Chercheur (H/F) Epidémiologie des Eaux Usées

Description du Poste

Les Missions

La personne recrutée a pour mission principale de réaliser les analyses bioinformatiques de séquençage métagénomique de virus présents dans les eaux usées (pipelines d'alignement sur références, détection de variants, assemblage de novo assembly). Il/elle conçoit et met en place des bases de données dédiées au stockage, à l’annotation et à l’analyse des séquences virales, en assurant leur interopérabilité avec des systèmes distants (serveurs sécurisés, clusters HPC). La gestion des connexions à distance (SSH, API, transferts de données) et l’exploitation de ressources publiques ou privées (Santé publique France, GISAID, NCBI, ENA) sont centrales pour enrichir les analyses et contextualiser les résultats. Les recherches de l'équipe portent principalement sur des pathogènes respiratoires prioritaires (SARS-CoV-2, grippe, RSV) mais une exploitation des données disponibles sur d’autres agents infectieux (papillomavirus, arbovirus, etc.) sont possibles, dans l'optique d'améliorer la détection précoce de signaux épidémiologiques préoccupants. Un croisement des données environnementales (eaux usées) avec les données cliniques (séquençage de patients, données épidémiologiques) servira à valider les observations et contribuera à affiner les modèles prédictifs. Des outils de veille automatisés (scripts, dashboards, alertes) intégrant des algorithmes de machine learning ou des méthodes statistiques, seront mis en place afin d’optimiser la surveillance en temps réel des pathogènes et de soutenir les décisions de santé publique.

L'Activité

1. Analyse bioinformatique des données de séquençage (Nanopore)
• Filtrage des reads (qualité, barcodes), démultiplexage.
• Assemblage/alignement des souches virales (Minimap2, BWA-MEM) et détection des variants (iVar, Clair3).
• Caractérisation des séquences et annotations fonctionnelles via NCBI, GISAID (gènes, protéines, motifs de résistance).
• Identification des pathogènes et classification taxonomique (Kraken2, Centrifuge, DIAMOND).
• Stockage des fichiers FASTQ/FASTA et métadonnées dans le système MEDIANTE et publications externes (ENA, NCBI SRA, GISAID) selon les normes FAIR.
• Versionnage des pipelines et scripts (Git, GitLab/GitHub).
2. Développement d’outils interactifs de visualisation
• Tableaux de bord dynamiques (Shiny, Plotly Dash), pour visualisation des abondances virales par pathogène, période ou région (courbes, heatmaps), spatialisation des détections (Leaflet, Folium) pour comparaison de plusieurs stations d’épuration.
• Analyse des flux de transmission (arbres phylogénétiques interactifs, Sankey diagrams).
3. Production de rapports et analyses statistiques
• Analyses statistiques des abondances virales (Wilcoxon, ANOVA), modèles de régression (R, Python : statsmodels, scikit-learn), allant jusqu’à la prédiction de l’émergence de variants.
• Rédaction d’articles et préparation des figures pour revues scientifiques ou pour des rapports techniques pour les autorités sanitaires (ggplot2, Matplotlib/Seaborn).
4. Collaboration et veille automatisée
• Intégration avec des données externes, par exemple hospitalières (séquençage clinique, taux d’hospitalisation) via API ou bases partagées.
• Construction ou intégration à des outils de veille en temps réel : pipelines Nextflow pour la détection de variants (Pangolin), alertes automatiques (seuils d’abondance virale) avec mise à jour par des dashboards (cron jobs).

Votre Profil

Compétences

Maîtrise opérationnelle des outils d’analyse de séquençage haut débit Nanopore (prétraitement des reads, démultiplexage, contrôle qualité). Connaissance des formats de données : FASTQ, FASTA, BAM/SAM, VCF.
Utilisation d’outils d’alignement (Minimap2, BWA-MEM) et d’assemblage (Flye, Canu, SPAdes).
Détection de variants : iVar, Clair3, Pangolin.
Annotation fonctionnelle (Prokka, BLAST, NCBI, GISAID), classification taxonomique (Kraken2, Centrifuge, DIAMOND). Capacité à identifier des pathogènes non ciblés initialement.
Expérience de gestion de larges volumes de données depuis leur production jusqu’à la publication. Expérience d’outil de versionnage collaboratif : Git, GitLab, GitHub (y compris en mode privé).
Expertise dans les langages de programmation R (Shiny, ggplot2, analyses statistiques), Python (Plotly Dash, Matplotlib/Seaborn, scikit-learn, statsmodels), JavaScript (pour D3.js, Leaflet, Folium).
Connaissances des pipelines bioinformatiques Nextflow ou Snakemake.
Compétences en analyse statistique et modélisation
Capacité au travail d’équipe dans le cadre de collaboration entre chercheurs, cliniciens, et décideurs de santé publique, avec une capacité importante à expliquer et justifier les résultats techniques.
Compétences transversales en gestion de projet (organisation et suivi des pipelines d’analyse, des dépôts de données, et des mises à jour des outils), veille scientifique et technologique : surveillance des avancées en bioinformatique et en épidémiologie moléculaire. Capacité d’adaptation aux nouveaux outils et méthodes (ex : nouveaux algorithmes de détection de variants).
Français et anglais courant.

Votre Environnement de Travail

Le poste s’inscrit au sein de l’équipe Physiologie Génomique des Eucaryotes, au sein de l'Institut de Pharmacologie Moléculaire et Cellulaire de Sophia Antipolis, qui joue un rôle pionnier dans le séquençage des eaux usées (Rios et coll. Monitoring SARS-CoV-2 variants altérations in Nice neighborhoods by wastewater nanopore sequencing. Lancet Reg Health Eur. 2021 PMID: 34423327). Intégrée à des réseaux nationaux et internationaux, l’équipe est impliquée dans les PEPR Sysp&Eau (surveillance systémique des pathogènes dans les eaux), et WHAOU (projet de veille des pathogènes émergents), ainsi qu'au réseau national de surveillance épidémiologique par les eaux usées Obépine et à l’IHU Respirera. Elle s'appuie sur l'expertise de la plateforme UCA Genomix, membre fondateur de l'infrastructure nationale France Génomique pour le séquençage haut débit et l’analyse génomique. Ce contexte offre un environnement multidisciplinaire et innovant, alliant expertise en génomique, épidémiologie et bioinformatique, pour développer des approches de surveillance précoce et des outils analytiques de pointe.

Contraintes et risques

Travail en ZRR

Rémunération et avantages

Rémunération

Entre 3072 € et 4 714;89 € (brut mensuel)

Congés et RTT annuels

44 jours

Pratique et Indemnisation du TT

Pratique et indemnisation du TT

Transport

Prise en charge à 75% du coût et forfait mobilité durable jusqu’à 300€

À propos de l’offre

À propos du CNRS

Le CNRS est un acteur majeur de la recherche fondamentale à une échelle mondiale. Le CNRS est le seul organisme français actif dans tous les domaines scientifiques. Sa position unique de multi-spécialiste lui permet d’associer les différentes disciplines pour affronter les défis les plus importants du monde contemporain, en lien avec les acteurs du changement.

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