Missions

Le laboratoire IGS propose un poste de Post-doctorat.
Le présent poste vise à élucider les fonctions de séparation de phases chez les mimivirus et les nouméavirus.
Le projet sera réalisé en collaboration avec le Centre de microscopie électronique d'Umeå (UCEM), Suède.
Le but ultime du projet est de déterminer la structure et les fonctions précises des usines virales des membres du phylum Nucleocytoviricota

Activités

Le premier objectif du projet sera d'optimiser les procédures d'infection et d'imagerie pour permettre l'analyse par cryo-ET des cellules infectées par mimivirus et noumeavirus. La préparation des échantillons sera effectuée à l'IGS (Marseille) et le traitement des échantillons et l'acquisition des données de cryoET seront effectués à Umea. Des reconstructions structurelles sont réalisées.
Deuxièmement, la détermination de la structure des protéines d’échafaudage sera réalisée par cristallographie et/ou cryo ET.
Troisièmement, des protéines d’intérêt, codées soit par le virus, soit par l'hôte, seront alors étudiées par génétique inverse à l'aide d'outils développés au laboratoire

Compétences

Doctorat en Sciences Biologiques, obtenu avant le 1er juillet 2025.
Forte expertise en biologie moléculaire et structurale
Des travaux préalables sur la séparation de phases, en cristallographie et en virologie sont recommandés
Niveau d'anglais obligatoire de B2 à C2
Toute nationalité

Contexte de travail

Le laboratoire IGS est pionnier et leader mondial dans l'étude des virus géants dont nous avons découvert les quatre familles connues. Une force unique du laboratoire IGS est la coexistence d'une équipe de bioinformatique et d'une équipe de biologie expérimentale, permettant une continuité efficace et transparente depuis l'isolement de nouveaux micro-organismes jusqu'à leur caractérisation complète par la génomique, la transcriptomique, la protéomique et la génétique inverse. Le laboratoire a également la capacité de déterminer la structure 3D de protéines virales d'intérêt spécifique en utilisant la cristallographie aux rayons X ou en combinaison avec la microscopie électronique.
IGS Resources
Le laboratoire IGS est déjà bien équipé pour la biologie cellulaire (2 salles L2, 6 PSM, 3 microscopes à fluorescence (dont 1 Zeiss Axio), 4 incubateurs), la biochimie (PCR, 1 PSM Microbiologie, 3 incubateurs, 1 Aktä explorer 10S, 1 Aktä 3D, 2 Aktä Prime, Nanodrop, Qubit, spectrophotomètres 96 puits et 1 mL) et biologie structurale (robot de cristallisation Mosquito, diffractomètre maison (diffraction Oxford Xcalibur PXUltra, un speedvac SPD131 ThermoFischer).
L'IGS a un accès direct aux 12 plateaux techniques de l'Institut Méditerranéen de Microbiologie (IMM, AMU-CNRS FR3479, Effectifs : 300). Les plateformes d'intérêt pour le projet sont l'imagerie fluorescence/TEM (TEM, Cryo-TEM), RMN (600 MHz, cryosonde), Protéomique. , installation d'expression et d'interactions protéiques (1 Aktä prime, 1 Aktä Pure). La plateforme de production de protéines exploite un système Blitz permettant de cribler et de caractériser rapidement les interactions macromoléculaires. L'IGS dispose également d'un accès permanent aux plateformes d'imagerie du campus de Luminy, dont la microscopie électronique (. TEM et STEM) à l'IBDM (Institut de Biologie du Développement de Marseille). L'IGS maîtrise toutes les compétences requises en biologie cellulaire (microscopie optique, de fluorescence et électronique, purification des virus, infections synchronisées, extraction et études moléculaires), en biologie structurale, en biochimie et en méthodes de virologie. Le laboratoire fait également partie du BAG du synchrotron de Marseille et a accès aux installations européennes de rayonnement synchrotron et de Soleil pour la cristallographie. Le Bag donne également accès gratuitement aux plateformes EM de l'ESRF équipées du microscope cryoélectronique Titan Krios avec détecteur d'électrons direct K2 Summit, d'un filtre d'imagerie Quantum LS et d'une plaque de phase Volta (VPP). Ce microscope fonctionnera comme une ligne de lumière (CM01) au sein du Partenariat pour la biologie structurale (PSB) avec les microscopes situés à l'IBS et à l'EMBL. L'acquisition des données Cryo-EM sera réalisée en collaboration avec le laboratoire Kay Grünewald, CSSB, Hambourg, Allemagne équipé de cinq cryomicroscopes électroniques, dont 2 Titan-Krios (300 keV top end, autoloader, DED, filtre énergétique, VPP) . Le laboratoire IGS possède toute la puissance de calcul nécessaire (cluster de 71Nodes, 156 CPU, 828 Cores, 4700 Go, 150 To).

Contraintes et risques

Le traitement et l'acquisition des données seront effectués à la fois à l'IGS et à l'Université d'Umea.
Le candidat passera une partie de son temps en Suède et une prédisposition à la mobilité est donc absolument requise.
Pour postuler au poste à l'IGS, le candidat doit envoyer son CV avec une liste complète des publications, une lettre de motivation.
Le candidat sélectionné pourra débuter entre le 1er juillet 2025 et le 1er janvier 2026, en fonction de ses disponibilités.
Le poste est d'une durée de 2 ans.