Ingénieur (H/F) en développement informatique – Ecologie microbienne marine

Job Description

Missions

Contexte
Les α-cyanobactéries sont les procaryotes photosynthétiques les plus abondants et ubiquistes dans les écosystèmes marins et d'eau douce. Ce succès écologique ainsi que les nombreuses souches, génomes et métagénomes disponibles en font des modèles pertinents en écologie microbienne, qui peuvent être étudiés à toutes les échelles d'organisation, des gènes aux écosystèmes. Cependant, leur longue histoire évolutive, leurs morphologies similaires, leur grande plasticité phénotypique et génotypique entre lignées apparentées ont jusqu'à présent rendu difficile leur classification, alors qu'une systématique fiable est essentielle pour établir les liens entre diversification phylogénétique, capacités fonctionnelles et colonisation de niches environnementales spécifiques. Dans ce contexte, le projet ANR TaxCy (2024-28) a pour objectif de i) proposer une formulation intégrative du concept d'espèce pour les α-cyanobactéries en combinant phénotypes, génotypes et habitat, et ii) d’utiliser ce système de classification optimisé pour mieux comprendre comment les écotypes se différencient fonctionnellement et écologiquement de leurs proches parents en réponse aux facteurs environnementaux. Ce projet nécessite le développement, la mise à jour ou l'expansion de vastes bases de données de gènes marqueurs (CyanoMarks), de génomes (Cyanorak) et de traits (CyanoTraits), qui nous permettront d’identifier les spécificités fonctionnelles de chaque écotype et de construire des modèles de niches métaboliques et écologiques réalistes pour les principaux écotypes d’α-cyanobactérie.
Dans ce cadre, la plateforme ABIMS (FR2424) et l’équipe ECOMAP (UMR7144) de la Station Biologique de Roscoff recrute un·e ingénieur·e en développement informatique pour contribuer au développement et à la structuration de ressources bioinformatiques de référence dédiées aux picocyanobactéries marines. La personne recrutée travaillera en particulier sur l’intégration de traits fonctionnels au sein de la base de référence CyanoMarks et son interopérabilité avec le système d’information Cyanorak, plateforme dédiée à la visualisation, l’annotation et l’analyse comparative des génomes d’α-cyanobactéries.
Le poste s’inscrit dans un environnement fortement interdisciplinaire, à l’interface entre bioinformatique, génomique et écologie microbienne, et impliquera des interactions régulières avec les membres du consortium ANR TaxCy ainsi qu’avec les utilisateurs des ressources développées.
Missions
La personne recrutée aura pour principales missions :
• Développer et structurer la base de données CyanoMarks, notamment par l’intégration, la standardisation et la structuration de données relatives aux traits fonctionnels des picocyanobactéries (CyanoTraits)
• Concevoir et mettre en œuvre les développements informatiques nécessaires à l’intégration des traits fonctionnels dans l’écosystème des bases de données de référence dédiées aux picocyanobactéries
• Développer ou adapter des scripts et outils permettant l’import, la validation, la gestion et l’exploitation des données
• Assurer la qualité, la cohérence et la traçabilité des données intégrées dans les différentes ressources
• Participer à l’interopérabilité entre Cyanorak et CyanoMarks;
• Contribuer à la documentation technique et utilisateur des développements réalisés
• Participer à la formation et au support des membres du consortium, notamment pour l’utilisation des bases de données et des outils développés

Activity

L’ingénieur·e sera amené·e à :
• analyser les besoins des utilisateurs et proposer des solutions techniques adaptées
• concevoir et développer de nouvelles fonctionnalités pour les bases de données et le système d’information
• participer à la gestion et à la structuration de bases de données biologiques
• développer des outils d’intégration et de contrôle de qualité des données
• assurer la maintenance corrective et évolutive des applications existantes
• tester, documenter et déployer les développements réalisés
• participer aux réunions scientifiques et techniques du consortium
• accompagner les utilisateurs dans la prise en main des outils et répondre à leurs demandes de support

Your Profil

Skills

Compétences techniques
• Formation supérieure en informatique, bioinformatique ou domaine équivalent
• Solides compétences en ingénierie logicielle dans le domaine des applications Web
• Bonne maîtrise d’au moins un langage de programmation, notamment Python, Java (frameworks Spring & Hibernate), JavaScript
• Bonne connaissance des bases de données relationnelles et du langage SQL expérience avec le SGBDR PostGreSQL
• Expérience dans la conception ou l’utilisation d’API et de services web appréciée
• Connaissance des environnements Linux et des outils de gestion de versions, notamment Git
• Une expérience dans le développement ou la maintenance de bases de données scientifiques ou biologiques serait particulièrement appréciée
• Des connaissances en bioinformatique, génomique ou gestion de données biologiques constitueraient un atout important
Compétences transversales
• Capacité à travailler dans un environnement interdisciplinaire et collaboratif
• Aptitude à dialoguer avec des utilisateurs ayant des niveaux différents en informatique
• Capacité à analyser des besoins scientifiques et à les traduire en spécifications techniques
• Rigueur dans la gestion et la documentation du code et des données
• Autonomie, sens de l’organisation et capacité à gérer plusieurs tâches en parallèle
• Bonnes capacités de communication écrite et orale
• Goût pour la formation et l’accompagnement des utilisateurs

Your Work Environment

La personne recrutée sera intégrée à la plateforme ABIMS (FR2424) de la Station Biologique de Roscoff et travaillera en interaction étroite avec les chercheurs et ingénieurs impliqués dans le projet ANR TaxCy de l’équipe ECOMAP (UMR7144), dans un environnement scientifique international spécialisé en biologie et écologie marine.

Constraints and risks

Le poste ne présente pas de contraintes particulières. Des déplacements ponctuels pour participer à des réunions ou ateliers du consortium pourront être nécessaires.

Comment Postuler
Les candidatures doivent être déposées sur le portail emploi du CNRS et envoyées par email au contact ci-dessous en incluant :
• Un CV détaillé.
• Une lettre de motivation expliquant votre intérêt pour le projet et l'adéquation de votre profil.
• Les coordonnées de 2 à 3 référents académiques.
• Les relevés de notes de Master ou cursus ingénieur.

Contact: Laurence Garczarek, Équipe ECOMAP, Station Biologique de Roscoff. laurence.garczarek@sb-roscoff.fr
Date limite de candidature : 18/10/2026

Compensation and benefits

Compensation

2496 € à 2879€ brut mensuel selon expérience

Annual leave and RTT

44 jours

Remote Working practice and compensation

Pratique et indemnisation du TT

Transport

Prise en charge à 75% du coût et forfait mobilité durable jusqu’à 300€

About the offer

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