Missions

Analyse bioinformatique de données transcriptomique (bulk et single-cell RNAseq) dans le cadre de projets étudiant la réponse de l'épithélium des voies respiratoires à des agents cancérigènes. Analyses « long-reads » sont également, envisagées.
Mise en œuvre et amélioration de pipelines d'analyse déjà existants dans l'équipe. Si nécessaire, développement de nouveaux pipelines.
Veille technologique afin d'évaluer de nouveaux pipelines.
Exploration et exploitation des données dans le but d’écrire des articles scientifiques.
Gestion des interactions avec les partenaires du projet (biologie des systèmes, intelligence artificielle).

Activités

Choisir et adapter les pipelines d'analyse transcriptomiques sur cellule unique et en « bulk RNAseq » aux questions biologiques posées par l'équipe de recherche
Analyser les résultats provenant des chercheurs de l'équipe et les replacer dans le contexte des résultats obtenus par d'autres équipes
Gérer les projets conjointement avec les chercheurs et doctorants de l'équipe.
Rédiger des rapports d'expérience.
Participer à la veille scientifique et technologique sur les analyses de données transcriptomique.

Compétences

• Connaissances en analyse transcriptomique
• Biologie (connaissance approfondie)
• Notions opérationnelles d'anglais
• Mettre en œuvre des pipelines d'analyse transcriptomique sous R
• La maitrise de Python est un plus
• Aptitude à la communication orale et écrite (français/anglais)
• Capacité à travailler en étroite collaboration avec les différents collaborateurs du projet.

Contexte de travail

Le poste est à pourvoir au sein de l'Institut de Pharmacologie Moléculaire et Cellulaire à Valbonne – Sophia Antipolis (Alpes Maritimes). L'IPMC regroupe 22 équipes de recherche et des services communs pour un effectif global de plus de 250 personnes. La personne recrutée travaillera au sein de l'équipe de recherche « Génome non-codant et pathologies pulmonaires » et dans la cadre du hub de bioinformatique CoBioDa. Elle travaille de manière étroite avec la plateforme de génomique de l'IPMC, UCAGenomiX.

Le poste se situe dans un secteur relevant de la protection du potentiel scientifique et technique (PPST), et nécessite donc, conformément à la réglementation, que votre arrivée soit autorisée par l'autorité compétente du MESR.