage de signaux satellite en termes de composition phytoplanctonique, en couplant les anomalies spatiales avec des données de terrains innovantes. Ceci est possible depuis peu grâce au développement de technologies comme la cytométrie en flux automatisée au laboratoire MIO qui permet des exercices de matchups complets (mesures simultanées satellites + en mer). Cette technologie permet en effet d'augmenter à la fois le nombre de prélèvements in situ et leurs précisions en termes de description du phytoplancton et d'améliorer les cartes satellites à travers : une augmentation significative des possibilités de matchups et une augmentation de la qualité des cartes satellites (avec d'avantage d'anomalies identifiées au-delà de la dominance d'un groupe de phytoplancton).
Le CDD proposé intervient à un moment clef du processus de couplage avec d'un côté une chaîne de traitement PHYSAT stable récemment installée chez ACRI https://astro.acri-st.fr/ et de l'autre le développement des analyses par cytomètrie qui peuvent servir à identifier sur le terrain les différentes anomalies satellites (des campagnes récentes et à venir bénéficieront de cette expertise, dans un premier temps en Méditerranée, puis sur d'autres campagnes sur les mers du globe (notamment dans l'océan Austral via le projet d'exploration Polar POD)).
L'objectif est donc à la fois d'appliquer PHYSAT aux derniers capteurs spatiaux et de coupler ces observations avec les dernières observations sur le terrain en Méditerranée. Cette étape nécessite la mise en place d'un outil automatisé permettant de traiter et nommer rapidement les observations en mer pour les associer aux observations spatiales. L'outil à développer est très attendu d'autres projets de recherche avec notamment un volet 'temps réel' potentiel à suivre lors des futures campagnes océanographiques (par exemple le projet SPASSO (https://spasso.mio.osupytheas.fr/SWINGS/Figures_web_oftheday/) visant à optimiser les stratégies d'observation adaptatives lors des campagnes en mer).
L'objectif du poste sera de mettre en place les outils finaux pour valoriser les résultats obtenus au cours du projet TOSCA CYTOSAT. Des outils de visualisation et de cartographie adaptées aux spécificités de ce couplage de données seront également réalisés. Des compétences en codage C et python et une appétence pour des projets innovants d'analyse de données environnementales est indispensable. Une aisance pour le travail en équipe et la synthèse des résultats d'analyses (graphiques, cartographie) sont fortement recommandées.
Ce travail viendra clore et valoriser un projet de recherche commencé il y a quelques années et permettra l'application large et opérationnelle du couplage PHYSAT/cytométrie attendue par de nombreux autres projets de couplage des données satellites issus de l'application de l'algorithme PHYSAT aux dernières données des capteurs en vol avec les données en mer Méditerranée par CYTOSENSE. Mise en place des outils pour des perspectives d'utilisation dans d'autres projets de recherche, dont temps réel.

Contraintes et risques

Peu de contraintes, la plupart des données sont disponibles.

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