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Contrat d'ingénieur·e d'étude dans le domaine de la régulation de l'expression génétique des gènes chloroplastiques (H/F)


Date Limite Candidature : mercredi 11 août 2021

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Informations générales

Référence : UMR7141-YVECHO-001
Lieu de travail : PARIS 05
Date de publication : mercredi 21 juillet 2021
Type de contrat : CDD Technique/Administratif
Durée du contrat : 10 mois
Date d'embauche prévue : 1 septembre 2021
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : entre 2251 € et 2272 € bruts mensuels selon l'expérience
Niveau d'études souhaité : Bac+5
Expérience souhaitée : 1 à 4 années

Missions

Contexte

Les chloroplastes (Cp) ont évolué à partir de cyanobactéries libres capturées, il y a environ 1,5 milliard d'années, par une cellule eucaryote primitive. Depuis, la plupart des gènes cyanobactériens ont été perdus ou transférés dans le noyau de l'hôte. Bien que réduit, le génome chloroplastique code toujours des composants essentiels de l'appareil photosynthétique et une machinerie d'expression génétique typiquement procaryote. Malgré ce contexte procaryote, des mécanismes de régulation uniques permettent à la cellule eucaryote de contrôler l'activité de son ancien symbiote. En effet, des facteurs codés dans le noyau (OTAF) contrôlent en trans et de manière gène-spécifique chaque étape post-transcriptionnelle de l'expression des gènes chloroplastiques, telle que la stabilité/maturation du transcrit, sa traduction ou sa dégradation.
Notre laboratoire s'intéresse depuis longtemps au rôle de ces OTAF, essentiels pour la biogenèse de l'appareil photosynthétique. L'algue verte unicellulaire Chlamydomonas reinhardtii, particulièrement adaptée aux analyses génétiques, a joué un rôle déterminant dans l'étude de ces OTAF. La plupart de ces protéines appartiennent à deux familles de protéines alpha-solénoïdes, presque exclusivement impliquées dans l'expression des gènes des organites : les familles PPR/OPR (Penta-/Octo-tricoPeptide Repeat), respectivement répandues chez les plantes supérieures (PPR) ou chez les algues vertes (OPR). Elles sont respectivement définies par des répétitions en tandem d'un motif dégénéré de 35 (PPR) / 38 (OPR) résidus qui se replient en hélices antiparallèles et s'empilent les unes sur les autres pour former un sillon super-hélicoïdal pouvant accueillir l'ARN. Chaque motif interagit avec un nucléotide via des acides aminés à des positions spécifiques dans chaque répétition dont les résidus latéraux déterminent la spécificité (SDR). Un « code de reconnaissance PPR », établi à partir d'expériences et de comparaisons de séquences, relie ces SDR à un nucléotide particulier dans la séquence d'ARNm. De même, à partir de protéines OPR caractérisées en laboratoire dont la cible nucléotidique a été identifiée, nous avons généré un « code OPR » préliminaire.

Missions
La mission principale de la personne recrutée sera de valider et étendre le « code OPR », c'est-à-dire la relation entre le SDR et le nucléotide lié dans l'ARNm cible. Le candidat recruté modifiera par mutagenèse dirigée les SDR de protéines OPR choisies et criblera in vivo des mutations compensatoires dans leur ARN cible. Cette approche a déjà été mise en place chez l'algue verte unicellulaire Chlamydomonas qui offre la possibilité unique de manipuler à volonté le chloroplaste et les génomes nucléaires. Cette approche pourra aussi être menée in vitro sur des protéines OPR synthétiques pour comprendre la base moléculaire de la reconnaissance de l'ARN.
Des protéines PPR synthétiques, constituées de répétitions en tandem du motif consensus PPR, ont été déterminantes pour étudier le mode d'action des protéines PPR, pour établir leur structure et pour répondre à des questions biologiquement pertinentes [2-6].
L'ensemble du projet implique des compétences en biologie moléculaire (mutagénèse dirigée, manipulation et quantification d'ARN) ainsi qu'en microbiologie. Une capacité à travailler de façon autonome, organisée et une maîtrise des analyses statistiques classiques permettront d'analyser de façon rigoureuse les données obtenues. Une bonne aptitude à travailler en équipe et à communiquer est attendue. Enfin, nous recherchons un·e candidat·e dynamique et possédant le sens de l'initiative, ce qui devrait lui permettre, après discussion avec les encadrants, de mettre en place les expériences envisagées et d'assurer leur suivi.

Activités

Missions / Activités principales
- Mutagénèse dirigée de protéines OPR et de leur cible ARN.
- Purification et analyse d'ARN.
- Purification de protéines surexprimées.
- Étude d'interaction protéine/ARN.
- Culture et transformation (chloroplastique et nucléaire) de microalgues (Chlamydomonas reinhardtii).
- Analyse et mise en forme des résultats.

Compétences

Compétences requises
- Biologie moléculaire : extraction d'ADN et d'ARN, PCR quantitative, mutagénèse dirigée.
- Biochimie : extraction de protéines, électrophorèse, immunoblots ;
- Une expérience préalable de la culture des microalgues et de génétique des microorganismes sera un plus.
- Sens de l'organisation.
- Indépendance, rigueur et fiabilité dans l'exécution du travail.
- Capacités d'analyse et de restitution des informations (tenue d'un cahier de laboratoire, préparation de tableaux de synthèse des résultats).
- Aptitude à interagir avec les responsables et collègues.

Contexte de travail

Emploi-type
Ingénieur·e d'étude en biologie, sciences de la vie et de la terre.
Salaire selon les grilles de salaires CNRS - niveau IE ; 2151 à 2272 € bruts mensuels selon expérience.
Localisation du poste
UMR7141, Institut de Biologie Physico-Chimique, 13 rue Pierre et Marie Curie, 756005, France.
L'UMR7141 « Biologie du Chloroplaste et Perception de le Lumière chez les Microalgues », située au cœur du quartier latin regroupe un peu plus de 30 personnes dont 19 membres statutaires.
Ce laboratoire est dédié à l'étude des processus lumineux (photosynthèse et photoperception) et à la biologie des chloroplastes. L'UMR 7141 aborde des questions clés sur la biologie, l'évolution et l'écologie des microalgues en se concentrant sur différents organismes modèles (Chlamydomonas reinhardtii et Phaeodactylum tricornutum) et sur les espèces phytoplanctoniques pertinentes sur le plan écologique, étudiées avec des approches d'éco-physiologie, biophysique, biochimie, génomique et génétique.
Date de prise de fonction
Entre le 1er septembre et le 1er octobre 2021 (pour 10 mois à temps plein)
Profil souhaité
Formation Bac+5 en biologie moléculaire / biotechnologie.
Expérience de 6 mois/1 an dans un laboratoire.

Informations complémentaires

Modalités de candidature
Le dossier de candidature (à déposer sur le site) doit comporter une lettre de motivation et un CV détaillé incluant deux référents scientifiques. Les candidats dont le dossier aura été retenu seront invités à passer un entretien.

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