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Portail > Offres > Offre UMR7275-PASBAR-009 - Ingénieur bioinformatique H/F analyse séquençage NGS

Ingénieur bioinformatique H/F analyse séquençage NGS

Cette offre est disponible dans les langues suivantes :
Français - Anglais

Date Limite Candidature : samedi 20 août 2022

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Informations générales

Référence : UMR7275-PASBAR-009
Lieu de travail : VALBONNE
Date de publication : samedi 30 juillet 2022
Type de contrat : CDD Technique/Administratif
Durée du contrat : 6 mois
Date d'embauche prévue : 12 septembre 2022
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : entre 2205 € à 2810 € bruts mensuels selon expérience
Niveau d'études souhaité : Bac+5
Expérience souhaitée : Indifférent

Missions

Gestion bioinformatique des données de génomiques produites par la plateforme UCAGenomiX de Nice-Sophia-Antipolis, nœud local du réseau « France Génomique » (https://www.france-genomique.org/). Analyse de données de séquençage (DNAseq, bulk RNAseq, single-cell RNA-seq, transcriptomique spatiale) dans le cadre des projets de la plateforme. Mise en œuvre et amélioration des pipelines d'analyse existants. Veille technologique afin de développer le catalogue de la plateforme.

Activités

Sous l'encadrement direct du responsable bio-informatique de la plateforme, choisir et adapter les pipelines d'analyse des acides nucléiques de la plateforme (séquençage d'ADN synthétique pour le stockage d'information, transcriptomique sur cellule unique, bulk RNA-seq) en fonction des questions scientifiques posées par les équipes collaboratrices. Démultiplexer les runs issus des séquenceurs de la plateforme (NextSeq2000, Nanopore PromethION). Mettre en place de nouvelles analyses primaires pour la quantification des acides nucléiques. Gérer la sauvegarde des informations dans le système d'information de la plateforme Mediante (https://www.genomique.info:8443/merge/index). Participer à l'analyse exploratoire statistique des résultats en relation étroite avec les équipes de recherche partenaires. Rédiger des rapports d'expériences. Participer à l'animation de la bio-informatique et à la veille scientifique et technologique au sein l'unité de recherche.

Compétences

Maitrise des logiciels d'analyse primaire des données de séquençage NGS (DNA seq, transcriptomique bulk, single-cell, transcriptomique spatiale)
Connaissances solides en biologie
Connaissance opérationnelle des pipelines d'analyse statistiques sous environnement R ou Python
Aptitude à la communication orale et écrite (français/anglais)
Capacité à travailler en étroite collaboration avec différents collaborateurs.

Contexte de travail

Le poste est à pourvoir au sein de l'Institut de Pharmacologie Moléculaire et Cellulaire à Valbonne – Sophia Antipolis (Alpes Maritimes). L'IPMC (220 personnes) est organisé en 20 équipes de recherche et 6 plateformes technologiques. La personne recrutée travaillera au sein de la plateforme de génomique de l'IPMC, sous la responsabilité hiérarchique du Dr. Pascal Barbry.

Contraintes et risques

Néant

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