Ingénieur d'études en bioinformatique structurale et modelisation (H/F)
Nouveau
- IT en contrat CDD
- 20 mois
- BAC+5
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Cette offre est ouverte aux personnes disposant d’un titre leur reconnaissant la qualité de travailleur handicapé ou travailleuse handicapée.
L'offre en un coup d'oeil
L'unité
Information génomique et structurale
Type de Contrat
IT en contrat CDD
Temps de Travail
Complet
Lieu de Travail
13288 MARSEILLE 09
Durée du contrat
20 mois
Date d'Embauche
01/07/2026
Rémuneration
entre 2571,89 et 3817, 32 € brut /mois
Postuler Date limite de candidature : lundi 18 mai 2026 23:59
Description du Poste
Les Missions
Nous recrutons un ingénieur (H/F) en bioinformatique (ou biologie structurale computationnelle) pour travailler sur un projet à l’interface de la microbiologie, de la biologie structurale et de la bioinformatique. Ce projet concerne le complexe membranaire du système de sécrétion de type VI (T6SS), et vise à étudier son intégration dans l’enveloppe bactérienne ainsi que son impact sur la physiologie cellulaire.
La mission principale consistera à analyser et intégrer des données protéomiques (notamment issues de spectrométrie de masse top-down) et des prédictions structurales (AlphaFold) afin de caractériser les réseaux d’interactions protéiques impliqués dans l’assemblage et le fonctionnement du T6SS.
L'Activité
- Exploitation de prédictions structurales (AlphaFold) pour caractériser les interactions protéine–protéine et les réseaux associés.
- Développement d’approches bioinformatiques pour la modélisation structurale, l’analyse de réseaux (PPIN) et le data mining à grande échelle.
- Analyses génomiques et évolutives pour explorer la conservation, la diversité et les co-évolutions des composants du T6SS et de leurs partenaires.
- Exploitation et intégration de données protéomiques (notamment AP-MS) pour identifier les partenaires d’interaction du T6SS.
- Collaboration étroite avec les équipes expérimentales pour interpréter les résultats et orienter les analyses.
- Développement de pipelines reproductibles et visualisation des résultats (figures, rapports scientifiques).
Votre Profil
Compétences
- Formation : Master ou diplôme d’ingénieur en bioinformatique, biologie computationnelle ou biologie structurale. Une expérience en analyse de données protéomiques et/ou en modélisation structurale est un plus.
- Compétences techniques :
1. Maîtrise de Python et/ou R pour l’analyse de données.
2. Expérience avec des outils de modélisation structurale (AlphaFold) et de visualisation et analyse des modèles en 3D appréciées.
3. Compétences en analyse de réseaux d'interactions protéiques (PPIN) avec le logiciel cytoscape ou python-NetworkX appréciées.
4. Compétences en analyse génomique et évolutive (comparaison de séquences, phylogénie, co-évolution) appréciées.
5. Utilisation de Git pour la gestion de code et des environnements reproductibles.
6. Anglais lu, écrit et parlé (lecture d’articles, interactions internationales).
- Qualités personnelles : Rigueur, autonomie, esprit d’initiative et capacité à travailler en équipe pluridisciplinaire.
Votre Environnement de Travail
Le travail sera effectué à l’IGS (Laboratoire Information Génomique et Structurale), en étroite collaboration avec l’équipe VN2M (Virulence Nano-Macromolecular Machinosome) du LCB (Laboratoire de Chimie Bactérienne) dans le cadre d’un projet collaboratif déjà en cours. Au sein du LCB, l’équipe « Virulence Nano-Macromolecular Machinosome » (VN2M), dirigée par Eric Durand, étudie l’architecture et le fonctionnement de la nanomachine T6SS via des approches génétiques, biochimiques et structurales. Le laboratoire dispose d’un environnement technique complet pour la production de biomasses bactériennes et la caractérisation structurale (microscopie électronique, cristallographie, etc.).
En collaboration avec l’IGS, l’ingénieur·e contribuera à des approches bioinformatiques innovantes, notamment la modélisation dynamique de complexes protéiques et l’exploration d’interactions protéine-protéine, dans un cadre stimulant et pluridisciplinaire. Le laboratoire IGS est un pionnier et un leader mondial dans l'étude des virus géants. Nous avons participé à la découverte de Mimivirus, le premier virus géants et découvert les trois autres familles connues. La force du laboratoire IGS réside dans la coexistence d'une équipe de bioinformaticiens et d'une équipe d’expérimentalistes, permettant d’aller de l'isolement de nouveaux micro-organismes à leur caractérisation complète par la combinaison d’approche incluant la génomique, la transcriptomique et de la protéomique. Le laboratoire a également une expertise forte en biologie structurale permettant de déterminer les structures 3D de protéines virales d'intérêt par cristallographie et en combinant la cristallographie et la microscopie électronique.
Rémunération et avantages
Rémunération
entre 2571,89 et 3817, 32 € brut /mois
Congés et RTT annuels
44 jours
Pratique et Indemnisation du TT
Pratique et indemnisation du TT
Transport
Prise en charge à 75% du coût et forfait mobilité durable jusqu’à 300€
À propos de l’offre
| Référence de l’offre | UMR7256-ALASCH-001 |
|---|---|
| Secteur d’activité | Informatique, Statistiques et Calcul scientifique |
| Emploi type | Ingenieur en calcul scientifique (H/F) |
À propos du CNRS
Le CNRS est un acteur majeur de la recherche fondamentale à une échelle mondiale. Le CNRS est le seul organisme français actif dans tous les domaines scientifiques. Sa position unique de multi-spécialiste lui permet d’associer les différentes disciplines pour affronter les défis les plus importants du monde contemporain, en lien avec les acteurs du changement.
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