Missions

Institut de Recherche sur la Biologie de l’Insecte (IRBI) UMR 7261 CNRS – Université de Tours
Présentation du poste : L’ingénieur exercera son activité au CNRS, à l'IRBI, dans le cadre du Projet INVATRANSPO (Projet ANR) sur le volet concernant la dysgénèse hybride entre deux sous-espèces de la guêpe parasitoïde Cotesia congregata -Le projet a pour objectif d’identifier et d’étudier l’impact d’un élément transposable dans la spéciation sympatrique en cours entre ces deux sous espèces spécialisées sur des hôtes différents.
Présentation de l’équipe : L’ingénieur travaillera au sein de l’équipe IMIP : Interactions Micro-organismes-Insectes-Plantes de l’IRBI et collaborera également avec les collègues du iGRED (Clermont-Ferrand), partenaires du projet INVATRANSPO. Au sein de la thématique « évolution des génomes des parasitoïdes et de leurs virus endogène», le travail sera encadré par Dr Thibaut Josse (MCU Université de Tours) et Dr Jean-Michel Drezen (DR CNRS).

Activités

Le but de ce poste est de comparer les génomes de guêpes parasitoïde et d’analyser en détail leurs éléments transposables afin d’identifier un ou plusieurs élément(s) actif(s) différentiellement régulé(s) par la réponse immunitaire génomique faisant intervenir les piRNA comme candidat crédible responsable de la stérilité partielle des croisements entre les deux sous espèces mise en évidence par des études précédentes.
Un deuxième aspect du projet est d’utiliser une approche de génomique comparative afin d’identifier d’autres facteurs génétiques impliqués dans la spécialisation sur les différents hôtes en particulier au niveau du virus endogène (bracovirus) associé à ces espèces et impliqué dans la réussite parasitaire.

Compétences

Le/la candidat(e)s doivent avoir une très bonne compétence en bio-informatique : assemblage et analyse des génomes et l’expérience de l’utilisation d’un cluster de calcul (SLURM) des logiciels REPET PanREPET et sRNAPipe ainsi que de l’annotation de piRNA cluster et de virus endogènes. Une expérience préalable avec les insectes parasitoïde sera un plus.

Contexte de travail

L’Institut de Recherche sur la Biologie de l’Insecte (IRBI) se consacre à l’analyse des interactions entre les insectes et leur environnement biotique et abiotique. L’IRBI est doté d’une force vive et dynamique de 27 chercheurs/enseignants-chercheurs permanents. L'institut s'appuie également sur les compétences de nombreux post doctorants et chercheurs contractuels ainsi que 18 doctorants pour un effectif global de 75 personnes. L’IRBI organise de façon régulière des séminaires scientifiques sur de thèmes variés liés aux insectes.

Contraintes et risques

Une mission d’un mois est à prévoir aux Etats-Unis pour une collecte sur le terrain sur des arbres (jardins plantés de Catalpa). Des missions entre l’IRBI à Tours et le iGRED à Clermont Ferrand sont à prévoir.

Informations complémentaires

Expérience souhaitée : Expérience en assemblage et analyse bio-informatique des génomes d’hyménoptères