Missions

L’ingénieur aura pour rôle principal d’apporter une expertise dans l’utilisation des méthodes mathématiques, algorithmiques, et/ou d’apprentissage automatique pour résoudre des problèmes théoriques et appliquées en bioinformatique. Il contribuera également à l’analyse des données biologiques et participera à la conception, au développement, et à l’implémentation des moyens informatiques associés.

Activités

Descriptif des tâches à effectuer par l’agent pour remplir la mission, en précisant le degré de responsabilité et s’il s’agit de tâches principales ou secondaires.

1 Formalisation des problématiques scientifiques :
Collaborer avec les chercheurs pour formaliser les questions scientifiques, modéliser les problèmes, et définir des approches adaptées pour leur résolution.

2 Développement de méthodes d’analyse :
Concevoir, développer ou adapter des méthodes statistiques et de modélisation, en intégrant des outils d’apprentissage automatique ou des techniques avancées selon les besoins.

3 Sélection des outils et infrastructures :
Identifier et déployer les moyens logiciels et matériels les plus performants et pertinents pour répondre aux objectifs du projet, tout en optimisant les ressources. La maitrise des outils de développement web serait un atout.

4 Organisation et gestion des données :
Structurer, organiser et suivre le traitement des données, en mettant en place des workflows reproductibles et en assurant leur exploitation jusqu’à leur visualisation.

5 Valorisation des résultats :
Produire des visualisations claires, rédiger des rapports et publications, et contribuer à la présentation et à la diffusion des résultats auprès de la communauté scientifique.

Compétences

Descriptif des compétences techniques, des connaissances à mettre en œuvre, des savoir-faire et des savoir-être en précisant le degré de maîtrise attendu.
Présentation éventuelle des formations internes possibles pour l’adaptation au poste.

Connaissances transversales requises :
- avoir une connaissance avancée en bioinformatique, en statistiques et data science
- avoir une connaissance avancée de langages tels que R, Python, shells Unix
- avoir un bon niveau de programmation et un goût pour le développement d’algorithmes.

Connaissances souhaitables :
- avoir un bon niveau en développement logiciel

Savoir-faire :
- maîtriser l’anglais : rédaction de documents techniques en anglais et relations avec les collaborations
internationales.

Savoir-être :
- Avoir le sens des responsabilités
- savoir travailler conjointement avec l’équipe de recherche
- avoir un bon relationnel, le sens de l’organisation, le goût du travail en équipe
- avoir l’esprit d’initiative
- travailler avec rigueur
- être adaptable, disponible, avoir le sens du service

Contexte de travail

Le CQSB a été créé en 2009 comme un environnement interdisciplinaire dédié à l’étude de l’évolution et de la génomique. Le CQSB regroupe aujourd’hui plusieurs équipes composées de mathématiciens, de physiciens et d’informaticiens spécialisés dans la modélisation de systèmes biologiques complexes, ainsi que d’expérimentateurs experts en génomique fonctionnelle, en génétique et dans le domaine émergent de la biologie synthétique. En 2014, le CQSB a élargi son champ d’action en intégrant l’Institut de Biologie Paris-Seine (IBPS), favorisant ainsi les collaborations en biologie fondamentale avec d’autres disciplines, notamment les neurosciences, le développement et le vieillissement. En 2023, le CQSB a pris l’initiative de créer la première biofonderie en France, qui accueille aujourd’hui nos équipes de biologie synthétique et représente un pôle d’innovation et de collaboration dans les sciences biologiques. Actuellement, le CQSB occupe une position de premier plan en France, reconnu pour la qualité de ses recherches et sa vision. Le CQSB est l’une des unités de Sorbonne Université, université pluridisciplinaire et de recherche intensive située au cœur de Paris.

Contraintes et risques

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