Ingénieur / Ingénieure en Microbiologie H/F

Job Description

Missions

Nos travaux de recherche portent sur Myxococcus xanthus, une bactérie prédatrice capable de tuer et de lyser ses proies par contact direct. Lors de l’interaction avec une bactérie proie, deux nanomachines essentielles à la prédation sont recrutées et assemblées au niveau du site de contact : le système Kil, homologue à un pilus Tad, et un système de sécrétion de type III atypique, appelé T3SS*, dépourvu d’aiguille (Seef S et al. 2021 eLife, Herrou J et al. 2025 Nat. Commun.).

L’absence de l’un ou l’autre de ces systèmes entraîne une perte de l’activité prédatrice, indiquant qu’ils jouent un rôle essentiel dans le processus de prédation. Des travaux récents réalisés au sein du laboratoire ont montré que le système Kil est indispensable au recrutement du T3SS*, suggérant l’existence d’un lien fonctionnel étroit entre ces deux nanomachines dans le processus d’intoxication de la proie (Herrou J et al. 2025 Nat. Commun.).

Cependant, les mécanismes moléculaires reliant ces deux systèmes restent à être caractérisés. En particulier, l’identité des effecteurs toxiques impliqués dans la prédation ainsi que les mécanismes permettant leur sécrétion et leur action au niveau de la proie sont inconnus.

Dans ce contexte, les deux objectifs principaux du projet sont :

1. Caractériser, par des approches in silico, in vivo et in vitro, le lien fonctionnel entre les systèmes Kil et T3SS*.
2. Identifier et caractériser les effecteurs moléculaires impliqués dans la prédation de la proie.

Ces travaux permettront de mieux comprendre les mécanismes moléculaires et cellulaires responsables de l’intoxication et de la lyse contact-dépendante des bactéries proies.

Activity

• Assurer une veille scientifique et technique dans les domaines de la microbiologie, de la biologie cellulaire, de la biologie moléculaire et de la biochimie des protéines.
• Participer à la planification et à la conception des expériences, ainsi qu’au suivi des différentes étapes du projet.
• Mettre en œuvre des approches de biologie moléculaire : conception d’amorces, PCR, clonage, construction de plasmides et remplacement allélique.
• Générer des mutants de M. xanthus afin de caractériser la fonction et l’importance de protéines candidates du système Kil et du T3SS* au cours de la prédation.
• Produire et purifier des protéines recombinantes en système procaryote (E. coli) afin d’étudier les interactions protéine-protéine entre les composants des systèmes Kil et T3SS*, et de caractériser l’activité de potentiels effecteurs toxiques.
• Mettre en place et réaliser des expériences de microscopie à fluorescence afin de suivre, au cours de la prédation, le recrutement et la dynamique de protéines du Kil et du T3SS* au niveau du site de contact avec la proie.
• Mettre en place et réaliser des tests phénotypiques permettant d’évaluer l’efficacité de prédation de différents mutants de M. xanthus.
• Analyser, interpréter et documenter les résultats expérimentaux.
• Assurer la gestion et la traçabilité des données expérimentales.
• Présenter régulièrement les résultats au sein des équipes et contribuer aux réunions scientifiques du projet.
• Participer à la rédaction de rapports, de présentations scientifiques et, le cas échéant, de publications.

Your Profil

Skills

• Solides compétences en microbiologie et en production et purification de protéines recombinantes.
• Expérience en biologie moléculaire : conception d’amorces, PCR, clonage, construction de plasmides et, idéalement, remplacement allélique chez les bactéries.
• Expérience en microscopie à fluorescence et des connaissances en analyse d’images et en traitement de données quantitatives seraient un plus.
• Des connaissances en caractérisation biochimique et/ou en étude des interactions protéine-protéine seraient particulièrement appréciées.

savoirs être :
• Rigueur scientifique et sens critique.
• Esprit d’initiative et capacité à s’adapter à l’évolution des stratégies expérimentales.
• Curiosité, créativité et goût pour l’exploration de nouvelles approches expérimentales.
• Bonnes capacités d’analyse, d’interprétation et de synthèse des résultats.
• Capacité à travailler de manière autonome tout en s’intégrant dans un environnement de recherche collaboratif.
• Sens de l’organisation et capacité à planifier les expériences et à respecter les échéances.
• Bonnes capacités de communication orale et écrite en français et/ou anglais.

Your Work Environment

Le poste est proposé au sein du Laboratoire de Chimie Bactérienne (LCB) à Marseille, dans le cadre d’un projet financé par l’ANR et coordonné par Dr. Julien Herrou. L’ingénieur / l'ingénieure recruté / recrutée travaillera en interaction étroite avec deux équipes du laboratoire : l’équipe Cell Biology of Bacterial Motility (CBBM) dirigée par Dr. Tâm Mignot et l’équipe Virulence Nano-Macromolecular Machinosome (VN2M) dirigée par Dr. Éric Durand.

Le projet repose sur une approche intégrée combinant microbiologie, biologie moléculaire, biologie cellulaire et biochimie des protéines, afin de comprendre le fonctionnement des systèmes Kil et T3SS* à différentes échelles, de la cellule jusqu’aux interactions moléculaires entre protéines.
Le candidat / la candidate sera co-encadré / co-encadrée par Dr. Julien Herrou et Dr. Éric Durand et bénéficiera ainsi d’un environnement scientifique multidisciplinaire permettant de développer des compétences complémentaires en biologie cellulaire et en biochimie des protéines.

Un intérêt pour les approches interdisciplinaires et la compréhension des mécanismes moléculaires complexes, seront particulièrement appréciés. Le projet s’appuiera notamment sur des équipements et technologies de pointe, tels que la microscopie à fluorescence, les techniques de chromatographie pour la purification des protéines et différentes approches de caractérisation biochimique.

Ce poste offre l’opportunité de travailler sur une problématique émergente en microbiologie et en biologie cellulaire. Le candidat / la candidate intégrera un environnement scientifique multidisciplinaire et combinera des approches complémentaires afin de mieux comprendre les mécanismes moléculaires et cellulaires de la prédation bactérienne chez Myxococcus xanthus.

Compensation and benefits

Compensation

Entre 2571,89 et 2742€ bruts mensuels selon expérience.

Annual leave and RTT

44 jours

Remote Working practice and compensation

Pratique et indemnisation du TT

Transport

Prise en charge à 75% du coût et forfait mobilité durable jusqu’à 300€

About the offer

About the CNRS

The CNRS is a major player in fundamental research on a global scale. The CNRS is the only French organization active in all scientific fields. Its unique position as a multi-specialist allows it to bring together different disciplines to address the most important challenges of the contemporary world, in connection with the actors of change.

CNRS

The research professions