Chercheur(e) H/F en microbiologie

Description du Poste

Les Missions

Le candidat (H/F) rejoindra l’équipe MMBCA, dirigé par le Dr. Isabelle Schalk et le Dr. Gaetan Mislin au sein du laboratoire BSC, l’unité de recherche UMR 7242 (CNRS, Université de Strasbourg). Le candidat (H/F), encadré par le Dr. Olivier Cunrath travaillera sur un projet de recherche ambitieux centré sur l’étude des bactéries intestinales et de leur capacité à produire des sidérophores, des molécules clés dans l’acquisition du fer, un élément essentiel à leur survie et à leur compétition au sein du microbiote. Ce projet vise à caractériser la production de sidérophores par ces bactéries, ainsi qu’à évaluer leur impact sur la dynamique du microbiote intestinal, en analysant comment ces molécules influencent la composition et l’équilibre des communautés microbiennes et la résistance à la colonisation par des pathogènes, en étudiant si la production de sidérophores confère un avantage compétitif aux bactéries commensales, limitant ainsi l’implantation de souches pathogènes. Ce travail s’inscrit dans une approche multidisciplinaire, combinant des méthodes de microbiologie moléculaire, de biochimie et d’analyses génomiques pour décrypter les mécanismes sous-jacents. Ce projet (financé par l’ANR) offre l’opportunité de contribuer à une meilleure compréhension des mécanismes de compétition microbienne dans l’intestin, avec des implications potentielles pour le développement de stratégies probiotiques ou thérapeutiques ciblant la modulation du microbiote.

L'Activité

Le candidat (H/F) sera chargé de développer et optimiser des protocoles pour détecter et quantifier la production de sidérophores chez différentes souches bactériennes intestinales, étudier les interactions entre les bactéries productrices de sidérophores, le microbiote résident et les pathogènes, via des modèles in vitro et de valoriser les résultats par des publications scientifiques et des présentations lors de conférences, en collaboration avec l’équipe de recherche.
Activités principales :
- Réaliser des expériences de culture bactérienne de souches intestinales (commensales et pathogènes) en conditions anaérobies contrôlées, notamment en milieu limitant en fer, pour étudier leur production de sidérophores.
- Étudier l’impact des sidérophores (endogènes et exogènes) sur la croissance, la survie et la compétition entre les bactéries au sein du microbiote intestinal.
- Mettre en place des modèles d’interaction (co-cultures ainsi que des modèles cellulaires) pour analyser l’influence des sidérophores sur la colonisation intestinale par des bactéries commensales ou pathogènes.
- Analyser les réponses bactériennes et cellulaires à l’aide de techniques de biologie moléculaire (PCR, qPCR, séquençage), biologie cellulaire (cytométrie en flux, tests de compétition bactérienne), microscopie (fluorescence) pour visualiser les interactions bactériennes.
- Concevoir et appliquer des stratégies de biologie moléculaire tel que la mutagenèse ciblée pour inactiver ou surexprimer des gènes impliqués dans la synthèse ou le transport des sidérophores, la construction de souches rapporteurs (ex. : gènes fluorescents) pour suivre la production de sidérophores in situ.
- Exploiter et analyser les données expérimentales (statistiques, bioinformatique) pour identifier les corrélations entre production de sidérophores, composition du microbiote et résistance à la colonisation.
- Présenter les résultats de manière claire et rigoureuse (réunions d’équipe, rapports, publications).
- Participer activement à l’interprétation scientifique des données et à leur valorisation (rédaction d’articles, présentations en conférences).
- Travailler de manière autonome et collaborative dans un environnement pluridisciplinaire (microbiologie, biochimie, chimie).

Activités secondaires :
- Contribuer au fonctionnement général du laboratoire.
- Gestion des stocks de réactifs et consommables.
- Commande de matériel et maintenance des équipements (ex. : enceintes anaérobies, équipements de niveau de biosécurité adapté).
- Participer aux réunions d’équipe et à la diffusion des connaissances scientifiques au sein du laboratoire (séminaires, formations).
- Assurer une veille scientifique sur les avancées liées aux sidérophores, au microbiote intestinal et aux mécanismes de compétition microbienne.

Votre Profil

Compétences

Une expérience préalable en microbiologie et en biologie moléculaire est indispensable. Le candidat (H/F) devra notamment maîtriser les techniques de culture bactérienne anaerobes, incluant la manipulation de souches pathogènes en conditions de confinement L2. Une expérience sur des modèles cellulaires infectieux (culture de cellules eucaryotes, infections bactériennes) sera valorisée.
Une expertise en cytometrie, en construction de souches par délétions géniques, ainsi qu’en développement de souches rapporteurs fluorescents sera particulièrement essentiel. La maîtrise des techniques d’imagerie par microscopie à fluorescence. Des compétences en traitement et quantification d’images scientifiques (par exemple via le logiciel ImageJ/Fiji ou équivalents) sont également souhaitées.
Le poste requiert une maîtrise de l’anglais, tant à l’écrit qu’à l’oral, pour l’analyse de la littérature scientifique, la participation à des échanges internationaux, ainsi que la rédaction de rapports et d’articles scientifiques (CECRL C2).
Enfin, nous attendons du candidat (H/F) une aptitude à s’intégrer dans une équipe pluridisciplinaire, de l’autonomie et de la rigueur dans la conduite des travaux expérimentaux, ainsi qu’une capacité à rendre compte de manière régulière et structurée de l’avancement de ses expériences.

Votre Environnement de Travail

Le candidat (H/F) travaillera dans l'équipe MMBCA (Métaux et Microorganismes : Biologie, Chimie et Applications), dirigé par le Dr. Isabelle Schalk et le Dr. Gaetan Mislin, au sein du laboratoire BSC, l’unité de recherche UMR 7242 (CNRS, Université de Strasbourg) localisé à l'Institut de Recherche de l'École Supérieure de Biotechnologie de Strasbourg (ESBS). Le site web de l'équipe en biologie est : https://bsc.unistra.fr/en/research-teams/team-schalkmislin/presentation/. Le laboratoire BSC eest composé d’une centaine de personne et l'équipe est composée d’environ 23 personnes, regroupant des biologistes et des chimistes, et favorisant une approche interdisciplinaire des problématiques scientifiques.
Ce travail s'inscrit dans le cadre d’un projet ANR.
Le candidat (H/F) pourra bénéficier de :
- Accès au laboratoire via le Tram
- Restaurant collectif CROUS sur le campus
- Transports : prise en charge (75% du coût) et forfait mobilité jusqu’à 300€ suivant condition
- Offres sociales : participation à la mutuelle, Comité d'Action et d'Entraide Sociales (sports, loisirs, billetterie…)
- 44 jours de congés + RTT/an
- Possibilité de télétravail

Contraintes et risques

Le candidat (H/F) travaillera dans un laboratoires de niveau de biosécurité 2.

Rémunération et avantages

Rémunération

3 071,50 à 3 501,51 pour une expérience inférieur à 2 ans

Congés et RTT annuels

44 jours

Pratique et Indemnisation du TT

Pratique et indemnisation du TT

Transport

Prise en charge à 75% du coût et forfait mobilité durable jusqu’à 300€

À propos de l’offre

À propos du CNRS

Le CNRS est un acteur majeur de la recherche fondamentale à une échelle mondiale. Le CNRS est le seul organisme français actif dans tous les domaines scientifiques. Sa position unique de multi-spécialiste lui permet d’associer les différentes disciplines pour affronter les défis les plus importants du monde contemporain, en lien avec les acteurs du changement.

Le CNRS

Les métiers de la recherche