Missions

Gestion des données produites par la plateforme UCAGenomiX de Nice-Sophia-Antipolis, nœud local du réseau « France Génomique » (https://www.france-genomique.org/).
Bioanalyse sur des données produites (DNAseq, RNAseq, single-cell RNA-seq, transcriptomique spatiale, multiomique).
Mise en œuvre et amélioration des pipelines d'analyse.
Veille technologique et développement de nouvelles applications.
Echanges avec les chercheurs et collaborateurs avec communication régulière sur l'avancement des projets.

Activités

Sécurisation des données produites par la plateforme et partage des analyses primaires de quantification des acides nucléiques avec les collaborateurs de la plateforme à l'aide d'outils existants.
Développement et déploiement de procédures automatiques de contrôle des données, de présentation et d'exploration des résultats. .
Adaptation et exploitation des pipelines d'analyse de données de transcriptomique sur cellule unique, bulk RNA-seq, transcriptomique spatiale en lien avec les questions scientifiques posées.
Appui aux chercheurs sur l'analyse exploratoire des résultats, et rédaction des rapports d'expériences.
Participation active au développement bio-informatique local, régional et national et à la veille scientifique et technologique, dans le cadre des grands projets de l'unité (3IA Côte d'Azur, IHU Respirera, Equipex 4D-OMICs, PEPR Molecularxiv, PEPR CellID, PEPR Sysp&Eau, Obépine+, Action concertée ST-OMICs).

Compétences

Expérience opérationnelle sur serveurs Unix/Linux et gestion de bases de données relationnelles.
Maitrise des logiciels d'analyse primaire des données de séquençage et d'analyse statistique (Python, R).
Bonnes connaissances en biologie.
Aptitude à la communication orale et écrite (français/anglais).
Capacité au travail en équipe, dans le cadre de multiples collaborations avec des chercheurs, doctorants, post-doctorants, ingénieurs.
Capacité d'initiative dans l'organisation générale et quotidienne afin de faciliter les interactions au sein d'un large réseau de collaborateurs.

Contexte de travail

Le poste est à pourvoir au sein de la plateforme UCA GenomiX, installée à l'Institut de Pharmacologie Moléculaire et Cellulaire à Valbonne – Sophia Antipolis (Alpes Maritimes). Membre fondateur de l'infrastructure nationale France Génomique, la plateforme dispose d'un large éventail d'instruments pour la réalisation d'expérience de génomique (e.g. séquenceurs Nextseq2000, PromethION, transcriptomique spatiale Merscope et Xenium, microfluidique ChromiumX, Integra Assist+), et de solides ressources informatiques

Le poste se situe dans un secteur relevant de la protection du potentiel scientifique et technique (PPST), et nécessite donc, conformément à la réglementation, que votre arrivée soit autorisée par l'autorité compétente du MESR.

Contraintes et risques

Néant