Missions

Elle/il a une mission de service aux utilisateurs et de développements méthodologiques. En coordination avec le responsable technique de la plateforme, elle/il assure les formations des utilisateurs sur les systèmes d'imagerie principalement haute résolution , spinning disk et deux photons. Elle / il participera à la mise au point des acquisitions des utilisateurs et de l'analyse de leurs images. Les systèmes mis sous sa responsabilité devront être contrôlés périodiquement pour en assurer le bon fonctionnement. Elle / il participera à la mise en œuvre des protocoles de pilotage d’un scanner de lames en intégrant un interfaçage d’intelligence artificielle dans les process d’acquisition.

Activités

1) Former les personnels chercheurs, ingénieurs et techniciens dans l'utilisation des microscopes en comprenant le besoin biologique associé à la demande.
2) Connaître et faire connaitre les possibilités des systèmes ainsi que leur limite pour adapter au mieux l'instrument à la demande expérimentale.
3) Réaliser périodiquement des tests de contrôle de performance des systèmes et rédiger des comptes rendus en utilisant les outils disponibles et développés sur la plateforme
4) Préparation d'échantillons biologiques et de montages de mesures
5) Veille scientifique, technologique et participation à un journal Club d'imagerie

Compétences

Connaissances théoriques et pratiques en microscopie et optique.
Des connaissances en biologie et cultures cellulaires seraient un plus. Connaissances théoriques et pratiques en traitement de l'image en utilisant les logiciels du domaine comme ImageJ-FIJI, ICY, Metamorph.
La programmation objet serait un plus.
Bon sens relationnel et qualités pédagogiques devant s'exercer dans le cadre d'un service commun.
Connaissances théoriques et pratiques des applications de deeplearning comme Qupath, cellpose et intégration dans le pilotage de microscopes.
Expression en langue anglaise indispensable.

Contexte de travail

L'Institut de Biologie du Développement de Marseille (IBDM) rassemble une masse critique d'une vingtaine d'équipes de recherche qui explore le domaine de la Biologie du développement et des pathologies qui y sont associées. Cet Institut, unique sur le territoire national, dispose de compétences complémentaires dans les domaines de l'embryologie expérimentale, de la physiologie, de la biologie moléculaire et cellulaire, de la génétique, de la neurobiologie, de la génomique, de la biophysique et de la bioinformatique. Les équipements technologiques sont rassemblés sur des plateaux techniques innovants et performants. Un objectif affiché de l'IBDM est d'intégrer de nouvelles approches à la résolution de questions scientifiques par le développement d'équipes d'interface avec les mathématiques et la physique, et l'informatique.
La plateforme d’imagerie de l’IBDM est dotée de 25 instruments dont notamment confocaux, spinning disk, biphotons, STED, light sheets, video microscopes, et à venir scanner de lames, ouverts à une large communauté scientifique, du monde académique et industriel. Elle est aussi une plateforme d'apprentissage et de formation. La plateforme d'imagerie de l'IBDM est une des deux composantes de la plateforme commune d'imagerie de Luminy (PICSL), qui forme l'un des noeuds de l'infrastructure nationale de recherche France Bio-Imaging (FBI), dont l'une des principales missions est de promouvoir le transfert de technologie des laboratoires de recherche aux infrastructures. https://www.ibdm.univ-amu.fr/team/optical-imaging/

Contraintes et risques

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