Ingenieur en bioinformatique (H/F)

Job Description

Missions

Assurer l'analyse bioinformatique de données transcriptomiques issues de projets de recherche sur la détermination et la différenciation sexuelle.
• Développer, optimiser et maintenir des pipelines d'analyse pour les données de transcriptomique.
• Accompagner les chercheurs dans l'interprétation biologique des résultats.
• Contribuer à la valorisation scientifique des travaux de l'équipe.

Activity

• Réaliser l'analyse de données de transcriptomique en cellule unique (scRNA-seq).
• Analyser des données de scRNA-seq obtenues par technologies de séquençage long reads.
• Analyser des données de transcriptomique spatiale.
• Analyser des données portant sur les modifications des ARN (épitranscriptomique), notamment les méthylations d'ARN.
• Développer, adapter et optimiser des pipelines bioinformatiques.
• Effectuer le contrôle qualité, le traitement, l'intégration et la visualisation des données.
• Participer à l'interprétation biologique des résultats avec les chercheurs.
• Produire des figures, rapports d'analyse et contribuer à la rédaction de publications scientifiques.
• Assurer une veille scientifique et technologique dans les domaines de la transcriptomique et de la bioinformatique.

Your Profil

Skills

• Solides connaissances en bioinformatique et analyses transcriptomiques.
• Bonne connaissance des technologies de séquençage haut débit, notamment du scRNA-seq.
• Connaissances en transcriptomique spatiale, long reads et épitranscriptomique appréciées.
• Notions en biologie du développement et/ou génétique du développement souhaitées.

• Maîtrise des outils d'analyse de données transcriptomiques (R, Python, Linux).
• Maîtrise des logiciels et pipelines dédiés au scRNA-seq (Seurat, Scanpy ou équivalents).
• Développement et optimisation de scripts et pipelines bioinformatiques.
• Analyse statistique et visualisation des données.
• Capacité à interpréter les résultats dans leur contexte biologique.
• Rédaction de rapports techniques et scientifiques en anglais.

• Autonomie et sens de l'organisation.
• Esprit d'analyse et rigueur scientifique.
• Capacité à travailler en équipe dans un environnement multidisciplinaire.
• Bonnes qualités relationnelles.
• Curiosité scientifique et force de proposition.
• Excellentes capacités de communication.

Your Work Environment

L'équipe est située au cœur de Nice et fait partie de l'Institut de Biologie Valrose, iBV (27 équipes; 250 personnes; 25 nationalités), un centre de recherche international qui rassemble des équipes de haut niveau aux expertises complémentaires et ayant un intérêt commun à traduire la recherche fondamentale en connaissances pour la clinique. L'iBV fournit des installations de base à la pointe de la technologie, avec une atmosphère collaborative et animée dans une ville / région très agréable.

Constraints and risks

• Travail sur plusieurs projets de recherche en parallèle.
• Respect des échéances liées aux projets et aux publications.
• Manipulation de jeux de données de grande taille nécessitant des ressources de calcul intensif.
• Veille scientifique et technologique continue dans un domaine en évolution rapide.
• Collaboration quotidienne avec des biologistes, bioinformaticiens et partenaires scientifiques.

Compensation and benefits

Compensation

entre 2521 et 3743 euros brut en fonction de l'expérience professionnelle

Annual leave and RTT

44 jours

Remote Working practice and compensation

Pratique et indemnisation du TT

Transport

Prise en charge à 75% du coût et forfait mobilité durable jusqu’à 300€

About the offer

About the CNRS

The CNRS is a major player in fundamental research on a global scale. The CNRS is the only French organization active in all scientific fields. Its unique position as a multi-specialist allows it to bring together different disciplines to address the most important challenges of the contemporary world, in connection with the actors of change.

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