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Portail > Offres > Offre UMR7284-DIDFOR-001 - Chercheur/Chercheuse (H/F) postdoctorant junior - Analyses GWAS

Chercheur/Chercheuse (H/F) postdoctorant junior - Analyses GWAS

Cette offre est disponible dans les langues suivantes :
- Français-- Anglais

Date Limite Candidature : lundi 2 octobre 2023

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Informations générales

Intitulé de l'offre : Chercheur/Chercheuse (H/F) postdoctorant junior - Analyses GWAS
Référence : UMR7284-DIDFOR-001
Nombre de Postes : 1
Lieu de travail : NICE
Date de publication : lundi 11 septembre 2023
Type de contrat : CDD Scientifique
Durée du contrat : 12 mois
Date d'embauche prévue : 15 janvier 2024
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : rémunération brute mensuelle à partir de 2934,82 € selon expérience acquise antérieurement
Niveau d'études souhaité : Niveau 8 - (Doctorat)
Expérience souhaitée : 1 à 4 années
Section(s) CN : Biodiversité, évolution et adaptations biologiques : des macromolécules aux communautés

Missions

Un CDD de 12 mois de chercheur/chercheuse postdoctorant junior est ouvert à l'Institut de Recherche sur le Cancer et le Vieillissement de Nice (IRCAN, Université Côte D'Azur, Nice, France). Ce CDD est ouvert dans le cadre du projet de recherche TARA Pacific et est financé par l'ANR « Coralforce » (ANR-22-CE20-0007-01).
Le principal objectif de l'étude envisagée est d'explorer l'implication des gènes de maintenance du génome dans l'adaptation des coraux constructeurs de récifs aux changements environnementaux. Cette étude profitera de l'échantillonnage réalisé lors de l'expédition TARA Pacific sur trois genres coralliens (Porites, Pocillopora et Millepora) le long de l'Océan Pacifique (Planes et al. 2019, voir Planes & Allemand 2023 pour un résumé du premier tour d'analyses de ces échantillons). Durant cette expédition, 2703 colonies coralliennes ont été prélevées dans 32 îles du Pacifique (Lombard et al. 2023). Des séquençages Métagénoniques, Métatranscriptomiques et de Metabarcode ont été réalisés sur 300 colonies par genre (Belser et al. 2023). Les génomes de référence des trois genres en question ayant également été produits et annotés par le consortium TARA Pacifique (Noel et al. 2023), l'ensemble des SNPs contenus dans le génome de chacune de ces 300 colonies ont pu être identifiés. Des marqueurs phénotypiques de stress ont également été mesurés pour chaque colonie (Porro et al. 2023). De nombreuses mesures de la qualité de l'environnement aux sites de prélèvement, tant historiques qu'immédiates, ont également été récoltées (Lombard et al. 2023). Une analyse préliminaire d'un tiers des données a déjà permis de révéler des signatures génétiques et phénotypiques différenciées entre les trois genres coralliens dans leur réponse aux variations environnementales (Rouan et al. 2023, Porro et al. 2023, Voolstra et al. 2023). Le chercheur/la chercheuse postdoctorant sera chargé de l'identification précise des composants génétiques de cette réponse des coraux à l'environnement.
Le travail de la chercheuse/du chercheur postdoctorant se développera dans le cadre du consortium TARA Pacific sous la supervision directe du Dr Didier Forcioli et du Pr. Paola Furla.

Activités

La chercheuse/le chercheur postdoctorant développera des études d'association génotype/environnement (GEA) et d'association génotype/phénotypes à l'échelle du génome entier (GWAS) à partir des données métagénomiques, phénotypiques et environnementales de TARA Pacific, avec pour objectifs d'identifier les SNPs (et les gènes qui les portent) qui : 1) portent des allèles différents dans des environnements différents, 2) qui sont impliqués dans les valeurs des phénotypes biochimiques de réponse au stress (comme le niveau d'ubiquitination, la réponse au stress oxydatif, la variation de longueur des télomères, etc…). Ces résultats, couplés aux profils génomiques de sélection, devrait permettre l'identification de gènes responsables de l'adaptation aux changements environnementaux chez ces coraux.

Compétences

La candidate/le candidat sélectionné devra maitriser de solides connaissances en génomique des populations et avoir fait preuve de sa capacité à analyser des données génomiques. Une expérience acquise dans les études GEA ou GWAS sera un avantage sérieux. Aucune connaissance préalable de la biologie des coraux ne sera exigée. Le niveau de rémunération correspondant à un postdoctorant junior, le poste n'est ouvert qu'aux candidats/candidates ayant soutenu leur thèse moins de deux ans avant la prise de poste prévue en Janvier 2024.

Contexte de travail

Le travail du chercheur/de la chercheuse postdoctorant s'intégrera dans ceux du WorkGroup Adaptation et Résilience, coordonné par D. Forcioli au sein du consortium TARA Pacific, en interaction avec le WorkGroup Santé du Corail, auquel participe P. Furla.
La chercheuse/le chercheur postdoctorant collaborera directement avec une étudiante en thèse actuellement en charge dans l'équipe des analyses phénotypiques.

Informations complémentaires

Les demandes d'information complémentaires peuvent être envoyées à paola.furla@univ-cotedazur.fr et didier.forcioli@univ-cotedazur.fr . Les candidatures doivent, par contre, impérativement être déposées sur le site CNRS