Informations générales
Intitulé de l'offre : H/F Microscopie hyperspectrale par tomographie Raman cohérente avec illumination de speckle pour l'histopathologie intra-opératoire rapide des tissus cancéreux
Référence : UMR7249-HERRIG-017
Nombre de Postes : 1
Lieu de travail : MARSEILLE 13
Date de publication : mardi 5 septembre 2023
Type de contrat : CDD Scientifique
Durée du contrat : 24 mois
Date d'embauche prévue : 1 novembre 2023
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : Entre 2932€ et 3371€ brut mensuel
Niveau d'études souhaité : Niveau 8 - (Doctorat)
Expérience souhaitée : 1 à 4 années
Section(s) CN : Micro et nanotechnologies, micro et nanosystèmes, photonique, électronique, électromagnétisme, énergie électrique
Missions
L'histologie est couramment pratiquée dans les hôpitaux et consiste à prélever un petit échantillon de tissu (biopsie) qui est découpé en tranches et coloré pour être finalement observé par un spécialiste lui permettant de poser un diagnostic sur sa nature cancéreuse. Ce processus est long (1h-24h) et empêche la prise en charge optimale des patients lors de la chirurgie ou de l'exploration endoscopique. Ce projet de recherche vise à développer une toute nouvelle technologie optique permettant l'imagerie histologique tridimensionnelle instantanée de biopsies sans l'utilisation d'un quelconque marqueur ou d'une quelconque préparation. L'approche proposée utilise l'imagerie Raman cohérente à grand champ en utilisant une illumination aléatoire (speckle) et des algorithmes de reconstruction pour reconstruire une image tridimensionnelle des liaisons chimiques présentes dans l'échantillon, sans aucun marquage ni préparation. Cette approche associe étroitement les dernières innovations technologiques en termes de laser, de microscopie et de détection optique à faible bruit aux méthodes avancées de reconstruction numérique mises au point.
Le travail proposé est lié aux l'article récemment publié [1,2] par le groupe Mosaic de l'Institut Fresnel qui a démontré numériquement la possibilité de faire de la ptychographie et de la tomographie Raman. L'objectif de ce programme de recherche PostDoctorale est de mettre en œuvre ces idées de manière expérimentale et de les appliquer à l'histologie 3D des tissus ex-vivo.
[1] S. Heuke, H. Rigneault, and A. Sentenac, "3D-coherent anti-Stokes Raman scattering Fourier ptychography tomography (CARS-FPT)," Optics Express 29, 4230-4239 (2021).
https://doi.org/10.1364/OE.416290
[2] S. Heuke, K. Unger, S. Khadir, K. Belkebir, P. C. Chaumet, H. Rigneault, and A. Sentenac, "Coherent anti-Stokes Raman Fourier ptychography," Opt. Express 27, 23497-23514 (2019).
https://doi.org/10.1364/OE.27.023497
Activités
Le programme de travail se concentrera sur 3 objectifs :
1- Développer la plateforme de microscopie optique non-linéaire multimodale à grand champ utilisant l'illumination de champs de speckle et permettant l'imagerie CARS hyperspectrale.
2- Identifier les principaux biomarqueurs des échantillons ex-vivo du système nerveux central (SNC).
3- Développer un classificateur automatique pour les tumeurs du SNC.
Compétences
Le candidat aura des compétences et un intérêt marqué pour :
- l'optique expérimentale et l'optoélectronique
- les lasers et la physique des lasers
- les méthodes de calcul pour résoudre les problèmes inverses.
- la biophotonique
- Imagerie médicale
Une expérience en imagerie Raman cohérente et en traitement d'images/spectres sera appréciée.
Contexte de travail
Ce projet de recherche sera développé dans le cadre du projet ERC Speckle CARS (https://www.insis.cnrs.fr/fr/personne/herve-rigneault-0).
Le poste se situe dans un secteur relevant de la protection du potentiel scientifique et technique (PPST), et nécessite donc, conformément à la réglementation, que votre arrivée soit autorisée par l'autorité compétente du MESR.
Contraintes et risques
Risque laser
Informations complémentaires
This research project will develop in the framework of the ERC project Speckle CARS (https://www.insis.cnrs.fr/fr/personne/herve-rigneault-0).