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Analysis and biological interpretation of multi-omics data in the Human Lung Atlas H/F

Cette offre est disponible dans les langues suivantes :
Français - Anglais

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Informations générales

Référence : UMR7275-PASBAR-002
Lieu de travail : VALBONNE
Date de publication : mercredi 31 juillet 2019
Type de contrat : CDD Scientifique
Durée du contrat : 18 mois
Date d'embauche prévue : 1 janvier 2020
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : from 2643 to 3766 €
Niveau d'études souhaité : Bac+5
Expérience souhaitée : Indifférent

Missions

Nous recrutons un chercheur postdoctoral possédant une solide expérience en bioinformatique, en machine-learning et en mathématiques appliquées. Le candidat travaillera à l'intégration de données provenant d'expériences en cellule unique produites par le laboratoire et ses collaborateurs, dans le but de déchiffrer les événements successifs qui la balance entre les différents types de cellules des voies aériennes normales ou pathologiques, avec pour objectif à long terme le développement de thérapies plus efficaces ciblant les maladies respiratoires.

Activités

Notre équipe participe au consortium international Human Cell Atlas, qui travaille à la construction du premier atlas complet de cellules pulmonaires humaines. Le post-doctorant analysera les jeux de données produits dans notre laboratoire et par nos collaborateurs, notamment dans le cadre des altérations des voies respiratoires dans l'asthme sévère (épithélium des voies respiratoires remodelé, hyperplasie des cellules mucosécrétant, etc). Le post-doctorant analysera, à l'aide d'approches informatiques dédiées, une vaste base de données incorporant des profilages sur génome entier sur plusieurs centaines de milliers de cellules.
Le principal défi de ce projet multi-échelle sera d'établir l'expression, et l'épissage de l'ARN, ainsi que l'accessibilité de la chromatine par des approches de séquençage sur cellules uniques. Les données seront agrégées à à des données de transcriptomique spatiale. Une idée sera d'établir dans un espace multidimensionnel d'expression génique des trajectoires possibles entre certaines cellules progénitrices et les différents types de cellules différenciées présents. La distribution spatiale exacte des types de cellules dans le tissu biologique sera alors reliée à cet espace d'expression génétique.
Le post-doctorant travaillera sur quatre sous-tâches :
- Mettre en œuvre le pipeline d'analyse des ensembles de données de séquençage unicellulaire (en grande partie basé sur des codes déjà disponibles dans notre laboratoire ou par collaboration) ;
- Mettre en œuvre des pipelines bioinformatiques corrects pour les analyses de transcriptomique spatiale;
- Mettre en place de nouvelles approches sur différents ensembles de données "omiques" produits dans le cadre de ce projet et consolidation des résultats des approches génomiques, transcriptomiques et d'imagerie, par approches de classification non supervisées et supervisées, ou des méthodes de sélection de "features" dans des espaces dimensionnels élevés ;
- Développer des interfaces ad hoc pour faciliter l'analyse et la visualisation des données multiomiques par les biologistes et les médecins.

Compétences

- Le candidat doit être titulaire d'un doctorat en biologie computationnelle ou dans une discipline connexe et présenter des preuves de productivité en recherche au plus haut niveau (articles, brevets, présentations, etc.) .
- Le candidat doit posséder des connaissances éprouvées en bioinformatique et de solides compétences en mathématiques et en programmation.
- Une expérience dans l'analyse d'ensembles de données unicellulaires et/ou multi-omiques est requise.
- Le candidat doit être à l'aise avec les langages Python et R.
- Des connaissances en techniques de machine-learning telles que la réduction de la dimensionnalité, l'analyse multivariée et les réseaux neuronaux seraient appréciées.
- D'excellentes aptitudes à la communication orale et écrite en anglais et la capacité de travailler en étroite collaboration avec des chercheurs dans d'autres domaines de recherche sont requises.

Contexte de travail

Fondé en 1989 au coeur du Parc Scientifique de Sophia Antipolis (Côte d'Azur), l'IPMC est un laboratoire commun entre le Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) et l'Université Côte d'Azur. Il explore avec des partenaires industriels et académiques des approches et des modèles originaux à la pointe de la recherche en biologie, génomique, pharmacologie moléculaire et cellulaire.
L'équipe de recherche " Physiologie Génomique des Eucaryotes " allie une expertise de pointe en génomique à une pratique de haut niveau sur l'épithélium des voies respiratoires. Le laboratoire est entièrement équipé en séquenceurs, robots, microscopes et FACS permettant tous les développements expérimentaux, avec accès à des ressources informatiques ad hoc pour tous les traitements in silico.

Contraintes et risques

Politique de l'IPMC sur les handicaps : Tous les postes de l'institut sont ouverts aux personnes handicapées.

Informations complémentaires

Pour postuler, veuillez fournir :
- Lettre d'accompagnement
- CV
- Liste des publications
- Les coordonnées d'au moins deux personnes-ressources qui peuvent fournir des lettres de recommandation sur demande.
La date limite de soumission est novembre 2019. Néanmoins, la candidature peut être clôturée avant la date limite, si un candidat satisfaisant est trouvé.

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