Missions

Le candidat ou la candidate travaillera dans le cadre du projet de recherche MARINDIV, qui adopte une approche interdisciplinaire pour inventorier la biodiversité des invertébrés sessiles, dominés par les Ascidies et les Bryozoaires, dans les ports de plaisance de la baie de Marseille. Le premier objectif de ce projet est de caractériser les profils métaboliques des échantillons collectés, en examinant les variations à des niveaux inter et intra-spécifiques, en réponse aux niveaux de pollution et aux origines géographiques. Le second objectif est d'identifier les métabolites surproduits, qui sont potentiellement impliqués dans la détoxification et peuvent posséder des propriétés antimicrobiennes.

Activités

Dans ce contexte, le/la candidate sera en charge (1) de l'extraction et du fractionnement des échantillons, (2) de l'acquisition et du traitement des données LC-MS par la mise en place d'un workflow métabolomique standardisé (de MZmine à l'analyse multivariée des données et à la mise en réseau moléculaire), (3) de la participation aux essais antibactériens avec les extraits et fractions préparés, (4) de l'annotation des données MS combinée à la déréplication des structures ou à l'identification de molécules bioactives.

Compétences

Qualifications et formation:
Doctorat en chimie des substances naturelles avec publications dans des revues scientifiques et présentations lors de conférences internationales.
Compétences techniques:
Expérience en métabolomique basée sur la spectrométrie de masse, en analyse de données multivariées et en déréplication de structures. Aptitude à utiliser une variété de logiciels en libre accès et de bases de données moléculaires pour le traitement des données, la déréplication et les représentations graphiques. Expérience en purification de substances naturelles.
Compétences en matière de communication:
Expérience en rédaction de manuscrit en Anglais et en tant que premier auteur. Présentations lors de conférences internationales.
Autres compétences importantes :
Intérêt marqué pour la biologie et la taxonomie des invertébrés marins.
Connaissance en microbiologie et des essais antibactériens.
Expérience dans la gestion de bibliothèques d'échantillons.

Contexte de travail

Le projet MARINDIV coordonné par Charlotte Simmler (IMBE, Marseille), chimiste des substances naturelles, associe Christophe Lejeusne (IMBE, Marseille), écologue marin notamment spécialiste des espèces invasives portuaires, et Véronique Sinou (MCT, Marseille), microbiologiste en en charge de la plateforme BAC-SCREEN. Le/la candidate travaillera donc en étroite collaboration avec chacun d’eux.

Ce projet interdisciplinaire associe deux laboratoires à Marseille : l'Institut Méditerranéen de Biodiversité et d'Ecologie (IMBE, UMR 7263 CNRS) et le laboratoire des Membranes et Cibles Thérapeutiques (MCT, UMR_MD1, INSERM U1261) en lien avec la plateforme BAC-SCREEN.

Le laboratoire de l'IMBE est entièrement équipé d'instruments de pointe en chimie des substances naturelles dans le cadre du service commun localisé à la station marine (par exemple, UHPLC-UV-HRMS avec Bruker qTOF IMPACT II, extraction SPE automatique ASE, partition centrifuge, chromatographie flash et préparative). Tous les essais antimicrobiens seront réalisés dans les laboratoires du MCT avec la plateforme BAC-SCREEN.

Contraintes et risques

Les activités de recherche essentiellement dédiées à la chimie et aux analyses métabolomiques se dérouleront à la station marine (Marseille 13007). Les essais antimicrobiens seront réalisés sur le campus TIMONE, faculté de Pharmacie (Marseille, 13005).